วิทยานิพนธ์ฉบับนี้มุ่งที่จะศึกษาถึงปัญหาในเรื่องการบังคับใช้พระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ.2539 มาตรา 4 อนุมาตรา 2 ซึ่งได้บัญญัติยกเว้นไม่ให้ใช้บังคับพระราชบัญญัติฉบับนี้แก่องค์กรที่ใช้อำนาจตามรัฐธรรมนูญโดยเฉพาะ ผลจากการวิจัยพบว่าการที่พระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ.2539บัญญัติเอาไว้เช่นนี้เป็นกรณีที่ยกเว้นมิให้ใช้บังคับพระราชบัญญัติฉบับนี้โดยมองในแง่ของรูปแบบองค์กรที่ใช้อำนาจแต่ไม่ได้มองในแง่ของเนื้อหาในการใช้ขณะเดียวกันองค์กรตามรัฐธรรมนูญก็มีการใช้อำนาจในหลายๆ ลักษณะ ไม่เพียงแค่เฉพาะอำนาจที่รัฐธรรมนูญบัญญัติไว้เท่านั้น ในบางกรณีมีลักษณะของการใช้อำนาจทางปกครองด้วยซึ่งส่งผลให้การใช้อำนาจทางปกครองขององค์กรตามรัฐธรรมนูญไม่อยู่ภายใต้ขอบเขตการบังคับใช้ของพระราชบัญญัติฉบับนี้ ทั้งนี้หลักเกณฑ์และสิทธิพื้นฐานต่างๆ อาทิหลักการโต้แย้งคัดค้านและแสดงเหตุผล หลักความไม่มีส่วนได้เสียของเจ้าหน้าที่ซึ่งกฎหมายบัญญัติไว้เพื่อคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพของประชาชน ตลอดจนเพื่อควบคุมความชอบด้วยกฎหมายของการใช้อำนาจทางปกครอง ภายใต้พระราชบัญญัติฉบับนี้ไม่สามารถที่จะนำมาบังคับใช้กับการใช้อำนาจในทางปกครองขององค์กร ตามรัฐธรรมนูญได้ซึ่งการที่พระราชบัญญัติฉบับนี้บัญญัติยกเว้นในแง่ขององค์กรเช่นนี้เกิดปัญหาตามมาว่าขอบเขตขององค์กรตามรัฐธรรมนูญโดยเฉพาะ หมายถึงองค์กรใดบ้าง เนื่องจากตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย ฉบับปัจจุบัน (พ.ศ.2540) ได้บัญญัติองค์กรตามรัฐธรรมนูญเพิ่มขึ้นเป็นจำนวนมาก อาทิ คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ คณะกรรมการการเลือกตั้ง ซึ่งองค์กรเหล่านี้ล้วนแต่มีลักษณะของการใช้อำนาจได้ในหลายลักษณะ แต่ขณะที่ประกาศใช้พระราชบัญญัติฉบับนี้ รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ.2534 (แก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ.2538) ที่บังคับใช้ขณะนั้นยังไม่ได้บัญญัติถึงองค์กรตามรัฐธรรมนูญข้างต้นเอาไว้ จากการที่พระราชบัญญัติฉบับนี้บัญญัติไว้เช่นนี้ ส่งผลให้องค์กรตามรัฐธรรมนูญ ตามรัฐธรรมนูญฉบับปัจจุบัน ทุกองค์กรไม่อยู่ภายใต้ขอบเขตการบังคับใช้ของพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครองพ.ศ.2539 ดังนั้น จึงควรบัญญัติเอาไว้ให้ชัดเจนว่า การยกเว้นมิให้ใช้บังคับพระราชบัญญัติฉบับนี้กับองค์กรที่ใช้อำนาจตามรัฐธรรมนูญโดยเฉพาะ เป็นการยกเว้นในฐานะที่เป็นองค์กรที่ใช้อำนาจตามรัฐธรรมนูญและยกเว้นไว้เฉพาะกรณีที่เป็นการใช้อำนาจตามรัฐธรรมนูญ ที่รัฐธรรมนูญบัญญัติเอาไว้โดยแท้เท่านั้น ในกรณีที่มีการใช้อำนาจทางปกครองย่อมต้องอยู่ภายใต้ขอบเขตการใช้บังคับของพระราชบัญญัติฉบับนี้