จากการศึกษาความแปรปรวนทางพันธุกรรมของประชากรกุ้งกุลาดำจากแหล่งน้ำธรรมชาติ 5 แหล่งของประเทศไทย ประกอบด้วยประชากรจากทะเลอันดามัน 3 แหล่งคือ จังหวัดสตูล, ตรัง และพังงา และจากอ่าวไทย 2 แหล่งคือ จังหวัดชุมพร และตราด ด้วยเทคนิค RAPD-PCR โดยเลือกใช้ 3 ไพรเมอร์ คือ UBC268, UBC273และ UBC299 ได้รูปแบบของดีเอ็นเอจำนวน 30, 32 และ 26 รูปแบบ ตามลำดับโดยกลุ่มประชากรตราดมีลักษณะทางพันธุกรรมที่แตกต่างจากประชากรกลุ่มอื่น จำนวนแถบดีเอ็นเอที่เกิดจากทั้ง 3 ไพรเมอร์ มี 53 แถบ ซึ่งมีขนาดอยู่ในช่วง 200-600คู่เบส นอกจากนี้ยังพบว่าไพรเมอร์ UBC268 ให้แถบดีเอ็นเอที่มีขนาด 260 คู่เบสที่พบเฉพาะในกุ้งตราดเกือบทั้งหมด (90.9%) และพบบางตัวในชุมพร (8%) แต่ไม่พบในกุ้งประชากรอันดามัน เมื่อทำการวิเคราะห์ข้อมูลหาค่า similarity index ภายในและระหว่างกลุ่มประชากรรวมทั้งค่าเฉลี่ยของ genetic distance ที่ได้จาก 3 ไพรเมอร์ และนำมาสร้างความสัมพันธ์ในเชิงแผนภูมิ โดยวิธี UPGMA สามารถแยกประชากรกุ้งกุลาดำของไทยออกเป็น 2 กลุ่มคือ กลุ่มที่ 1 ตราด และกลุ่มที่ 2 ได้แก่ชุมพร, พังงา,ตรัง และสตูล การวิเคราะห์ความแตกต่างทางพันธุกรรมของกุ้งกุลาดำด้วยการทดสอบไคสแควร์ โดย Monte Carlo simulation พบว่ากลุ่มประชากรจากอันดามันแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญกับกลุ่มประชากรจากอ่าวไทย (P < 0.0001) และภายในกลุ่มประชากรจากอ่าวไทย คือ กุ้งกุลาดำจากจังหวัดชุมพรและตราด ยังมีความแตกต่างทางพันธุกรรมอย่างมีนัยสำคัญ (P(+,<)0.0001) เพราะฉะนั้นจากการวิเคราะห์ความแตกต่างโดยใช้ไคสแควร์สามารถแบ่งกลุ่มกุ้งกุลาดำได้ 3 กลุ่มคือ กลุ่มที่ 1ตราด, กลุ่มที่ 2 ได้แก่ สตูล, ตรัง, พังงา และกลุ่มที่ 3 ชุมพร