มหาวิทยาลัยเป็นองค์การทางสังคมที่มีวิวัฒนาการมาอย่างค่อนข้างยาวนาน โดยเป็นผลมาจากการรวมกลุ่มของนักวิชาการและผู้เรียน ในลักษณะแบบ collegium schloasticum ทั้งในส่วนที่พัฒนามาจากองค์กรทางศาสนาและของสามัญชนทั่วไป ประกอบกับความจำเป็นที่จะต้องมีเสรีภาพทางวิชาการ ทำ ให้มหาวิทยาลัยได้รับการยอมรับในความมีอิสระและเป็นเอกเทศ ซึ่งปลอดจากการแทรกแซงและควบคุมของรัฐ อันนำไปสู่การตราบทบัญญัติและออกกฎหมาย ( charter ) เพื่อจัดตั้งองค์การในรูปแบบของนิติบุคคล ( corporation ) หรือองค์การมหาชนอิสระ ( independent public corporation ) โดยมีองค์กรบริหารปกครองสูงสุดของมหาวิทยาลัย ในรูปของคณะกรรมการบริหาร ( Board of Trustees หรือ Board of Regents ) ซึ่งประกอบด้วยบุคคลภายนอก ( lay governing board ) เป็นส่วนใหญ่หรือทั้งหมด บางส่วนเป็นผู้ได้รับการแต่งตั้งจากฝ่ายการเมือง เช่น ผู้ว่าการมลรัฐ สภานิติบัญญัติ เป็นต้น หรือโดยการดำรงตำแหน่ง ( ex officio ) ในบางส่วนก็มาจากการเลือกตั้งทั่วไปของประชาชนผู้มีสิทธิ์ออกเสียงเป็นการโดยตรง คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยเป็นผู้ที่มีอำนาจสูงสุดเด็ดขาดในการควบคุมดูแลมหาวิทยาลัยโดยปกติจะมีการแต่งตั้งคณะกรรมการประจำชุดต่างๆ เช่น ด้านวิชาการ การเงิน การลงทุน อาคารและสถานที่ เป็นต้น ให้เป็นผู้ทำหน้าที่พิจารณากลั่นกรองและพิจารณาในบางประเด็นที่เกี่ยวข้อง ทั้งนี้คณะกรรมการดังกล่าวมักจะทำหน้าที่เฉพาะในการกำหนดนโยบาย วางแนวทางและมาตราการ รวมทั้งทำการตัดสินใจในประเด็นสำคัญๆ เท่านั้น ส่วนการดำเนินงานของคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยจะมีการประชุมตามที่กำหนดไว้และเป็นไปอย่างเปิดเผยต่อสาธารณะ พร้อมทั้งมีการทบทวนและประเมินผลงานของตนเองเป็นครั้งคราว รายละเอียดของการดำเนินงานนั้น คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยจะแต่งตั้งและมอบอำนาจหน้าที่ให้แก่ผู้บริหารสูงสุดของมหาวิทยาลัย หรืออธิการบดี เป็นผู้รับผิดชอบในการบริหารงานประจำแทนพร้อมทั้งอาจจะแต่งตั้งเจ้าหน้าที่ของตนแยกต่างหากเป็นการเฉพาะ เช่น เลขานุการ ที่ปรึกษากฎหมายและเหรัญญิก เป็นต้น นอกจากนี้ คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยบางแห่งอาจจะมอบอำนาจให้องค์กรอื่นๆ เช่น สภาวิชาการ ( Academic Council ) และ / หรือสภาคณาจารย์ ( Faculty Senate ) เป็นต้น เข้ามารับผิดชอบหรือมีส่วนร่วมในการบริหารงานวิชาการอีกด้วย อย่างไรก็ดี คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยจะต้องพยายามรักษาสมดุลย์ในการแสดงบทบาทต่างๆ อาทิเช่น การเป็นผู้แทนของรัฐในการควบคุมดูแลมหาวิทยาลัย การปกป้องและประสานเชื่อมโยงมหาวิทยาลัยกับสังคมภายนอก และการตอบสนองกับกระแสความต้องการของประชาคมฝ่ายต่างๆ ภายในไม่ว่าจะเป็นกลุ่มผู้บริหาร คณาจารย์ และเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงาน และนิสิตนักศึกษา รวมจนถึงสมาคมศิษย์เก่า จึงทำให้ภารกิจงานของคณะกรรมการมหาวิทยาลัยเป็นไปอย่างท้าทายต่อสัมฤทธิ์ผลของมหาวิทยาลัยในอนาคต ผู้ศึกษาวิจัยได้ให้ข้อเสนอแนะเกี่ยวกับโครงสร้างและรูปแบบขององค์กรปกครองสูงสุดของมหาวิทยาลัยไทยว่า ควรจะมีลักษณะแบบผสมผสานระหว่างการควบคุมจากภายนอกและการมีส่วนร่วมของบุคลากรภายใน แต่ควรจะให้น้ำหนักความสำคัญต่อการเปิดให้รัฐและสังคมได้เข้ามารับผิดชอบบริการปกครองมหาวิทยาลัย กล่าวคือ องค์ประกอบของสมาชิกที่เป็นบุคคลภายนอกไม่ควรจะต่ำกว่าจำนวนสองในสาม โดยผ่านกระบวนการสรรหาของมหาวิทยาลัยเอง อย่างไรก็ดี คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยหรือสภามหาวิทยาลัยควรจะจำกัดบทบาทหน้าที่ของตนไว้เฉพาะในระดับเชิงยุทธศาสตร์เท่านั้น โดยอาจจะมีคณะกรรมการประจำชุดต่างๆ เป็นกลไกในการกำหนดนโยบายและติดตามควบคุมผลการดำเนินงานในแต่ละด้าน เช่น วิชาการ ทรัพย์สินและการลงทุน บุคลากร กายภาพ เป็นต้น สำหรับการดำเนินงานควรจะมอบอำนาจให้ผู้บริหารมหาวิทยาลัยเป็นผู้รับผิดชอบนำนโยบายไปปฏิบัติ และบริหารจัดการงานประจำของมหาวิทยาลัย ซึ่งอาจจะมีความแตกต่างกันออกไปตามความเหมาะสมและความเป็นไปได้ว่าจะมอบให้ผู้บริหารสูงสุดหรืออธิการบดีเป็นผู้บังคับบัญชาอย่างเด็ดขาดเพียงผู้เดียว หรือกระจายออกให้ผู้บริหารมืออาชีพฝ่ายต่างๆ เช่น Provost , เหรัญญิก ( Chief Financial Officer / Treasurer ) ที่ปรึกษากฎหมาย ( legal Counsel ) นายทะเบียน ( Registra ) เป็นต้น เข้ามาเป็นผู้รับผิดชอบภารกิจงานประจำด้านต่างๆ ที่เกี่ยวข้องและรายงานตรงต่อคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยหรือสภามหาวิทยาลัย และคณะกรรมการประจำชุดต่างๆ ดังกล่าว นอกจากนี้ คณะกรรมการการบริหารมหาวิทยาลัยหรือสภามหาวิทยาลัยยังควรจะมีการกระจายอำนาจให้องค์กรของคณาจารย์ บุคลากร และนิสิตนักศึกษา เช่น สภาคณาจารย์ สภานิสิตนักศึกษา เป็นต้น ได้มีโอกาสดูแลปกครองตนเองในบางประเด็นที่เกี่ยวข้องอีกด้วย