ฝ้ายเป็นพืชในสกุล ~iGossypium~i วงศ์ Malvaceae และเป็นพืชเศรษฐกิจที่มีความสำคัญต่ออุตสาหกรรมสิ่งทอของประเทศ จึงมีการผลิตฝ้ายพันธุ์ดีเด่นที่ให้ผลผลิตสูงและต้านทานต่อโรคและแมลง ซึ่งในอนาคตจะมีการจดทะเบียนพันธุ์ฝ้ายดังกล่าวเพื่อป้องกันการละเมิดทรัพย์สินทางปัญญา ในการจดทะเบียนคุ้มครองพันธุ์ฝ้ายนั้นต้องพิจารณาลักษณะประจำพันธุ์ต่างๆเพื่อจำแนกแต่ละพันธุ์ออกจากกัน งานวิจัยนี้ได้ทำการตรวจสอบและประเมินลักษณะประจำพันธุ์จำนวน 49 ลักษณะในฝ้าย 10 พันธุ์ 5 สายพันธุ์ซึ่งประกอบด้วยฝ้ายพันธุ์ปลูก และพันธุ์พื้นเมือง (~iG. hirsutum, G. barbadense, G. arboreum~i) เป็นระยะเวลา 2 ฤดูเพาะปลูก เพื่อศึกษาทั้งลักษณะทางคุณภาพและปริมาณรวมทั้งลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่เหมาะสมต่อการใช้จำแนกความแตกต่างระหว่างพันธุ์/สายพันธุ์ โดยทำการทดสอบที่ศูนย์วิจัยพืชไร่นครสวรรค์อ.ตากฟ้า จ.นครสวรรค์ จากการศึกษาพบลักษณะสำคัญที่สามารถใช้ในการระบุความแตกต่างระหว่างฝ้ายทั้ง 15 พันธุ์/สายพันธุ์ได้จำนวน 32 ลักษณะซึ่งส่วนใหญ่เป็นลักษณะทางด้านการสืบพันธุ์ (reproductive character) และลักษณะทางด้านการเจริญเติบโต (vegetativecharacter) ตามลำดับ สำหรับการใช้ลายพิมพ์ดีเอ็นเอจากวิธีการ RAPD เพื่อใช้แสดงลักษณะประจำพันธุ์ของฝ้ายแต่ละสายพันธุ์นั้นไม่พบแถบดีเอ็นเอจำเพาะ (unique band) ที่จะใช้ระบุแต่ละสายพันธุ์ได้ แสดงให้เห็นว่าเทคนิค RAPD อาจเป็นวิธีการที่ไม่เหมาะสมสำหรับการระบุพันธุ์/สายพันธุ์ ทั้งนี้สาเหตุหนึ่งอาจเนื่องมาจากพันธุ์ฝ้ายที่นำมาศึกษาในครั้งนี้มีฐานพันธุกรรม (genetic base) แคบ