ความหลากหลายทางพันธุกรรมและโครงสร้างของกลุ่มประชากรผึ้งโพรง Apis cerana ในประเทศไทยได้ตรวจสอบด้วยเทคนิค PCR-RFLP ของไมโทคอนเดรียลดีเอ็นเอ 3 บริเวณ(ยีน sRNA, ยีน lrRNA และบริเวณระหว่างยีน CO I-CO II)และการหาลำดับเบสบางส่วนของยีน lrRNA จากการวิเคราะห์ด้วยเทคนิค PCR-RFLP ในตัวอย่าง 172 รัง ครอบคลุม 5 พื้นที่ทางภูมิศาสตร์คือ 1) ภาคเหนือ 2) ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ3) ภาคกลาง 4) ภาคใต้ และ 5) เกาะสมุย พบว่าดีเอ็นเอที่เพิ่มปริมาณด้วยเทคนิค PCR ของยีน sRNA, ยีน lrRNAและบริเวณระหว่างยีน CO I-CO II มีขนาด 400, 750 และ1710 คู่เบส ตามลำดับ หลังตัดด้วยเรสทริกชันเอนไซม์ Dra Iจะให้รูปแบบของแถบดีเอ็นเอเป็น 3, 5 และ 8 รูปแบบตามลำดับ เมื่อรวมรูปแบบของแถบดีเอ็นเอทั้ง 3 บริเวณของไมโทคอนเดรียดังกล่าวเข้าด้วยกันจะให้รูปแบบรวม13 รูปแบบ เมื่อคำนวณค่า genetic distance และสร้างความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการตามแบบ UPGMA จะสามารถแบ่งกลุ่มตัวอย่างได้ 2 กลุ่มวิวัฒนาการ คือ กลุ่มผึ้งโพรงทางตอนเหนือ (ภาคเหนือ ภาคตะวันออกเฉียงเหนือและภาคกลาง)และกลุ่มผึ้งโพรงทางตอนใต้ (ภาคใต้และเกาะสมุย) โดยมีค่าnucleotide sequence divergence ระหว่างสองกลุ่มเท่ากับ 1.245 เปอร์เซนต์ อย่างไรก็ตามมีรูปแบบแถบชิ้นดีเอ็นเอจำเพาะเกิดขึ้นในกลุ่มตัวอย่างบนเกาะสมุยคือรูปแบบ C ของยีน lrRNA โดยการวิเคราะห์กลุ่มตัวอย่างผึ้งจากทุกพื้นที่ด้วย Monte Carlo Simulation พบว่าสาเหตุแบ่งกลุ่มตัวอย่างได้เป็น 3 กลุ่มประชากร อย่างมีนัยสำคัญ(p =0.0000) โดยแยกกลุ่มผึ้งโพรงจากเกาะสมุยออกจากกลุ่มผึ้งโพรงทางตอนใต้ การวิเคราะห์ลำดับเบสของดีเอ็นเอที่เพิ่มปริมาณจากยีน lrRNA ของตัวอย่างที่แสดง genotype ที่แตกต่างกันทั้ง5 รูปแบบจากการตัดชิ้นดีเอ็นเอที่เพิ่มปริมาณด้วยเรสทริกชันเอนไซม์ Dra I หลังการจัดเรียงลำดับเบสโดยการเปรียบเทียบชนิดของเบสแล้วจะได้นิวคลีโอไทด์ที่มีความยาว 659 เบสประกอบด้วยเบส A และ T เป็นส่วนใหญ่มากถึง 84.87เปอร์เซนต์ มีการเปลี่ยนแปลงเบส 71 ตำแหน่ง โดยเป็นการลดหรือเพิ่มเบส จำนวน 14 ตำแหน่ง และเป็นการแทนที่เบสจำนวน 57 ตำแหน่ง ทรานสเวอร์ชันมีมากกว่าทรานซิชัน 2 เท่าเมื่อคำนวณค่า genetic distance และสร้างความสัมพันธ์ตามแบบ UPGMA พบว่าการจัดกลุ่มประชากรสอดคล้องกับผลที่ได้จาก PCR-RFLP จากการสังเกตได้พบรูปแบบแถบดีเอ็นเอจำเพาะในผึ้งโพรง 2 ตัวอย่างจากภาคใต้ โดยมีรูปแบบรวมของทั้ง3 บริเวณเป็น CED ซึ่งมีความแตกต่างจากตัวอย่างอื่น ๆอย่างมากทั้ง ๆ ที่มีสัณฐานคล้ายคลึงกัน น่าสงสัยว่าเป็นผึ้งต่าง species ดังนั้นจึงควรมีการศึกษาเพิ่มเติมเพื่อทราบสถานะทางอนุกรมวิธานที่แน่ชัดต่อไป