1. ไมโตคอนเดรียดีเอ็นเอปลาบึก (Pangasianodon gigas -mtDNA) ได้ถูกสกัดจากตับปลาบึก และนำมาตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ Mbol และนำไปต่อกับดีเอ็นเอพาหะ pUC18 ซึ่งถูกตัดด้วยเอนไซม์ BamHI หลังจากนั้น recombinant plasmid ถูกนำไปโคลนใน E.coli สายพันธุ์ JM109 ภายหลังคัดเลือก โคลนที่ได้รับชิ้นส่วนสอดแทรกของ mtDNA จะถูกส่งไปวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอ ลำดับดีเอ็นเอที่ได้ถูก นำมาใช้ออกแบบไพรเมอร์ 3 คู่เพื่อทำ Long PRC สำหรับ LongPRC product ที่ได้จะถูกนำไปวิเคราะห์ ลำดับดีเอ็นเอโดยอาศัย primer walking sequencing ผลปรากฎว่า LongPRC product ที่ได้คอรบคลุม mtDNA ทั้งหมด เมื่อวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมด พบว่า complete mitochondrial DNA genome ของปลาบึกยาว 16,533 นิวคลีโอไทด์ ซึ่งประกอบด้วยยีนต่างๆทั้งหมด 37 ยีน (คือ 13 protein coding genes, 2 ribosomal RNA genes, 22 tRNA genes) และ control region เหมือนกับที่พบในปลา กระดูกแข็งอื่นๆ ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดถูกนำไปฝากไว้ที่ GenBank ภายใต้ Acession number AY672971 2. จากลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดของไมโตคอนเดรียดีเอ็นเอปลาบึก ภายใต้ Acession number AY672971 สามารถนำไปออกแบบไพรเมอร์ได้อย่างไม่มีขีดจำกัด โครงการนี้ได้ออกแบบไพรเมอร์ไว้ แล้ว 4 คู่ สำหรับเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในยีน ND2, ND3-ND4, Cytochrome b และ บริเวณ control region ซึ่งจะได้ PRC product ขนาด 1376, 2356,2263, และ 1000 bp ตามลำดับ 3. เมื่อตรวจความแปรปรวนปลาบึก จำนวน 161 ตัว ที่รวบรวมจากแหล่งต่างๆ รวม 8 แหล่ง และปลาธรรมชาติอีก 1 กลุ่ม โดยอาศัยข้อมูล ND2 - RFLP พบว่า ความแปรปรวนภายในประชากรต่ำ (gene diversity) มีค่าระหว่าง 000-0.198 ซึ่งพบเพียงใน 3 ประชากรเท่านั้น คือ ประชากรกาฬสินธุ์ สระบุรีและประชากรธรรมชาติ ไม่พบความแตกต่างระหว่างประชากรอย่างมีนัยสำคัญ เมื่อสร้าง phylogenetic tree ระหว่างปลาทั้งหมดพบว่ามี 4 กลุ่ม หรือ 4 maternal lineages เท่านั้น กล่าวคือ อาจมี จุดกำเนิดตั้งต้นมาจากตัวเมียเพียง 4 ตัวเท่านั้น 4. เมื่อตรวจสอบความแปรปรวนระหว่างประชากรโดยใช้ข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ในบริเวณ control region พบว่าปลา 131 ตัวนั้นสามารถแบ่งได้เป็น 48 haplotype ซึ่งเมื่อพิจารณาความสัมพันธ์ ระหว่าง haplotype พบว่า haplotype ที่ห่างสูงสุดถึง 6 นิวคลีโอไทด์ ซึ่งคาดว่าปลาบึกทั้งหมดนี้น่าจะ มาจากประชากรหลัก 2 ประชากรที่แยกกันอยู่นานแล้ว เมื่อตรวจสอบความแปรปรวนทั้งหมดพบว่า percentage of polymorphism จะมีค่าเท่ากับ 5.0 เปอร์เซ็นต์ เมื่อวิเคราะห์ค่า nucleotide diversity พบว่า ภายในประชากรมีค่าระหว่าง 0.0032-0.0104 และเมื่อทดสอบความแปรปรวนระหว่างประชากร (nucleotide divergence) พบว่าประชากรเหล่านี้มีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ (p<0.05) เมื่อนำเอา ค่า nucleotide divergence ไปสร้าง Neighbor joining(NJ) phylogenetic tree พบว่าปลาทั้งหมดแบ่งได้ เป็น 3 กลุ่มหลัก (major clade) ซึ่งมาจากหลายสายพันธุ์แม่ (maternal lineages) จากผลวิเคราะห์ครั้ง นี้แสดงให้เห็นว่าเมื่อใช้เทคนิคที่ละเอียดขึ้นเราก็สามารถวิเคราะห์ความแปรปรวนทางพันธุกรรมของ ประชากรปลาบึกได้กว้างขวางขึ้น ข้อมูลเหล่านี้น่าจะเป็นประโยชน์เพื่อการวางแผนการใช้ปลาบึก อย่างยั่งยืนได้ 1. The mitochondrial DNA (mtDNA) of a Mekong giant catfish was extracted from liver and digested with MboI and ligated with BamHI digested pUC18. The recombinant plasmids were trasferred to E. coli strain JM109. The presumably inserted bacterial clones were screened and sent to sequencing unit. The nucleotide sequences of inserted mtDNA fragments were used to design 3 pairs of primers for long PCR. The long PCR-products were sequenced by primer walking technique. All nucleotide sequences of long PCR products obtained, covered entire mitochondrial genome of giant catfish. It was found that mitochondrial genome of giant catfish is composed of 16,533 bp. which contains 37 genes (13 proteins- coding genes, 2 ribosomal RNA genes, 22 tRNA genes) and control region as those found in other bony fishes. 2. By means of complete mitochondrial genome of Mekong giant catfish under accession number AY672971 of GenBank, one can design PCR-primer undefinitely. This project has designed 4 pairs of PCR primers of amplifying mtDNA-fragments of gene ND2, ND3 – ND4, Cytochrome b + control region and control region. The PCR products obtained were 1,376, 2,356, 2,263 and 1000 bp, respectively. 3. The genetic variation of all fish collected from 8 different locations and a wild group was determined by using ND2-RFLP data. It was found that the genetic variability within population is seemingly low and found only in three populations; Kalasin, Saraburi and wild group. The constructed phylogenetic tree showed that all fish derived from 4 maternal lineages. 4. The nucleotide sequences of control region (899 bp) of 131 fish were also determined and used to define theirs haplotypes. Nucleotide sequences of 131 fish produced 48 haplotypes. Consideration to relationship among haplotypes, it was found that the highly distinct haplotypes were only six nucleotides differences. It was assumed that all fish were derived from two populations. The genetic varialbility was determined and found that the percentage of polymorphism is only 5 % , nucleotide diversity within populations ranged from 0.0032 to 0.0104. AMOVA hierarchical analysis showed significant variation among populations (p>0.05).The neighbor joining (NJ) phylogenetic tree ,based on nucleotide divergence between haplotypes, revealed 3 major clades which derived from different matrenal lineages. Eventhough the genetic diversity of giant catfish is very low, the suitable technique could be used to measure variation among populations which would be useful for sustainable management.