การวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาทำความเข้าใจถึงหลักการทั่วไป หลักการในต่างประเทศและหลักการในประเทศไทย เกี่ยวกับการพิจารณาคำสั่งทางปกครองในชั้นเจ้าหน้าที่ฝ่ายปกครองศึกษาการอุทธรณ์และการพิจารณาอุทธรณ์ภาษีอากรในต่างประเทศ ศึกษาและวิเคราะห์การพิจารณาอุทธรณ์ภาษีอากรโดยคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ตามประมวลรัษฎากร ว่ามีปัญหาการดำเนินงานอย่างไร และมีประสิทธิภาพ ให้การคุ้มครองสิทธิและให้ความเป็นธรรมแก่ผู้เสียภาษีตามวัตถุประสงค์ในการออกกฎหมายหรือไม่ กับเสนอแนะแนวทางการแก้ไขปัญหาการอุทธรณ์และการพิจารณาอุทธรณ์ภาษีอากรตามประมวลรัษฎากร เพื่อคุ้มครองสิทธิและให้ความเป็นธรรมแก่ผู้เสียภาษี โดยเป็นการศึกษา วิจัย เอกสารจากบทบัญญัติของกฎหมายฉบับต่าง ๆ ตลอดจนระเบียบคำสั่ง แนวทางปฏิบัติ คำพิพากษาของศาล ตำราและเอกสารบทความต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ทั้งของประเทศไทย ประเทศสหรัฐอเมริกา ประเทศฝรั่งเศส และประเทศอังกฤษ ทั้งนี้ จากการศึกษาพบว่าการอุทธรณ์และการพิจารณาอุทธรณ์ตามประมาลรัษฎากรมีปัญหาหลายประการ ได้แก่ ปัญหาความไม่อิสระและความไม่เป็นกลางของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์เนื่องจากมีเจ้าหน้าที่ของกรมสรรพากรเป็นกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ และคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์อีก 2 ฝ่าย ได้แก่ ตัวแทนจากกรมการปกครองและสำนักงานอัยการสูงสุดไม่มีความเชี่ยวชาญหรือความถนัดทางด้านภาษีอากร แนวโน้มที่จะมีความเห็นคล้อยตามตัวแทนจากกรมสรรพากรและตามรายงานการประชุมซึ่งเสนอ โดยเจ้าหน้าที่กรมสรรพากรจึงเป็นไปได้มากปัญหาการตัดสิทธิมิให้ผู้อุทธรณ์ที่ไม่ปฏิบัติตามหมายเรียกหรือคำสั่งหรือไม่ยอมตอบคำถามของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ฟ้องคดีต่อศาลภาษีอากร ปัญหาการไม่เปิดโอกาสให้ผู้อุทธรณ์ชี้แจงแสดงพยานหลักฐานเนื่องจากการตรวจสอบไต่สวนข้ออุทธรณ์ขึ้นอยู่กับดุลพินิจของเจ้าหน้าที่ผู้มีหน้าที่พิจารณาอุทธรณ์เพียงคนเดียวที่จะเรียกให้ผู้อุทธรณ์ยื่นหรือชี้แจงแสดงพยานหลักฐานใด ๆ และปัญหาการไม่กำหนดระยะเวลาในการพิจารณาอุทธรณ์ ทำให้ในบางกรณีการพิจารณาอุทธรณ์อาจใช้ระยะเวลาหลายปีกว่าจะมีคำวินิจฉัย ซึ่งผู้อุทธรณ์ไม่สามารถนำคดีขึ้นสู่การพิจารณาของศาลภาษีอากรได้จนกว่าจะมีคำวินิจฉัยของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ดังนั้น ผู้เขียนจึงเห็นว่าควรมีการกำหนดบทบาทของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์และกระบวนการพิจารณาอุทธรณ์ขึ้นใหม่ โดยลดบทบาทของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์เป็นเพียงผู้ตรวจสอบกลั่นกรองการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่ผู้ทำการประเมินภาษีอากร ยกเลิกบทบัญญัติของกฎหมายที่ตัดสิทธิมิให้ผู้อุทธรณ์ซึ่งไม่ปฏิบัติตามหมายเรียกหรือคำสั่งหรือไม่ยอมตอบคำถามของคณะกรรมการพิจารณาอุธรณ์โดยไม่มีเหตุผลอันสมควรฟ้องคดีต่อศาลภาษีอากร กำหนดระบบการอุทธรณ์ภาษีอากรเป็นแบบไม่บังคับกล่าวคือ กำหนดให้เป็นทางเลือกว่าผู้เสียภาษีสามารถจะนำคดีขึ้นสู่การพิจารณาของศาลภาษีอากรได้โดยตรงไม่จำเป็นต้องผ่านการพิจารณาของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์กำหนดให้ผู้อุทธรณ์มีสิทธิ(ไม่ใช่เป็นเพียงหน้าที่ดังที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน) ที่จะชี้แจงแสดงพยานหลักฐานต่อเจ้าหน้าที่ผู้มีหน้าที่พิจารณาอุทธรณ์และคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์อย่างเต็มที่กับสามารถไปชี้แจงด้วยวาจาโดยตรงต่อคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ และกำหนดเวลาในการพิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์ให้แล้วเสร็จภายในเวลา 6 เดือน นับแต่วันที่ยื่นคำร้องอุทธรณ์ภาษีอากร และควรชะลอการบังคับทางภาษี เพื่อให้ผู้เสียภาษีได้รับบริการและความคุ้มครองในการใช้สิทธิทางกฎหมายจากรัฐมากยิ่งขึ้น