พืชดัดแปลงพันธุกรรม (genetically modified plant) มีการผลิตเพื่อการค้าครั้งแรกในปี 1996 และมีแนวโน้มในการนำมาใช้ประโยชน์เชิงพาณิชย์อย่างต่อเนื่อง ก่อนมีการนำพืชดัดแปลงพันธุกรรมมาใช้ประโยชน์ในเชิงการค้าได้ จะต้องผ่านการประเมินความปลอดภัยทางชีวภาพ (Biosafety assessment) ก่อน เพื่อให้มั่นใจได้ว่าพืชดัดแปลงพันธุกรรมไม่มีผลกระทบต่อสภาพแวดล้อม และสุขอนามัยมนุษย์ ในการประเมินความปลอดภัยทางชีวภาพของพืชดัดแปลงพันธุกรรมจะต้องมีการประเมิน แบบเป็นกรณีๆ ไป (case by case) ตามหลักเกณฑ์หรือมาตรฐาน ทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ นอกจากจะใช้เทคนิคทางวิทยาศาสตร์และเทคนิคทางอณูชีววิทยา (molecular biology) โดยทั่วไป เพื่อตรวจสอบความปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อมและการบริโภคแล้ว ได้มีความพยายามในการพัฒนาเทคนิคใหม่เพื่อใช้ในการตรวจสอบความปลอดภัยทาง ชีวภาพ ได้แก่ การศึกษาโปรติโอมิกส์โดยใช้ 2-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2-D PAGE) เพื่อศึกษาการแสดงออกของโปรตีน รวมทั้งวิเคราะห์หน้าที่และคุณสมบัติของโปรตีนโดย mass spectrometer การศึกษาวิเคราะห์เปรียบเทียบโปรติโอมิกส์ระหว่างพืชดัดแปลงพันธุกรรมกับพืช พันธุ์เดิมที่ไม่ได้ดัดแปลงพันธุกรรม โดยใช้เทคนิคโปรติโอมิกส์จะสามารถใช้สนับสนุนการประเมินความปลอดภัยในพืชดัด แปลงพันธุกรรมได้ ซึ่งในงานวิจัยนี้จะใช้มะละกอดัดแปลงพันธุกรรมต้านทานไวรัสใบด่างจุดวงแหวน เป็นกรณีตัวอย่าง เพื่อพัฒนาเทคนิคหาแนวทางใหม่ที่สะดวก แม่นยำ และเชื่อถือได้ เพื่อการประเมินความปลอดภัยทางชีวภาพต่อไป