ในการตรวจหาความแปรผันทางพันธุกรรมของข้าวไทย 10 พันธุ์คือ ขาวดอกมะลิ 105 ขาวตาแห้ง 17 เหลืองประทิว 123 ลูกแดงปัตตานี และเก้ารวง88 ซึ่งเป็นข้าวทนเค็มเหมยนอง 62 เอ็ม นางพญา ยายอ ฝอยทองและเล็บนกปัตตานีเป็นข้าวไม่ทนเค็ม เปรียบเทียบกับข้าวต่างประเทศ 2 พันธุ์คือ พอคคาลิ เป็นข้าวพันธุ์ทนเค็มของประเทศศรีลังกา และ ไอ อาร์ 28 ซึ่งเป็นข้าวไม่ทนเค็มจากสถาบันวิจัยข้าวนานาชาติรวมเป็น 12 พันธุ์โดยวิธีแรนดอม แอมพลิไฟด์พอลิมอร์ฟิค ดีเอ็นเอ(อาร์เอพีดี) เมื่อทดลองใช้ไพรเมอร์สังเคราะห์ 20 ชนิด ความยาว 10 เบสกับดีเอ็นเอที่สกัดจากจีโนมทั้งหมดของข้าวหกพันธุ์สามารถคัดเลือกไพรเมอร์ได้ 5 ชนิดซึ่งให้ความหลากหลายของชิ้นดีเอ็นเอ 16-31 แถบที่แยกเอกลักษณ์ข้าวทั้ง 6 พันธุ์ออกจากกันได้อย่างชัดเจนโดยมีไพรเมอร์ X9 ซึ่งมีลำดับเบส ACGGCCGACC ให้พอลิมอร์ฟิค ดีเอ็นเอสูงสุดค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมระหว่างข้าวทั้ง 6 พันธุ์อยู่ในช่วง 0.09-0.58 เมื่อใช้ 5 ไพรเมอร์ร่วมกัน เมื่อใช้โปรแกรมUPGMA สร้างแผนภูมิเดนโดรแกรม (dendrogram) จัดกลุ่มความสัมพันธ์ได้เป็น2 กลุ่ม ไพรเมอร์ X9 มีแนวโน้มที่จะจำแนกข้าวทนเค็มจากข้าวไม่ทนเค็มที่สุดเพราะแสดงความแตกต่างระหว่างข้าวทนเค็มทั้ง 5 พันธุ์จากข้าว ไอ อาร์ 28และสูงสุดระหว่างพันธุ์พอคคาลิและ IR28 เมื่อวิเคราะห์ความแปรผันทางพันธุกรรมของข้าวทั้ง 12 พันธุ์โดยใช้ไพรเมอร์ X9 สามารถแยกเอกลักษณ์ของข้าวทั้ง12 พันธุ์ได้ เมื่อนำคะแนนสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงที่ได้ไปสร้างแผนภูมิเดนโดรแกรมสามารถจับกลุ่มข้าวไทย 10 พันธุ์ แยกออกจากข้าวต่างประเทศ 2 พันธุ์คือ พอคคาลิและ ไอ อาร์ 28 ได้อย่างชัดเจนโดยมีแถบดีเอ็นเอขนาด 600 คู่เบส เป็นโมเลกุลเครื่องหมาย เมื่อวิเคราะห์จากค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึง ข้าวไทยพันธุ์ทนเค็ม5 พันธุ์จากทุกภาคคือ เก้ารวง 88 ลูกแดงปัตตานี เหลืองประทิว 123 ขาวดอกมะลิ105 และขาวตาแห้ง 17 มีความใหล้ชิดกันทางพันธุกรรมมากที่สุด (0.75-0.93)ส่วนข้าวไม่ทนเค็มจากภาคใต้ 4 พันธุ์ คือ นางพญา 132 ยายอ ฝอยทอง และเล็บนกปัตตานี ความคล้ายคลึงทางพันธุกรรม (0.75-0.80) จากดัชนีแสดงลักษณะการทนเค็มของข้าว 8 ประการคือร้อยละของการงอก ความเสียหายของใบ ความสูงการแตกกอ อัตราส่วนโดยน้ำหนักแห้งของต้น / ราก จำนวนรวงต่อกอ จำนวนเมล็ดดีต่อรวง และน้ำหนักร้อยเมล็ด พบว่าความเสียหายของใบ เป็นดัชนีการทนเค็มที่ดีที่สุด สามารถแยกกลุ่มข้าวทนเค็ม ซึ่งความเสียหายของใบอยู่ในช่วง 10.74- 21.87 % ออกจากกลุ่มข้าวไม่ทนเค็มซึ่งมีความเสียหายของใบ 39.37-49.43%ได้อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ และสอดคล้องกับความคล้ายคลึงทางพันธุกรมโดยวิธีอาร์เอพีดี (0.75-0.93) ข้าวไทยพันธุ์ขาวตาแห้ง 17 มีความเสียหายของใบน้อยที่สุด และเหมยนอง 62 เอ็มทนเค็มที่ระดับ 8 ds/m น้อยที่สุดในช่วงการเจริญเติบโตทางลำต้นและใบ