การกลั่นกรองพยานหลักฐานชั้นสอบสวนนั้น พนักงานสอบสวนจะต้องกลั่นกรองให้ได้พยานหลักฐานที่ดีที่สุดหรือพยานหลักฐานที่มีคุณค่าต่อการรับฟังของศาลให้มากที่สุดพยานหลักฐานใดที่ไม่มีประโยชน์ในคดีแต่อย่างใด พยานหลักที่ได้มาโดยมิชอบ หรือพยานที่ไม่เกี่ยวกับประเด็นแห่งคดีแล้ว พนักงานสอบสวนต้องกลั่นกรองพยานหลักฐานประเภทนี้มิให้มีอยู่ในสำนวนการสอบสวน และต้องใช้ดุลพินิจในการชั่งน้ำหนักและรับฟังพยานหลักฐานทั้งสองฝ่ายอย่างลึกซึ้งตามลักษณะคุณค่าของพยาน โดยต้องมีความละเอียดรอบครอบในการวินิจฉัยคำพยานว่ามีความสอดคล้องเป็นเหตุเป็นผลกับพยานหลักฐานอื่น ๆ ด้วย โดยการสั่งคดีของพนักงานอัยการ หรือการพิจารณาคดีชั้นศาลต่างก็ต้องอาศัยพยานหลักฐานที่พนักงานสอบสวนทำการรวบรวมมาทั้งสิ้น ฉะนั้น ถ้าพนักงานสอบสวนเป็นผู้มีความรู้ เชี่ยวชาญ มีคุณธรรม จรรยาบรรณที่ดีแล้วการกลั่นกรองพยานหลักฐานชั้นสอบสวนก็จะมีประสิทธิภาพก่อให้เกิดประสิทธิผลต่อกระบวนการยุติธรรมชั้นต้น ว่าจะให้ความคุ้มครองสิทธิเสรีภาพขั้นมูลฐานได้ และก่อให้เกิดความเชื่อมั่นต่อกระบวนการยุติธรรมทั้งระบบ แต่ถึงอย่างไรก็ตาม ควรมีองค์กรควบคุมการสอบสวนที่เป็นอิสระมาควบคุมการปฏิบัติหน้าที่ของพนักงานสอบสวนว่าจะได้รับการปฏิบัตโดยความชอบธรรมตามหลักกฎหมาย และเป็นหลักประกันการคุ้มครองสิทธิ เสรีภาพ ของประชาชนสอดคล้องกับรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยได้อย่างแท้จริง