การศึกษาวิจัยเรื่องหลักการจัดเก็บภาษีอากรในตราสารหนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อ แจกแจงปัญหาในทางปฏิบัติที่เกิดขึ้นเกี่ยวกับการจัดเก็บภาษีตราสารหนี้และหาแนว ทางในการแก้ไขปัญหาดังกล่าว ในการศึกษาวิจัยผู้ศึกษาได้เทียบเคียงกฎหมายของประเทศสหรัฐอเมริกา เนื่องจากเป็นประเทศที่มีการซื้อขายตราสารหนี้เป็นจำนวนมาก และประเทศดังกล่าวมีระบบการจัดเก็บภาษีที่มีความเหมาะสมและเป็นธรรมต่อผู้เสียภาษีมากที่สุดประเทศหนึ่ง จากการศึกษาวิจัยพบว่า ในอดีตปัญหาภาษีเกี่ยวกับตราสารหนี้นับเป็นอุปสรรคที่สำคัญประการหนึ่งในการพัฒนาตลาดตราสารหนี้ในประเทศไทย อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันได้มีความพยายามร่วมมืกันระหว่างองค์กรต่าง ๆ เพื่อขจัดปัญหาดังกล่าวด้วยการแก้ไขบทกฎหมายให้มีความชัดเจนและเป็นธรรมยิ่งขึ้น แต่ความพยายามในการแก้ไขปัญหาดังกล่าวก็ยังเกิดปัญหาในทางปฏิบัติบางประการ อาทิ ปัญหาความแตกต่างในเกณฑ์การรับรู้รายได้ระหว่างระบบบัญชีและระบบภาษีปัญหาความไม่ ชัดเจนในการบังคับใช้กฎหมาย และปัญหาความไม่เท่าเทียมกันในด้านภาระภาษีของตราสารหนี้แต่ละชนิด เป็นต้น วิทยานิพนธ์นี้ได้เสนอแนะแนวทางดังนี้ 1. ควรพิจารณาให้ระบบภาษีและระบบบัญชีมีความสอดคล้องกันโดยคำนึงถึง หลักความเป็นธรรมในการจัดเก็บภาษีและความเป็นไปได้ในทางปฏิบัติ 2. ควรกำหนดวิธีการจัดเก็บภาษีในตราสารหนี้แต่ละชนิดให้มีความชัดเจนยิ่ง ขึ้น ทั้งนี้ไม่ว่าจะเป็นเรื่องตัวบุคคลผู้มีหน้าที่เสียภาษี ฐานภาษี หรือกำหนดเวลาความรับผิดในการเสียภาษี เป็นต้น 3. ควรวางมาตรการทางภาษีในตราสารหนี้ให้มีความเท่าเทียมกัน ทั้งนี้อาจกระทำได้โดยอาศัยการเทียบเคียงวิธีการจัดเก็บภาษีของประเทศต่าง ๆ อาทิประเทศสหรัฐอเมริกา