ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

Comparison of Implicit and Explicit Solvation Models for Iota-Cyclodextrin Conformation Analysis from Replica Exchange Molecular Dynamics

หน่วยงาน มหาวิทยาลัยเชียงใหม่

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : Comparison of Implicit and Explicit Solvation Models for Iota-Cyclodextrin Conformation Analysis from Replica Exchange Molecular Dynamics
นักวิจัย : Khuntawee W. , Kunaseth M. , Rungnim C. , Intagorn S. , Wolschann P. , Kungwan N. , Rungrotmongkol T. , Hannongbua S.
คำค้น : -
หน่วยงาน : มหาวิทยาลัยเชียงใหม่
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2560
อ้างอิง : 15499596 , 2-s2.0-85018565544 , 10.1021/acs.jcim.6b00595 , https://www.scopus.com/inward/record.uri?partnerID=HzOxMe3b&scp=85018565544&origin=inward , http://cmuir.cmu.ac.th/jspui/handle/6653943832/40541
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

© 2017 American Chemical Society. Large ring cyclodextrins have become increasingly important for drug delivery applications. In this work, we have performed replica-exchange molecular dynamics simulations using both implicit and explicit water solvation models to study the conformational diversity of iota-cyclodextrin containing 14 α-1,4 glycosidic linked d-glucopyranose units (CD14). The new quantifiable calculation methods are proposed to analyze the openness, bending, and twisted conformation of CD14 in terms of circularity, biplanar angle, and one-directional conformation (ODC). CD14 in GB implicit water model (Igb5) was found mostly in an opened conformation with average circularity of 0.39 ± 0.16 and a slight bend with average biplanar angle of 145.5 ± 16.0°. In contrast, CD14 in TIP3P explicit water solvation is significantly twisted with average circularity of 0.16 ± 0.10, while 29.1% are ODCs. In addition, classification of CD14 conformations using a Gaussian mixture model (GMM) shows that 85.0% of all CD14 in implicit water at 300 K correspond to the elliptical conformation, in contrast to 82.3% in twisted form in explicit water. GMM clustering also reveals minority conformations of CD14 such as the 8-shape, boat-form, and twisted conformations. This work provides fundamental insights into CD14 conformation, influence of solvation models, and also proposes new quantifiable analysis techniques for molecular conformation studies in the future.

บรรณานุกรม :
Khuntawee W. , Kunaseth M. , Rungnim C. , Intagorn S. , Wolschann P. , Kungwan N. , Rungrotmongkol T. , Hannongbua S. . (2560). Comparison of Implicit and Explicit Solvation Models for Iota-Cyclodextrin Conformation Analysis from Replica Exchange Molecular Dynamics.
    เชียงใหม่ : มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ .
Khuntawee W. , Kunaseth M. , Rungnim C. , Intagorn S. , Wolschann P. , Kungwan N. , Rungrotmongkol T. , Hannongbua S. . 2560. "Comparison of Implicit and Explicit Solvation Models for Iota-Cyclodextrin Conformation Analysis from Replica Exchange Molecular Dynamics".
    เชียงใหม่ : มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ .
Khuntawee W. , Kunaseth M. , Rungnim C. , Intagorn S. , Wolschann P. , Kungwan N. , Rungrotmongkol T. , Hannongbua S. . "Comparison of Implicit and Explicit Solvation Models for Iota-Cyclodextrin Conformation Analysis from Replica Exchange Molecular Dynamics."
    เชียงใหม่ : มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ , 2560. Print.
Khuntawee W. , Kunaseth M. , Rungnim C. , Intagorn S. , Wolschann P. , Kungwan N. , Rungrotmongkol T. , Hannongbua S. . Comparison of Implicit and Explicit Solvation Models for Iota-Cyclodextrin Conformation Analysis from Replica Exchange Molecular Dynamics. เชียงใหม่ : มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ; 2560.