การวิจัยครั้งนี้มีจุดประสงค์เพื่อทราบถึงอุปสรรคหรือข้อจำกัดทางกฎหมายที่ก่อให้เกิดปัญหาการดำเนินคดีผู้ทุจริตในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม และเพื่อทราบว่าอุปสรรคหรือข้อจำกัดทางกฎหมายดังกล่าวส่งผลกระทบต่อการป้องกันและปราบปรามผู้ทุจริตในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม หรือไม่ อย่างไร ผลการวิจัยพบว่า กฎหมายที่เกี่ยวข้องกับกระบวนวิธีพิจารณา ยังไม่เอื้ออำนวยให้การดำเนินคดีผู้ทุจริตในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม เป็นไปได้อย่างมีประสิทธิภาพ และประสิทธิผล กล่าวคือ กฎหมายที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการดำเนินคดีของเจ้าพนักงานชั้นก่อนฟ้อง แบ่งแยกกระบวนการดำเนินคดีชั้นก่อนฟ้องออกจากกัน ไม่เป็นกระบวนการเดียวกัน โดยกระบวนการประกอบไปด้วยขั้นตอนที่แบ่งแยกออกจากกันตั้งแต่เริ่มต้น ซึ่งได้แก่ การสืบสวนของเจ้าพนักงานสรรพากรที่เรียกว่าการตรวจสอบไต่สวนและการพิจารณาดำเนินคดีอาญาชั้นสรรพากร แล้วต่อด้วยการดำเนินคดีอาญาของพนักงานสอบสวน และการดำเนินคดีอาญาของพนักงานอัยการ การรวบรวมพยานหลักฐานของเจ้าพนักงานที่ต้องผ่านหน่วยงานหลายหน่วยงาน ทั้งของเจ้าพนักงานสรรพากรและพนักงานสอบสวนกว่าจะถึงหน่วยงานที่มีหน้าที่รับผิดชอบในการฟ้องร้องคดีอาญาคืออัยการนั้น ย่อมทำให้เกิดปัญหาความผิดพลาดในการดำเนินคดี และความล่าช้าในการดำเนินคดีมากกว่าการรวบรวมพยานหลักฐานของเจ้าพนักงานที่เป็นกระบวนการเดียวกัน นอกจากนี้กฎหมายที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินคดีอาญาชั้นพิจารณาคดีในศาล ก็กำหนดหน้าที่นำสืบแก่โจทก์ โดยอัยการโจทก์จะต้องนำสืบพยานหลักฐานเพื่อพิสูจน์ให้ศาลได้เชื่อจนปราศจากข้อสงสัยตามสมควรว่าจำเลยกระทำความผิด การพิสูจน์ความผิดตามหลักเกณฑ์ทั่วไปเช่นนี้ ทำให้เกิดปัญหาความยากลำบากในการดำเนินคดีโดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวกับการพิสูจน์เจตนาในการทุจริตภาษีมูลค่าเพิ่ม ทั้งนี้เพราะผู้ทุจริตที่ร่วมกันกระทำความผิด จะพยายามไม่สร้างพยานหลักฐานผูกมัดตัวเองว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการกระทำความผิดตั้งแต่แรก โดยที่ปัญหาดังกล่าวได้ส่งผลกระทบต่อการป้องกันและปราบปรามผู้ทุจริตในระบบภาษีมูลค่าเพิ่มเนื่องจากไม่อาจดำเนินคดีเพื่อลงโทษผู้ทุจริตได้อย่างมีประสิทธิภาพ และประสิทธิผล งานวิจัยนี้จึงเสนอว่า ควรปรับปรุงกฎหมายที่เกี่ยวข้องกับกระบวนวิธีพิจารณาให้มีลักษณะพิเศษโดยควรให้กระบวนการดำเนินคดีของเจ้าพนักงานชั้นก่อนฟ้อง เป็นกระบวนการเดียวกัน และควรกำหนดให้หน้าที่นำสืบตกแก่จำเลยทั้งนี้เพื่อให้กระบวนการดำเนินคดีทั้งในชั้นสรรพากร สอบสวน ฟ้องร้อง และการพิจารณาคดีในศาลกับผู้ทุจริต มีความรวดเร็ว เหมาะสม และได้ผลดีในการป้องกันและปราบปรามผู้ทุจริตนั้นต่อไป