1. ตรวจหายีนที่มีการเปลี่ยนแปลงใน DNA ของเซลล์มะเร็งโดยทำ electrophoresis เปรียบเทียบกันระหว่างลายพิมพ์ DNA ของเซลล์มะเร็งกับเซลล์ปกติของคนไข้รายเดียวกันจนครบ 30 ราย ทำเช่นนี้ทีละไพรเมอร์จนครบ 60 ไพรเมอร์ แถบ DNA ผิดปกติที่ตรวจพบและจะทำการทดลองต่อไปนั้นจะต้องเป็นแถบดีเอ็นเอที่ขยายมาจากไพร์เมอร์เดียวกันและพบความผิดปกติในคนไข้ไม่ต่ำกว่า 80% หรือมีความสัมพันธ์กับพยาธิสภาพของโรค (ขั้นตอนนี้ดำเนินการแล้วเสร็จและไม่รวมอยู่ในงบประมาณขอทุนวิจัย) 2. ตัดแถบ DNA เป้าหมายออกจากเจล (ที่พบความผิดปกติและมีความสัมพันธ์กับพยาธิสภาพของมะเร็งท่อน้ำดี) โคลน DNA ชิ้นนั้นเข้าใน TA plasmid หาลำดับนิวคลีโอไทด์ ออกแบบไพร์เมอร์จำเพาะต่อ DNA ชิ้นนั้น นำมาตรวจยืนยันผลการทดลอง โดยการขยายยีนของผู้ป่วยชุดเดิม 50 ราย โดยใช้ไพรเมอร์จำเพาะที่สร้างขึ้นแต่ละไพรเมอร์เพื่อหาแถบดีเอ็นเอที่ผิดปกติจริง 3. ขั้นต่อไปเป็นการศึกษาโครงสร้างที่สมบูรณ์ของยีนผิดปกติโดยทำการสืบค้นในฐานข้อมูลจีโนม 4. ศึกษาการเปลี่ยนแปลงแถบ DNA ในข้อ 13.1 (หลังจากทราบโครงสร้างสมบูรณ์ของยีนเป้าหมายแล้ว) โดยวัดปริมาณของยีนที่เพิ่มขึ้นหรือลดลงในเซลล์มะเร็งโดยวิธี real-t