การแยกเอนไซม์ปาเปนให้บริสุทธิ์จากยางมะละกอพันธุ์แขกดำ โดยการตกตะกอนด้วยแอมโมเนียมซัลเฟตอิ่มตัว 45% ทำซ้ำที่ 30% แล้วตกตะกอนอีกครั้งด้วยโซเดียมคลอไรด์ 10% ตามลำดับ หลังจากนั้นนำไปแยกโดยขนาดโมเลกุลด้วย เซฟาเดกซ์ จี-50 เจล ฟิลเตรชัน 2 รอบ สามารถแยกเอนไซน์ปาเปนออกจากโปรติเอสอื่นที่คาดว่าเป็นเอนไซม์ไดโมปาเปน(peak B) และมีความบริสุทธิ์เพิ่มขึ้น 1.50 เท่า ทดสอบความบริสุทธิ์โดยคาโทคิค โพลีอะคริลาไมด์เจล อิเลคโตรโฟเรซีส ได้แถบโปรตีนเพียงแถบเดียวและมีตำแหน่งที่ตรงกันกับเอนไซม์ปาเปนมาตรฐาน(Sigma P.4762)ปาเปนบริสุทธิ์ที่ได้มีขนาดโมเลกุลประมาณ 22,000 ดาลตันโดยเซฟาเดกซ์จี-75 เจลฟิลเตรชันและมีแอคติวีตีจำเพาะ 0.42 CDU/mg ในสภาวะมาตรฐานที่ 40 degree C ซึ่งใกล้เคียงกับปาเปนมาตรฐาน ปาเปนบริสุทธิ์ที่แยกจากมะละกอพันธุ์แขกดำมีข้อดีคือสามารถย่อยสลายเคซินที่อุณหภูมิสูงถึง80 degree C ที่ pH 7.5 และมีความเสถียรมากกว่า 80% เมื่อบ่มในช่วงอุณหภูมิ 0-70 degree C เป็นเวลา 30 นาที ก่อนทำปฏิกิริยาและมีความเสถียรต่อ pH ในช่วง pH 5.0-9.0 อุณหภูมิที่เหมาะสมในการเก็บรักษาคือ-20 degree C แอคติวีตีของปาเปนบริสุทธิ์จะลดลงเมื่อเติมสารประกอบโลหะหนัก 5 มิลลิโมลาร์ และถูกกระตุ้นให้เพิ่มขึ้นเมื่อเติมสารรีดิวซ์ เช่นเมอร์แคปโตเอทธานอล โซเดียมไซยาไนต์ ซีสเตอีน โซเดียมไบซัลไฟต์และโปแตสเซียม เมตาไบซัลไฟต์ ความเข้มข้น 10 มิลลิโมลาร์ สารละลายเอนไซม์ peak B ซึ่งมีปริมาณมากกว่าปาเปนและแยกออกมาก่อนในคอลัมน์ของเซฟาเดกซ์ จี-50 น่าจะเป็นไคโมปาเปนเนื่องจากมีขนาดโมเลกุลประมาณ35,000 ดาลตันและสามารถย่อยสลายเคซีนได้ดีที่ 80 degree C และ pH7.0 รวมทั้งมีความเสถียรต่อ pH และอุณหภูมิที่คล้ายคลึงกับปาเปนบริสุทธิ์จากการศึกษาจลนศาสตร์ของปาเปนและเอนไซม์ peak B พบว่า เอนไซม์ทั้งสองแยกได้สามารถย่อยสลายพันธะเพปไทด์ในเคซินและ BSA พันธะเอสเทอร์ใน BAEE และพันธะเอไมด์ใน BAPNA ได้ ปาเปนบริสุทธิ์และเอนไซม์Peak B แสดงค่า K(,m) สำหรับ เคซินต่ำกว่า BSA แสดงว่าเอนไซม์ทั้งสองชนิดนี้สามารถย่อยสลายพันธุเพปไทด์ในเคซินได้ดีกว่าใน BSA