การวิจัยครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาต้นทุนและแนวโน้มของต้นทุนในการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยสงฆ์ และเสนอแนวทางการจัดทำงบประมาณเมื่อเทียบกับวัตถุประสงค์ของสถาบันและการจัดทำงบประมาณแบบเน้นผลงานที่สอดคล้องกับแนวโน้มต้นทุนในการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยสงฆ์ ข้อมูลในการวิจัย คือต้นทุนในการจัดการศึกษาของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้ง 2 แห่ง ได้แก่ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย วิธีวิจัย คือ วิเคราะห์ต้นทุนทางการศึกษาโดยใช้ข้อมูลต้นทุนลงทุนและต้นทุนดำเนินการของทั้ง 2 มหาวิทยาลัยในช่วงปีพ.ศ. 2540-2544 ไปคำนวณแนวโน้มต้นทุนเฉลี่ยต่อคนต่อปีในช่วงปี พ.ศ. 2545-2549และนำผลจากการสัมภาษณ์ผู้ที่เกี่ยวข้อง วัตถุประสงค์ของสถาบันและวิธีการจัดสรรงบประมาณแบบเน้นผลงานมาจัดทำข้อเสนอแนวทางในการจัดทำงบประมาณ ผลการวิจัยพบว่า ในช่วงปี พ.ศ. 2540-2544 มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยและมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยมีต้นทุนเฉลี่ยต่อคนต่อปีในการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรี เท่ากับ 21,720 บาท และ 55,314 บาท ตามลำดับ แนวโน้มของต้นทุนเฉลี่ยต่อคนต่อปีในการจัดการศึกษาตั้งแต่ พ.ศ. 2545-2549 พบว่า มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยและมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยมีแนวโน้มของต้นทุนเฉลี่ยต่อคนต่อปีในการจัดการศึกษาสูงขึ้น 6.13% และ 4.41% ตามลำดับ ผลการสัมภาษณ์บุคคลที่เกี่ยวข้องพบว่า ปัญหาสำคัญในการจัดทำงบประมาณ ได้แก่ ปัญหาข้อจำกัดของงบประมาณที่ไม่เพียงพอในแต่ละปี ปัญหาด้านศักยภาพของบุคลากร และปัญหาความไม่พร้อมของระบบการบริหารและจัดการในการจัดการศึกษา ผู้ให้สัมภาษณ์ส่วนใหญ่จึงเสนอแนวทางในการจัดทำงบประมาณโดยต้องการให้มีการปรับเปลี่ยนและพัฒนาบุคลากรและระบบการบริหารและจัดการงบประมาณใหม่รวมทั้งต้องการให้มีการควบคุมต้นทุนและบริหารต้นทุนที่ใช้ในการจัดการศึกษาอย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังต้องการให้เกิดการประสานความร่วมมือระหว่างภาครัฐและเอกชนเพื่อเพิ่มศักยภาพบุคลากร การบริหารงาน และการประเมินผลการจัดทำงบประมาณในแต่ละปีผลการวิเคราะห์โครงการค่าใช้จ่ายพบว่า โครงการศาสนศึกษาในแต่ละปียังขาดการริเริ่มโครงการใหม่ ๆ เนื่องจากปัญหาข้อจำกัดด้านจำนวนเงินงบประมาณ สำหรับผลการวิเคราะห์วัตถุประสงค์ของสถาบันพบว่า มหาวิทยาลัยจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยมีภาพรวมเพื่อมุ่งเน้นให้บัณฑิตมีทักษะในชีวิตและการทำงานควบคู่กันไปโดยสามารถจะประยุกต์พระพุทธศาสนาให้เข้ากับวิชาการแขนงอื่น ๆ ได้ ในขณะที่มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยมีภาพรวมเพื่อมุ่งเน้นให้บัณฑิตเป็นกำลังสำคัญในฐานะผู้นำในการเผยแพร่พระพุทธศาสนาสู่สังคมโลกได้ สำหรับแนวทางในการจัดทำงบประมาณในอนาคตผู้วิจัยได้เสนอแนวทางสำคัญไว้ดังนี้ (1) ต้องปรับเปลี่ยนระบบการจัดทำงบประมาณเกี่ยวกับโครงการศาสนศึกษาในแต่ละปีในรูปแบบของการจัดทำงบประมาณแบบเน้นผลงาน (2) ต้องวางแผนการควบคุมและบริหารต้นทุนโดยจำแนกความสำคัญและความจำเป็นก่อนหลังแล้วใช้หลักการประหยัดต้นทุนและเพิ่มประสิทธิภาพในการใช้ต้นทุนตามหลักการทางเศรษฐศาสตร์ในการศึกษา (3) ต้องมุ่งเน้นการสร้างเครือข่ายองค์กรภายนอกมหาวิทยาลัยให้เข้ามามีบทบาทในการส่งเสริมและสนับสนุนผลงานวิจัยและความร่วมมือในการพัฒนาระบบการจัดทำงบประมาณให้เกิดประสิทธิภาพยิ่งขึ้นในอนาคต