ในการใช้แบบจำลองเชิงตัวเลข ซึ่งประกอบไปด้วยโปรแกรม RMA2, RMA4, SED2Dเพื่อจำลองการไหลเวียนของกระแสน้ำ การแพร่กระจายความเค็ม และการแพร่กระจายตะกอนแขวนลอยในลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา ในช่วงปี พ.ศ. 2545 มีข้อมูลนำเข้าที่สำคัญได้แก่ ข้อมูลระดับน้ำจริงข้อมูลปริมาณน้ำท่าจากคลองต่างๆ ข้อมูลลม ข้อมูลการระเหยของน้ำ ข้อมูลปริมาณฝน และข้อมูลความเข้มข้นของตะกอนแขวนลอย ทำการปรับเทียบแบบจำลองกับข้อมูล กระแสน้ำ ความเค็มและตะกอนแขวนลอย ที่วัดจริง ทั้งหมด 3 สถานี ได้แก่ สถานีร่องน้ำทะเลสาบสงขลา สถานีเขาเขียวและสถานีปากรอ ในช่วงน้ำเกิดระหว่างวันที่ 7 - 8 พฤศจิกายน 2545 และช่วงน้ำตายระหว่างวันที่ 13 - 15 พฤศจิกายน 2545 ผลการเปรียบเทียบพบว่าแบบจำลองสามารถประยุกต์ได้อย่างเหมาะสมกับบริเวณลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา โดยผลการจำลองพบว่า การไหลเวียนของน้ำในช่วงฤดูฝนได้รับอิทธิพลจากปริมาณน้ำท่าและน้ำขึ้นน้ำลงจากอ่าวไทย ส่วนฤดูแล้งได้รับอิทธิพลของน้ำขึ้นน้ำลงเพียงอย่างเดียว ทำให้ในช่วงฤดูแล้งเกิดแพร่กระจายความเค็มมากกว่าช่วงฤดูฝน ในช่วงฤดูแล้งความเข้มข้นของตะกอนแขวนลอยมีค่าน้อยกว่าช่วงฤดูฝนและบริเวณทะเลสาบสงขลามีอัตราการตกตะกอนมากกว่าบริเวณอื่นๆ ในลุ่มน้ำ