นำวิธี reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) โดยใช้primer 324 และ 326 ที่จำเพาะต่อส่วน 5(+,ข) noncoding region (5(+,ข)NCR)ซึ่งเป็นบริเวณที่มีลำดับนิวคลีโอไทด์ใกล้เคียงกันมากที่สุดในกลุ่ม ~iPestivirus~iมาทดสอบกับเชื้อไวรัสอหิวาต์สุกรที่ตรวจพบในประเทศไทย พบว่าไพรเมอร์คู่นี้สามารถตรวจหาสารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรที่แยกได้ในประเทศทุก genogroups รวมทั้งเชื้อไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรที่ใช้อยู่ในประเทศทั้ง 9 ตัวอย่าง ไพรเมอร์คู่นี้มีความจำเพาะสูง ไม่ทำปฏิกิริยากับเชื้อไวรัสอื่น ๆ ที่ตรวจพบได้ในสุกร เป็นวิธีที่มีความไวสูงสามารถตรวจหาสารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรได้ในระดับ 100 median tissue cultureinfective dose (TCID(,50)) ต่อ 100 ไมโครลิตร เมื่อนำผลิตภัณฑ์ PCR ที่ได้มาทำปฏิกริยากับเอนไซม์ตัดจำเพาะ ~iBgl~i I และ ~iAva~i I พบว่าเอนไซม์ ~iBgl~i Iสามารถตัดลำดับเบสของไวรัสอหิวาต์สุกรได้ทุกสายพันธุ์แต่ไม่ตัดลำดับเบสของ bovineviral diarrhea virus (BVDV) ส่วนเอนไซม์ ~iAva~i I สามารถตัดลำดับเบสของทั้ง BVDVไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรและไวรัสอหิวาต์สุกรที่แยกได้ในท้องที่ทุกตัวอย่าง ยกเว้นไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรสองสายพันธุ์ (LOM และ Thiverval) และ สายพันธุ์อ้างอิง ALD ทำการศึกษาลำดับสารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรสายพันธุ์ ALD, GPE, LOM,Thiverval, เชื้อที่แยกได้ในประเทศ (NKP/01) และเชื้อ BVDV สายพันธุ์ Nose และOregon ด้วยวิธี DNA sequencing พบว่าลำดับนิวคลีโอไทด์ของไวรัสอหิวาต์สุกรในบริเวณนี้มีความเหมือนกันสูงมากและมีความเหมือนกับลำดับของ BVDV ประมาณร้อยละ 70เมื่อนำข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของผลิตภัณฑ์ PCR ของไวรัสอหิวาต์สุกรทั้ง 5 สายพันธุ์ไปทำการวิเคราะห์ทาง phylogenetic เปรียบเทียบกับไวรัสที่เป็นตัวแทนของแต่ละsubgenogroups พบว่าสามารถนำลำดับเบสของผลิตภัณฑ์ PCR ดังกล่าวมาใช้ในการศึกษาด้านระบาดวิทยาและค้นหาที่มาของเชื้อที่เป็นสาเหตุของการระบาดได้ เมื่อพิจารณาถึงความไว ความจำเพาะ ความแม่นยำ และความสะดวกรวดเร็วในการตรวจวิธี RT-PCR โดยใช้ไพรเมอร์ 324 และ 326 และการจำแนกเชื้อด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะจึงเป็นวิธีที่สามารถนำมาใช้ในการตรวจวินิจฉัยโดยอหิวาต์สุกรในประเทศไทยจากตัวอย่างสิ่งส่งตรวจได้