การวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างรัฐกับสถาบันอุดมศึกษาของรัฐในกำกับ และเสนอรูปแบบความสัมพันธ์ระหว่างรัฐกับสถาบันอุดมศึกษาของรัฐในกำกับตาม พ.ร.บ. การศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ประกอบด้วยความสัมพันธ์ด้านนโยบายและแผน ด้านมาตรฐานอุดมศึกษา ด้านการสนับสนุนทรัพยากร และด้านการติดตามตรวจสอบ และประเมินผล โดยใช้ระเบียบวิธีวิจัยเชิงบรรยาย (Descriptive Research)กลุ่มตัวอย่างในการวิจัยได้แก่ ผู้ทรงคุณวุฒิด้านอุดมศึกษาและผู้มีส่วนเกี่ยวข้องในการร่าง พ.ร.บ. การศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ผู้บริหารหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องและผู้บริหารสถาบันอุดมศึกษาของรัฐรวม 30 คน เก็บข้อมูลด้วยการสัมภาษณ์ จากนั้นจัดประชุมกลุ่มสนทนา (Focused Group Discussion) ตามประเด็นความสัมพันธ์เพื่อร่างรูปแบบ และจัดประชุมผู้ทรงคุณวุฒิ (Connisseurship) เพื่อตรวจสอบรูปแบบที่สร้างขึ้นสรุปผลการวิจัยได้ดังนี้ ควมสัมพันธ์ระหว่างรัฐกับสถาบันอุดมศึกษาของรัฐในกำกับ เป็นความสัมพันธ์เชิงกำกับและตรวจสอบ โดยรัฐกำกับในเชิงนโยบาย แผน และมาตรฐาน และใช้การสนับสนุนงบประมาณและการติดตาม ตรวจสอบ ประเมินผล เป็นกลไกในการกำกับ โดยยึดหลักการกระจายอำนาจการมีส่วนร่วม การบริหารจัดการที่ดี และหลักการตาม พ.ร.บ. การศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542ให้มหาวิทยาลัยในกำกับมีอิสระคล่องตัวในการบริหารจัดการ ให้การดำเนินงานสิ้นสุดที่ระดับสภามหาวิทยาลัยมากที่สุด ความสัมพันธ์ในด้านนโยบายและแผนนั้น รัฐต้องกำหนดนโยบายและแผนพัฒนาอุดมศึกษาที่ชัดเจน กำหนดเป้าหมายการผลิตกำลังคนและทำความตกลงกับมหาวิทยาลัยเพื่อให้ดำเนินการผลิตตามจำนวน สาขาวิชา และงบประมาณตามที่ตกลง เพื่อให้เกิดการแข่งขัน โดยคำนึงถึงคุณภาพและประสิทธิภาพ ในด้านมาตรฐานอุดมศึกษา รัฐกำหนดมาตรฐานเป็นกรอบกว้าง เป็นมาตรฐานกลางที่มีความยืดหยุ่น เป็นมาตรฐานสากล และเป็นมาตรฐานเดียวกัน ที่ใช้กันทุกสถาบัน ควรกำหนดมาตรฐานบัณฑิต ที่เป็นมาตรฐาน ผลผลิต (output) และผลที่ตามมา (outcome) และใช้การประกันคุณภาพภายในและภายนอก เป็นกลไกพัฒนาไปสู่มาตรฐานที่ดีขึ้น ความสัมพันธ์ในด้านการสนับสนุนงบประมาณ รัฐควรจัดสรรให้สถาบันในกำกับในลักษณะเงินอุดหนุนทั่วไป (Block Grants) คิดจากค่าใช้จ่ายต่อหัว แต่ละสาขาวิชา โดยเน้นผลการดำเนินงาน และคำนึงถึงเอกลักษณ์ของแต่ละแห่ง ทั้งควรมีเงินสมทบเพิ่มสำหรับคุณภาพที่เพิ่มขึ้น ใช้การจัดสรรงบประมาณเป็นกลไกกำกับนโยบาย แผน พัฒนาคุณภาพและมาตรฐานของสถาบัน โดยให้คณะกรรมการ/สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา มีบทบาทในการจัดสรรระดับสถาบัน และควรมีรูปแบบการจัดสรรที่หลากหลาย นอกจากนี้รัฐต้องมีระบบติดตาม ตรวจสอบและประเมินผลการดำเนินงานของสถาบันที่เข้มแข็ง จริงจัง และเชื่อมโยงกับการสนับสนุนงบประมาณ โดยเน้นการติดตาม ประเมินผลประสิทธิภาพ ประสิทธิผลการปฏิบัติงานตามนโยบายและแผน และตรวจสอบการใช้เงินในลักษณะตรวจสอบภายหลัง (Post Auditing) ขณะเดียวกันกับสถาบันอุดมศึกษาต้องมีระบบควบคุมตรวจสอบภายในและระบบการรายงานที่ดี เชื่อถือได้