ทำการพัฒนาเครื่องหมายพันธุกรรมระดับโมเลกุลเพื่อระบุชนิดของกุ้ง 5 ชนิดประกอบด้วย ~iPenaeus monodon, P. semisulcatus, Litopenaeus vannamei, Fenneropenaeusmerguiensis~i และ ~iMarsupenaeus japonicus~i ด้วยการวิเคราะห์ PCR-RFLP และ SSCPของยีน 16S rDNA(,560) พบว่า ~iP. monodon, L. vannamei~i และ ~iF. merguiensis~iสามารถจำแนกออกจากกันได้อย่างชัดเจน โดยการตัดยีน 16S rDNA(,560) ด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ~iAlu~i I, ~iMbo~i I, ~iSsp~i I และ ~iVsp~i I ขณะที่ ~iP. semisulcatus~i และ~iM. japonicus~i ไม่สามารถจำแนกออกจากกันได้ เนื่องจากมีจีโนไทป์เหมือนกัน (BABB)เมื่อวิเคราะห์ชิ้น 16S rDNA(,560) ด้วยวิธี SSCP พบว่าสามารถจำแนกกุ้งทั้งสองชนิดนี้ออกจากกันได้ อย่างไรก็ตาม เมื่อขยายตัวอย่างเพิ่มขึ้นพบปัญหาในการทำพีซีอาร์ในกุ้ง~iL. vannamei~i และ ~iF. merguiensis~i จึงทำการโคลนยีน 16S rDNA(,560) จากตัวแทนกุ้งทั้ง 5 ชนิดที่แสดง common mitotype ในกุ้งแต่ละชนิด หาลำดับนิวคลีโอไทป์และออกแบบไพรเมอร์ที่สามารถให้ผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ขนาด 312 bp ได้ในกุ้งทั้ง 5 ชนิด เมื่อวิเคราะห์ด้วย PCR-RFLP ในตัวอย่างจำนวน 185 ตัว พบว่าให้ผลเช่นเดียวกับผลที่ได้จาก 16S rDNA(,560)และพบรูปแบบของ SSCP ที่สามารถจำแนกกุ้งทั้ง 5 ชนิดออกจากกันได้อย่างถูกต้อง จากการศึกษาพันธุศาสตร์ประชากรของกุ้งกุลาดำ ~iP. monodon~i ในประเทศไทยจาก5 แหล่ง (ตราด ชุมพร สตูล ตรัง และพังงา) ด้วยการวิเคราะห์ PCR-RFLP และ SSCP ของยีน16S rDNA(,312) พบว่ามีระดับความหลากหลายทางพันธุกรรมต่ำและไม่พบโครงสร้างประชากรทางพันธุกรรมของกุ้งกุลาดำที่ทำการศึกษา (P > 0.05) และเมื่อวิเคราะห์ด้วย AFLPจำนวน 320 คู่ไพรเมอร์ พบชิ้น AFLP ที่ polymorphic จึงทำการโคลนและหาลำดับนิวคลีโอไทป์ชิ้น AFLP จำนวน 22 ชิ้น ทำการออกแบบไพรเมอร์ 14 คู่และเลือก 4 คู่ไพรเมอร์ (P6M2-370,P6M6-470, E4M6-295 และ E7M10-450) ที่ให้ผล polymorphic มาศึกษาพันธุศาสตร์ประชากรของกุ้งกุลาดำ พบระดับความหลากหลายทางพันธุกรรมต่ำและไม่พบโครงสร้างประชากรทางพันธุกรรม(P > 0.05) เช่นเดียวกับผลจาก 16S rDNA(,312) นอกจากนี้ ทำการาหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน COI(,614) จากกุ้งจำนวน 100 ตัวอย่าง ผลจาก neighbor-joining tree สามารถจัดกลุ่มทางพันธุกรรมของกุ้งกุลาดำในประเทศไทยได้ 3 กลุ่ม โดยพบความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างกลุ่มในระดับสูงแต่ภายในกลุ่มเดียวกันมีระดับต่ำ และพบการกระจายตัวของแฮพโพไทด์แต่ละกลุ่มในแต่ละประชากรมีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (P < 0.05) ทำการค้นหาเครื่องหมายโมเลกุลที่จำเพาะกับเพศและเครื่องหมายที่มีระดับการแสดงออกจำเพาะและแสดงออกแตกต่างกันในรังไข่และอัณฑะกุ้งกุลาดำโดย RAPD (100 ไพรเมอร์ และRAP-PCR (150 คู่ไพรเมอร์) ทำการโคลนเครื่องหมาย RAPD และเครื่องหมาย RAP-PCR จำนวน8, 21 (รังไข่) และ 14 (อัณฑะ) เครื่องหมาย ตามลำดับ หาลำดับนิวคลีโอไทด์และออกแบบไพรเมอร์จำนวน 4 คู่จากชิ้น RAPD พบว่าให้ผลไม่จำเพาะกับเพศและ 25 คู่จาก RAP-PCRเมื่อทดสอบการแสดงออกของยีนดังกล่าวกับกุ้งอายุประมาณ 3 เดือน และกุ้งโตเต็มวัยเพศเมีย(~iN~i = 5, ~iN~i = 7 - 10) และเพศผู้ (~iN~i = 4, ~iN~i = 5 - 7) พบเครื่องหมายที่แสดงออกจำเพาะกับกุ้งเพศเมียจำนวน 5 เครื่องหมาย (FI-4, FI-44, FIII-4, FIII-39 และFIII-58) และเครื่องหมายที่แสดงออกจำเพาะกับกุ้งเพศผู้จำนวน 2 เครื่องหมาย (M457-A01 และMII-51) นอกจากนี้ MII-5 ซึ่งพัฒนามาจากเครื่องหมาย RAP-PCR ที่แสดงออกในอัณฑะกลับให้ผลระดับการแสดงออกสูงในรังไข่มากกว่าในอัณฑะของกุ้งอายุ 3 เดือน และแสดงออกจำเพาะในรังไข่ของกุ้งเพศเมียในระยะโตเต็มวัย