พื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ของไทยเป็นพื้นที่ที่มีความขัดแย้งมาเป็นเวลานาน ขณะที่การเจรจาสันติภาพระหว่างรัฐบาลอินโดนีเซียกับกลุ่มอาเจะห์เอกราช (GAM) สามารถประสบความสำเร็จในการลงนามในข้อตกลงความเข้าใจร่วมกัน หรือ MOU ในปี 2005 ซึ่งเป็นการยุติการต่อสู้เพื่อเอกราชที่ดำเนินมายาวนานกว่าสามทศวรรษ แต่ด้วยในปัจจุบัน มีหลายฝ่ายที่ยังคงมองสถานการณ์ในภาคใต้ของประเทศไทยในแง่ร้ายว่า การเจรจาสันติภาพคงจะยังไม่เกิดขึ้นอย่างน้อยที่สุดก็ในอนาคตอันใกล้นี้ ดังนั้น งานวิจัยนี้ต้องการถอดบทเรียนที่ได้จากกระบวนการสร้างสันติภาพและการเจรจาสันติภาพในอาเจะห์ เพื่อแก้ไขความขัดแย้งในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ของไทย ซึ่งจะมุ่งศึกษาในรายละเอียดดังนี้ ประการแรก จะวิเคราะห์สภาพที่เอื้อต่อกระบวนการเจรจาสันติภาพในปี 2005 รวมถึงปัจจัยต่างๆ เช่น บริบทและการเปลี่ยนตัวแสดงทางการเมืองเป็นต้น จากนั้น จะสำรวจการสร้างสันติภาพในอาเจะห์ภายหลังการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพ และศึกษาการกระจายอำนาจทางด้านการเมืองและเศรษฐกิจตามข้อตกลงใน MOU ประการที่สอง งานวิจัยนี้ ต้องการถอดบทเรียนจากกรณีอาเจะห์ว่ามีด้านใดบ้าง ที่สามารถนำมาประยุกต์ใช้สำหรับการแก้ไขปัญหาในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ของประเทศไทยได้