การดำเนินคดีพิพาทที่เกี่ยวกับความรับผิดทางละเมิดของหน่วยงานทางปกครองหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐในอดีตเป็นคดีข้อพิพาทที่อยู่ในเขตอำนาจศาลยุติธรรม ต่อมามีการบัญญัติกฎหมายที่กำหนดหลักเกณฑ์ที่เกี่ยวข้องกับคดีข้อพิพาทดังกล่าวไว้ในพระราชบัญญัติความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่ พ.ศ.2539 ประกอบด้วยระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยหลักเกณฑ์การปฏิบัติเกี่ยวกับความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่ พ.ศ.2539 ที่กำหนดให้สิทธิผู้ที่เกี่ยวข้องในการร้องขอ ฟ้องร้อง ออกคำสั่งให้ชำระเงินในคดีพิพาทที่เกี่ยวกับการกระทำละเมิดของฝ่ายปกครองที่เกิดในการปฏิบัติหน้าที่ทั้งในความสัมพันธ์ระหว่างหน่วยงานทางปกครองกับเอกชน และระหว่างเจ้าหน้าที่ของรัฐกับหน่วยงานทางปกครอง โดยในการกำหนดหลักเกณฑ์ดังกล่าวที่จะทำให้คดีพิพาทบางคดีเป็นคดีที่อยู่ในเขตอำนาจศาลปกครองได้ในอนาคต ในปัจจุบันได้มีการจัดตั้งศาลปกครองขึ้นตามพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 ที่มีวัตถุประสงค์กำหนดเขตอำนาจศาลปกครองให้มีเขตอำนาจในการพิจารณาคดีพิพาทที่เกี่ยวกับการกระทำละเมิดของหน่วยงานทางปกครองหรือเจ้าหน้าที่ของรัฐที่จำกัดไว้เฉพาะคดีพิพาทเกิดจากการใช้อำนาจตามกฎหมาย จากกฏคำสั่งทางปกครอง หรือคำสั่งอื่น หรือละเลยต่อหน้าที่ที่กฎหมายกำหนดให้ต้องปฏิบัติ หรือปฏิบัติหน้าที่ดังกล่าวล่าช้าเกินสมควร เท่านั้น นอกจากนี้เป็นคดีข้อพิพาทที่อยู่ในเขตอำนาจศาลยุติธรรม ดังนั้น การกำหนดหลักเกณฑ์ในพระราชบัญญัติความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่ พ.ศ.2539 จึงไม่สอดคล้องกับเขตอำนาจศาลปกครองที่จัดตั้งขึ้นมาภายหลังที่มีการกำหนดช่องทางให้คดีข้อพิพาทในลักษณะที่ไม่อยู่ในเขตอำนาจศาลปกครอง สามารถเป็นคดีที่โยงไปสู่เขตอำนาจศาลปกครองได้ จึงไม่สอดคล้องกับเจตนารมณ์ในการกำหนดเขตอำนาจศาลปกครองและทำให้เกิดปัญหาระหว่างเขตอำนาจศาลปกครองและศาลยุติธรรมได้ วิทยานิพนธ์นี้จึงเสนอว่า ควรแก้ไขบทบัญญัติของกฎหมายที่เกี่ยวข้องทั้งในพระราชบัญญัติความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่ พ.ศ.2539 มาตรา 12 ควรบัญญัติเพิ่มเติมว่า วรรคสอง "เมื่อเกิดกรณีตามวรรคหนึ่งให้ผู้บังคับบัญชาตั้งคณะกรรมการสอบสวนเมื่อเห็นว่าเจ้าหน้าที่ได้กระทำละเมิดที่เกิดจากการใช้อำนาจตามกฎหมาย จากกฎ คำสั่งทางปกครอง หรือคำสั่งอื่น หรือจากการละเลยต่อหน้าที่ที่กฎหมายกำหนดให้ต้องปฏิบัติ หรือปฏิบัติหน้าที่ดังกล่าวล่าช้าเกินสมควร ให้ผู้บังคับบัญชาออกคำสั่งทางปกครองเรียกให้เจ้าหน้าที่ชำระเงินดังกล่าวภายในกำหนดเวลา ถ้าการกระทำละเมิดเป็นเรื่องที่ไม่เกี่ยวกับการกระทำในวรรคสอง ให้ผู้บังคับบัญชามีหนังสือเรียกให้ชำระหนี้ และถ้าเจ้าหน้าที่ไม่ชำระให้ดำเนินการรวบรวมพยานหลักฐานที่เกี่ยวข้องส่งพนักงานอัยการเพื่อฟ้องต่อศาลต่อไป" เพิ่มเติมในบทเฉพาะการตามพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 มาตรา 106 ดังนี้ "สิทธิร้องทุกข์ต่อคณะกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์ตามมาตรา 11 และกรณีที่หน่วยงานของรัฐออกคำสั่งทางปกครองหรือมีหนังสือเรียกให้ชำระเงินตามมาตรา 12 แห่งพระราชบัญญัติความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่ พ.ศ.2539 ในคดีที่ไม่อยู่ในเขตอำนาจศาลปกครองตามพระราชบัญญัตินี้ ให้ถือว่าเป็นคดีที่ฟ้องต่อศาลยุติธรรม"