วิทยานิพนธ์ (วศ.ม.)--จุลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2551

วิทยานิพนธ์นี้เสนอวิธีการประกอบชุดของแฮปโพลไทป์และประมาณค่าความถี่ แฮปโพลไทป์ของสิ่งมีชีวิตกึ่งสปีชีส์ด้วยข้อมูลที่อ่านได้จากเทคโนโลยีอ่านลำดับนิวคลีโอไทด์แบบขนานจำนวนมาก โดยมุ่งศึกษาแฮปโพลไทป์ของไวรัสเด็งกี่ จากข้อมูลที่ได้จากเครื่องอ่านลำดับเบส Roche GS FLX โดยในงานวิจัยนี้ได้เสนอวิธีประกอบแฮปโพลไทป์สายหลักซึ่งเป็น แฮปโพลไทป์ที่มีความถี่สูงสุด โดยวิธีที่ให้ประสิทธิภาพสูงคือ วิธีประกอบแฮปโพลไทป์ด้วย อัลลีลที่มีความถี่สูงสุดในแต่ละตำแหน่งและวิธีประกอบแฮปโพลไทป์ด้วยสายลำดับที่อ่านได้ที่มีความถี่สูงสุดแบบสุ่มตำแหน่ง แฮปโพลไทป์ที่ประกอบขึ้นมีความแม่นเฉลี่ยร้อยละ 92.07 และ 90.05 ตามลำดับ โดยมีความผิดพลาดสัมบูรณ์ของความถี่แฮปโพลไทป์เป็นร้อยละ 7.19 และ 1.54 ตามลำดับ วิธีประกอบแฮปโพลไทป์สายหลักนี้ นำไปประยุกต์ใช้กับการประกอบแฮปโพลไทป์ในลำดับถัดไป โดยประกอบแฮปโพลไทป์สายหลักทีละเส้น แล้วกรองข้อมูลที่คาดว่ามาจาก แฮปโพลไทป์สายหลักทิ้ง นำข้อมูลที่เหลือมาประกอบแฮปโพลไทป์ลำดับถัดไป ทำซ้ำเช่นนี้จนกว่าจะได้แฮปโพลท์ตามที่กำหนด วิธีประกอบชุดของแฮปโพลไทป์นี้ให้ความแม่นเฉลี่ยร้อยละ 69.79 และมีความแม่นเฉลี่ยสูงสุดในชุดข้อมูลที่ประกอบด้วยสายลำดับ 100,000 เส้น และความถี่ของสายลำดับหลักอยู่ในช่วงร้อยละ 90-99 ชุดของแฮปโพลไทป์ที่ประกอบขึ้นจากชุดข้อมูลนี้มีความแม่นเฉลี่ยร้อยละ 94.99 เปรียบเทียบความแม่นของวิธีที่นำเสนอกับวิธีที่ใช้ในโปรแกรมสำเร็จ ShoRAH พบว่าวิธีที่นำเสนอให้ความแม่นสูงกว่าสำหรับชุดข้อมูลที่จำลองขึ้นจากจีโนมของไวรัสเด็งกี่นี้