โครงการนี้เป็นส่วนต่อเนื่องจากโครงการก่อนหน้านี้ซึ่งใช้ชื่อว่า "Variability of post-transciptional regulation of HIV-1 gene expression." ในสองช่วงของการสนับสนุนของ สกว. ผู้วิจัยได้ทำการศึกษาการควบคุมการสร้างโปรตีนของ HIV-1 ที่ระดับ post-transciptional ในสองแง่มุมคือ: 1) ความผันแปรในโครงการสร้างและหน้าที่ของ HIV-1 Rev Response Element (RRE). 2) การค้นพบและศึกษา intra-genic cis-regulatory element ชนิดใหม่ที่เรียกว่า cis- enhancing sequence (CES) ซึ่งอยู่ภายในยีน env สำหรับ RRE ผู้วิจัยได้ทำการวิเคราะห์ความผันแปรทางโครงสร้างในฐานข้อมูลลำดับเบสขนาดใหญ่อย่างเป็นระบบ (publication #1) และได้แสดงให้เห็นว่า RRE มีความหลากหลายในแง่ของการทำงาน (publication #2) และยังได้แสดงอีกว่าความผันแปรในการทำงานของ RRE นี้มีความสัมพันธ์กับอัตราการดำเนินโรค (publication #3) สำหรับ CES ผู้วิจัยได้ค้นพบและแสดงการทำงานในการกระตุ้นการสร้างโปรตีน Gag ในลักษณะ Rev-dependent และได้แสดงตำแหน่งของ CES ว่าอยู่ในชิ้นส่วนขนาด 263 base-pairs ในส่วน gp41 ของยีน env และพบว่า CES ทำหน้าที่โดยการเพิ่ม stability และ nuclear export ของ RNA ของไวรัส (publication #4) ผู้วิจัยยังได้พบต่อไปว่า CES สามารถทำงานร่วมกับ CTE (constitutive transport element) ได้ ซึ่ง CTE นี้เป็น RNA transport element ที่ไม่ต้องใช้ viral trancactivating fator เนื่องจาก Rev/RRE และ CTE ทำหน้าที่ผ่านช่องทางที่แตกต่างกัน การที่พบว่า CES สามารถทำงานร่วมกับทั้ง Rev/RRE และ CTE บ่งชี้ CES น่าจะทำงานอยู่ในขั้นตอนที่ก่อนหรือหลังสองช่องทางที่กล่าวนั้น ผู้วิจัยได้ศึกษาลำดับเบสที่จำเป็นต่อการทำงานของ CES และพบว่าตำแหน่งจับของ hnRNP-A1 รวมทั้งลำดับเบสที่น่าจะเป็นตำแหน่งจับของ SR protein มีความจำเป็นต่อการทำงานของ CES (publication #5). นอกจากนี้ผู้วิจัยยังมีความสนใจต่อการเลือกใช้ codon ของไวรัส เป็นที่ทราบกันว่า RNA viruses หลายชนิดรวมทั้ง HIV มีการเลือกใช้ codon ที่ไม่เหมาะสมทำให้การ translation ไม่มีประสิทธิภาพ ผู้วิจัยพยายามทำความเข้าใจการเลือกใช้ codon ของ RNA viruses และพบว่าการเลือกใช้ codon และ GC content ของยีโนมมีความสัมพันธ์กับ polarity ของยีโนม ถึงแม้ว่าคำอธิบายจะยังไม่เป็นที่ชัดเจน แต่ผู้วิจัยก็ไดเสนอทฤษฎีที่อาจอธิบายปรากฏการณ์นี้ไว้ (publication #6). This project is an extension of the earlier project entitled "Variability of post-transcriptional regulation of HIV-1 gene expression". During these two peroids of support by TRF, we have studied the post-transcriptional regulation of HIV-1 in two aspects: 1) Structural and functional variation of HIV-1 Rev Response Element(RRE). 2) Discovery and characterization of anovel intra-genic cis-regulatory element, tentatively called cis-enhancing sequence(CES) in the env ORF. For RRE, we have compiled and systematically described strutural variability of HIV-1 RRE in a large sequence database (publication #1). We have also described its functional variabity (publication #2), and showed arelationship of the variability to the disease progression rate (publication #3). For CES,we described its function of enhancing Rev-dependent expression of HIV-1 Gag protein, and mapped the sequence responsible for this function to a 263 base-pairs fragment in the gp41 region of the env ORF. CES acted at the level of RNA stability and nuclear export (publication #4). We have further showed that CES could function similarly in a CTE (constitutive transport element)-dependent expression. CTE is a viral RNA transport element that doesn't require a viral trancactiveating factor. Because Rev/RRE and CTE function through different export pathway, the fact CES could function both via Rev/RRE and CTE suggested that CES may function at a step up-or down-stream tothe two pathways. We have futher characterize the sequence requirement for CES function and showed that a binding site of hnRNP-A1, as well as two sequence elements that are likely to be SR protein-binding sites are required for the CES function (publication #5). In addition, we are interested in the codon usage of viruses. Many RNA viruses including HIV are know to limited their mRNA translation efficiency by using non-optimal codons. We sought to understand the codon adaptation of RNA viruses, and demonstrated that theviral codon usage and genome GC content had a relationship with the polarity of the viral genomes. Although, the reason underlining this relationship is unclear, hypotheses were raised and discussed (publication #6).