จากการวิเคราะห์ลักษณะทางสัณฐานวิทยาระหว่างไก่พื้นเมืองของไทย Gallus gallus domesticusจำนวน 4 สายพันธุ์ ๆ ละ 15 ตัว และไก่ป่าตุ้มหูขาว Gallus gallus gallus จำนวน 10 ตัว พบว่ามีความแตกต่างทางสัณฐานวิทยา คือ ความยาวของแข้ง ความยาวของจงอยปาก ความยาวของหัว และความยาวของปีก อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (P<0.05) การวิเคราะห์ความแปรผันทางพันธุกรรมระหว่าง subspecies ของไก่พื้นเมือง G. g. domesticusของไทย 4 สายพันธุ์ ๆ ละ 25 ตัว และระหว่างไก่พื้นเมืองของไทย กับ ไก่ป่าตุ้มหูขาว G. g. gallus11 ตัว โดยการใช้ไมโครแซทเทลไลท์ดีเอ็นเอ ทำการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในยีโนมของไก่ในแต่ละสายพันธุ์ด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส (PCR) เมื่อใช้ไพรเมอร์ของไมโครแซทเทลไลท์ดีเอ็นเอ 4บริเวณ คือ MCW240, ADL23, LEI73 และ MCW87 ได้จำนวนอัลลีลในแต่ละบริเวณเป็น 13, 12,11 และ 6 ตามลำดับ จากการวิเคราะห์ค่าเฉลี่ย observed heterozygosity (H(,0)) ของสายพันธุ์ ไก่แจ้ไก่ป่าตุ้มหูขาว ไก่ชนสีประดู่หางดำ ไก่เบตง และไก่ชนสีเหลืองหางขาว พบว่ามีค่าเท่ากับ 0.76,0.73, 0.72, 0.72 และ 0.66 ตามลำดับ และจากการทดสอบความแตกต่างของค่า expectedheterozygosity (H(,E)) ระหว่างสายพันธุ์ไก่พื้นเมืองของไทย พบว่าไม่มีความแตกต่างกันทางสถิติ การทดสอบกฎของ Hardy-Weinberg ในไก่พื้นเมืองของไทยทุกสายพันธุ์ และ ไก่ป่าตุ้มหูขาวพบว่าเฉพาะไมโครแซทเทลไลท์ดีเอ็นเอบริเวณ MCW240 ของสายพันธุ์ไก่ชนสีเหลืองหางขาวมีการเบี่ยงเบนไปจากกฎดังกล่าว และจากการทดลองพบว่าสายพันธุ์ไก่ชนสีเหลืองหางขาวพบอัลลีลที่มีแนวโน้มที่สามารถจะนำมาใช้เป็นตัวบ่งชี้ในการจำแนกสายพันธุ์ไก่ชนิดนี้ได้ อย่างไรก็ตามเมื่อทำการศึกษาความแตกต่างทางพันธุกรรมโดยไมโครแซทเทลไลท์ดีเอ็นเอ แสดงให้เห็นว่าไก่พื้นเมืองของไทยมีความแตกต่างทางพันธุกรรมภายใน subspecies มาก แต่มีความแตกต่างระหว่างsubspecies น้อย และเมื่อคำนวณค่าระยะห่างทางพันธุกรรมตามวิธี Cavalli-Sforza พบว่าระยะห่างทางพันธุกรรมระหว่างไก่แจ้และไก่ป่าตุ้มหูขาวมีค่ามากที่สุด คือ 0.1340 ในขณะที่ระยะห่างทางพันธุกรรมระหว่างไก่ชนสีประดู่หางดำและไก่เบตงมีค่าน้อยที่สุด คือ 0.0618