ไมโครแซเทลไลท์เป็น genetic markers ที่สำคัญในสิ่งมีชีวิตชั้นสูง จึงมีความสนใจที่จะหา genetic markers ชนิดนี้เพื่อนำไปใช้ในการคัดเลือกพันธุ์กุ้งกุลาดำ โดยการแยกและวิเคราะห์ลักษณะของไมโครแซเทลไลท์ดีเอ็นเอในกุ้งกุลาดำ สร้างห้องสมุดยีน 2 แบบ ห้องสมุดยีน A ได้จากการตัดดีเอ็นเอกุ้งด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ ~iAlu~i l,~iRsa~i l, ~iHae~i lll และ ~iHinc~i ll ห้องสมุดยีน Bได้จากการตัดดีเอ็นเอกุ้งด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ ~iAlu~i l และ ~iRsa~i l จากห้องสมุดยีน A แยกได้โคลนที่ให้ผลบวกจำนวน 60 และ 225 โคลนจากโคลนที่ตรวจสอบทั้งสิ้น 5,250 และ 6,390 โคลน โดยใช้ (CT)(,15) และ(GT)(,15) เป็นตัวติดตาม ตามลำดับ แต่ไมพบโคโลนีที่ให้ผลบวกเลยเมื่อใช้(AT)(,15) เป็นตัวติดตาม นำโคลนที่ให้ผลบวกกับตัวติดตาม (CT)(,n) มาหาลำดับเบสพบไมโครแซเทลไลท์ 16 โคลน และเมื่อแบ่งเป็นชนิด พบว่ามีลักษณะเป็น perfect 2 โคลน, imperfect 12 โคลน และ compound 2 โคลนส่วนโคลนที่ให้ผลบวกกับ (GT)(,n) พบไมโครแซเทลไลท์จำนวน 76 โคลนแบ่งเป็น perfect 20 โคลน, imperfect 30 โคลน และ compound 26 โคลนห้องสมุดยีน B ได้ โคลนที่ให้บวก 121 โคลนจากโคลนที่ตรวจสอบ 2,400 โคลนโดยใช้ (GT)(,12) เป็นตัวติดตาม พบไมโครแซเทลไลท์ จำนวน 40 โคลนแบ่งได้เป็น perfect 11 โคลน, imperfect 17 โคลน และ compound12 โคลน จากการคำนวณพบว่าโดยเฉลี่ยในจีโนมของกุ้งกุลาดำจะพบ (CT)(,n) และ(GT)(,n) ในทุกๆ 164 และ 42 กิโลเบส ชนิดของไมโครแซเทลไลท์ที่พบมากคือimperfect ใน (CT)(,n) พบ 75.0% และ (GT)(,n) พบ 39.5% ขนาดของไมโครแซเทลไลท์ที่พบมากที่สุดใน (CT)(,n) คือ 12-17 และ (GT)(,n) คือ36-46 repeats แม้ว่าจะไม่พบโคลนที่ให้ผลบวก จากการใช้ (AT)(,15) เป็นตัวติดตาม แต่เมื่อหาลำดับเบสกลับพบว่ามี (AT)(,n) กระจายอยู่ทั้งใน (CT)(,n)และ (GT)(,n) ไมโครแซเทลไลท์ จากลำดับเบสของไมโครแซเทลไลท์โคลนที่ได้นำมาออกแบบไพร์เมอร์ได้ 6 คู่ เพื่อดูความหลากหลายของไมโครแซเทลไลท์โดยเทคนิคพีซีอาร์พบว่ามีเพียงไพรเมอร์ 2 คู่ที่ให้ผลิตผล พีซีอาร์ตามที่คาดหวังแต่ไม่สามารถนับจำนวนของอัลลีลได้อย่างชัดเจน