ผึ้งโพรง (Apis cerana) เป็นพื้นเมืองชนิดหนึ่งที่พบในประเทศไทยและหลาย ๆ ประเทศในทวีปเอเซีย จากการศึกษาทางด้านสัณฐานวิทยาพบว่ามีความหลากหลายของสายพันธุ์แต่ยังไม่สามารถจำแนกเป็นสายพันธุ์ย่อยได้อย่างชัดเจน ในการวิจัยครั้งนี้ได้นำเทคนิคทางพันธุวิศวกรรมเข้ามาช่วยในการจัดจำแนกกลุ่มต่าง ๆ ที่แตกต่างกันในประเทศไทย โดยใช้เทคนิคRestriction Fragment Length Polymorphism (RELP) ในการวิเคราะห์ความหลากหลายของดีเอ็นเอจากผึ้งโพรงที่เก็บจากแหล่งต่าง ๆ ในประเทศไทยโดยใช้ดีเอ็นเอติดตามจาดส่วน repetitive sequences ของผึ้งโพรง ซึ่งเตรียมโดยการโคลนชิ้นส่วนดีเอ็นเอจากโครโมโซมัลดีเอ็นเอของผึ้งโพรงจากภาคกลาง และจากดีเอ็นเอทั้งหมดของเซลล์ผึ้งโพรงจากเกาะสมุยลงในพลาสมิด pUC18 ที่ตำแหน่งของเอนไซม์ EcoRI ผลการทดลองพบว่าได้ดีเอ็นเอลูกผสมจำนวนประมาณ 1,000 โคโลนี ในการโคลนแต่ละชุด จากนั้นคัดเลือกแบบสุ่มจำนวน 50 โคโลนีของแต่ละชุด ท่า dot-blot hydridization โดยใช้ดีเอ็นเอจากผึ้งโพรงที่ใช้ในการโคลนแต่ละชุดเป็นดีเอ็นเอติดตามเพื่อคัดเลือกโคลนที่มีส่วน repetitive sequences จากโคลนที่ให้สัญญาณการไฮบริไดซ์เข้มนำมาเตรียมเป็นดีเอ็นเอติดตาม และทดสอบหาดีเอ็นเอติดตามที่เหมาะสมด้วยวิธี Southern-blot hydridization ระหว่างดีเอ็นเอของผึ้งโพรงจากพื้นที่ต่าง ๆ ที่ย่อยด้วยเอนไซม์ EcoRI, HaeIII, AIuI, XbaIหรือ HindIII และดีเอ็นเอติดตามต่าง ๆ ที่นำมาทดสอบจากผลการวิเคราะห์เบื้องต้นพบว่า เมื่อใช้ดีเอ็นเอติดตามจากโคลน #99 จะสามารถแยกดีเอ็นเอผึ้งโพรงที่ย่อยด้วย HaeIII จากพื้นที่ต่าง ๆ ของประเทศไทยได้เป็นอย่างน้อย 6 กลุ่ม ดังนั้นดีเอ็นเอติดตามที่เตรียมได้นี้จึงสามารถนำมาใช้ในการวิเคราะห์การแปรผันของสายพันธุ์ผึ้งโพรงได้ แต่จำเป็นต้องเพิ่มจำนวนของตัวอย่างของผึ้งโพรงในการวิเคราะห์ให้มากขึ้นเพื่อสามารถบ่งบอกการแปรผันในสายพันธุ์ได้อย่างมีนัยสำคัญ