คดีภาษีอากรที่มีประเด็นการโต้แย้งสิทธิจากกระบวนการตามประมวลรัษฎากรซึ่งอยู่ในเขตอำนาจศาลภาษีอากรตามพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ. 2528 มาตรา 7 มีลักษณะเป็นคดีพิพาทที่เกิดขึ้นระหว่างคู่กรณีซึ่งฝ่ายหนึ่งเป็นฝ่ายปกครองกับอีกฝ่ายหนึ่งเป็นผู้อยู่ใต้ปกครอง อันเป็นลักษณะความสัมพันธ์ที่มีฐานะไม่เท่าเทียมกัน จึงถูกจัดอยู่ในประเภทคดีปกครอง ซึ่งในการวินิจฉัยชี้ขาดต้องมีการกำกับดูแลเป็นพิเศษบนหลักการสำคัญแห่งกฎหมายปกครอง ได้แก่ การใช้วิธีพิจารณาคดีแบบไต่สวนอันเป็นวิธีการลดช่องว่างความเสียเปรียบในการนำเสนอพยานหลักฐานเพื่อพิสูจน์ให้เห็นข้อเท็จจริงที่มีอยู่ของเอกชน และการได้รับการวินิจฉัยชี้ขาดโดยผู้ที่มีความรู้ความเชี่ยวชาญทางด้านกฎหมายภาษีอากร กฎหมายปกครองและมีความชำนาญพิเศษโดยอาศัยประสบการณ์ในการบริหารรัฐกิจ ทั้งนี้ เพื่อสร้างหลักประกันความเป็นธรรมแก่เอกชนผู้เสียภาษีอากรกรณีได้รับความเดือดร้อนเสียหายโดยมีมูลเหตุจากมาตรการการจัดเก็บภาษีอากรขององค์กรเจ้าหน้าที่ฝ่ายภาษีอากรของรัฐ และในขณะเดียวกันก็รักษาประโยชน์สาธารณะอันทำให้ไม่เป็นอุปสรรคในการบริหารงานการจัดเก็บภาษีของรัฐได้อีกประการหนึ่งด้วย แต่จากการศึกษาคำวินิจฉัยชี้ขาดขององค์กรทางตุลาการที่เกี่ยวข้อง พบว่าการวินิจฉัยชี้ขาดของศาลภาษีอากรในบางเรื่องยังไม่อาจเยียวยาเพื่อบรรเทาความเสียหายให้แก่เอกชนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งมีสาเหตุเนื่องจากการจัดแบ่งเขตอำนาจศาลและการดำเนินคดีภาษีอากรของศาลภาษีอากรที่ยังขาดความชัดเจนแน่นอนและไม่สอดคล้องกับหลักกฎหมายปกครองดังกล่าวข้างต้น ในวิทยานิพนธ์ฉบับนี้ ผู้เขียนจึงได้ศึกษาปัญหาเรื่องความไม่เหมาะสมสอดคล้องในลักษณะต่าง ๆ ที่มีความเกี่ยวเนื่องกับเรื่องเขตอำนาจศาล และการดำเนินคดีภาษีอากรในศาลภาษีอากรที่ส่งผลกระทบต่อการอำนวยความยุติธรรมแก่เอกชน พร้อมกันนั้นก็ได้เสนอแนะแนวทางแก้ไขปัญหาที่เกี่ยวข้องใน 3 ประเด็นหลัก ได้แก่ 1. ออกกฎหมายแก้ไขเพิ่มเติมลักษณะคดีที่อยู่ในเขตอำนาจศาลภาษีอากรให้มีรายละเอียดชัดเจนแน่นอน และออกกฎหมายวิธีพิจารณาความพิเศษเพื่อกำหนดให้มีกลไกการส่งต่อประเด็นการวินิจฉัยความชอบของกฎหมายลำดับรองที่ออกตามความในประมวลรัษฎากรระหว่างศาลภาษีอากร กับศาลปกครองเพื่อแก้ไขปัญหาการโต้แย้งเขตอำนาจศาลภาษีอากร 2. ออกกฎหมายแก้ไขข้อกำหนดคดีภาษีอากร พ.ศ. 2544 ให้มีลักษณะสอดคล้องกับวิธีพิจารณาคดีปกครองในระบบไต่สวน และ3. ออกกฎหมายกำหนดวิธีพิเศษในการคัดเลือกและแต่งตั้งโยกย้ายผู้พิพากษาศาลภาษีอากรโดยใช้เกณฑ์ความเชี่ยวชาญและความชำนาญพิเศษ เพื่อความต่อเนื่องในการบ่มเพาะความรู้ทางด้านภาษีอากร