ในการประเมินเพื่อจัดเก็บภาษีอากร ย่อมหลีกไม่พ้นปัญหาข้อโต้แย้งระหว่างพนักงานเจ้าหน้าที่ ผู้มีหน้าที่ประเมินภาษีอากรกับประชาชนซึ่งเป็นผู้เสียภาษี กฎหมายภาษีอากรจึงได้มีการกำหนดกระบวนการทางกฎหมายในการยุติข้อพิพาทอันเกิดจากการประเมินภาษีอากรดังกล่าวไว้โดยเฉพาะ ซึ่งปกติจะแบ่งเป็นสองขั้นตอน คือ การอุทธรณ์การประเมินภาษีอากรต่อฝ่ายบริการและการอุทธรณ์คำวินิจฉัยของฝ่ายบริหารต่อศาล การที่กฎหมายภาษีอากรกำหนดให้มีขั้นตอนการอุทธรณ์การประเมินต่อฝ่ายบริหารก่อนคำคดีขึ้นสู่การพิจารณาของศาล ก็เพื่อให้โอกาสฝ่ายบริหารและผู้เสียภาษีในการทบทวนการประเมินภาษีของตนและหากข้อพิพาทดังกล่าวสามารถยุติในชั้นบริหารได้ก็จะเป็นการแบ่งเบาภาระศาล กฎหมายศุลกากรก็มีการกำหนดหลักเกณฑ์ในเรื่องการอุทธรณ์การประเมินภาษีเหมือนเช่นกฎหมายภาษีอื่นๆ แต่การอุทธรณ์การประเมินภาษีศุลกากรกลับประสบปัญหาในทางปฏิบัติ เนื่องจากบทบัญญัติในเรื่องการอุทธรณ์การประเมินภาษีข้อบกพร่องที่สำคัญ คือ กฎหมายศุลกากรไม่มีหลักเกณฑ์การพิจารณาอุทธรณ์ที่แน่นอน ระบบการพิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์ขาดการคานอำนาจฝ่ายบริหาร เงื่อนไขการอุทธรณ์คำวินิจฉัยของฝ่ายบริหารต่อศาลก็แตกต่างจากกฎหมายภาษีอื่น ทำให้เกิดการลักหลั่นในทางปฏิบัติ จากการศึกษาทำให้สามารถสรุปผลการวิจัยได้ว่า การแก้ไขปรับปรุงกฎหมายศุลกากรในเรื่องการอุทธรณ์การประเมินภาษีให้มีบทบัญญัติที่มีหลักเกณฑ์การพิจารณาที่แน่นอนเป็นธรรม การชี้ชาดข้อพิพาทให้กระทำโดยองค์กรที่มีอำนาจอิสระ ไม่ขึ้นต่อกรมศุลกากรเป็นผู้พิจารณา และกำหนดเงื่อนไขให้ต้องมีอุทธรณ์ การประเมินฝ่ายบริหารก่อนนำคดีขึ้นสู่ศาล จะสามารถแก้ไขปัญหาในทางปฏิบัติและทำให้ผู้เสียภาษีได้รับความเป็นธรรมมากขึ้น