การค้นเรือพาณิชย์ในทะเลอาณาเขต เป็นมาตรการบังคับใช้กฎหมายในการดำเนินคดีอาญาของรัฐโดยเจ้าพนักงานของรัฐปฏิบัติการค้นหาความจริง ในกรณีความผิดอาญาเกิดขึ้นในเรือพาณิชย์ที่เดินอยู่ในทะเลอาณาเขต ทั้งนี้เพื่อประโยชน์แห่งการแสวงหาพยานหลักฐานประกอบคดี การพิสูจน์ความผิดและการนำตัวผู้กระทำความผิดมาลงโทษ แม้ว่ารัฐมีอำนาจอธิปไตยเหนือทะเลอาณาเขต แต่การดำเนินการค้นเรือพาณิชย์ในทะเลอาณาเขต ต้องอยู่ภายใต้กฎเกณฑ์ในกฎหมายระหว่างประเทศด้วย เนื่องจากการค้นเป็นการกระทบต่อสิทธิเสรีภาพของบุคคลที่เป็นเจ้าของเรือ หรือผู้ควบคุมเรือ วิทยานิพนธ์นี้ มุ่งที่จะชี้ให้เห็นปัญหาจากบทบัญญัติในประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาและกฎหมายอื่นเรื่องขอบเขตอำนาจพื้นที่ของเจ้าพนักงานผู้ทำการค้นให้ชัดเจนยิ่งขึ้น ตลอดจนเน้นถึงความสำคัญ และความจำเป็นในการปรับปรุงแก้ไข โดยมีวัตถุประสงค์ที่จะเสนอแนะ เพื่อแก้ปัญหาดังกล่าว อันเป็นการธำรงไว้ซึ่งความมั่นคงแห่งสิทธิเสรีภาพของผู้เป็นเจ้าของเรือ และในขณะเดียวกันเพื่อให้รัฐมีอำนาจบังคับใช้กฎหมาย เพื่อรักษาความสงบเรียบร้อยภายในรัฐ โดยรวมด้วย