Xanthomonas campestris pv. vesicatoria จำนวน 124 isolate และ Ralstonia solanacearum (Pseudomonas solanacearum) จำนวน 74 isolate แยกได้พืชต่าง ๆ ระหว่างปี พ.ศ. 2538-2541 มีความแตกต่างระหว่าง isolate จากการวิเคราะห์ด้วย PCR-RAPD โดยใช้ arbitrary primer ชุดต่าง ๆ เงื่อนไขของการเตรียมแบบแผน RAPD ของแบคทีเรียทั้งสองยีนัสเหมือนกันโดยต้องการ Taq DNA polymerase 2 unit primer OPJ20 ที่ใช้เตรียมแบบแผน RAPD ของ Xcv เพิ่มปริมาณชิ้น DNA ขนาดประมาณ 2.3 kb ในแบคทีเรียที่แยกได้เฉพาะจากมะเขือเทศ และชิ้น DNA ขนาด 600 bp จากแบคทีเรียที่แยกได้จากพริกและบาง strain จากมะเขือเทศ ร่วมกับ DNA อื่น ๆ เช่นเดียวกับการใช้ primer OPJ17 ที่ให้ชิ้น DNA 500 และ 600 bp primer OPJ11 ให้ชิ้น DNA ขนาด 900 bp ใน R. solanacearum จำนวน 28 strain จากจำนวน 74 strain และ primer OPJ20 ให้ชิ้น DNA ขนาด 700 bp ในแบคทีเรีย 31 strain ชิ้น DNA 2.3 kb, 600 kb, จาก Xcv ชิ้น DNA 500, 600, 900, และ 700 bp จาก R. solanacearum ถูกติดฉลากด้วย digoxigenin-11-dUTP และให้ชื่อว่า DNA probe XV1, XV2, PS1, PS2, PS3, และ PS4 ตามลำดับ การตรวจ DNA เป้าหมายมีข้อจำกัดที่ต้องใช้ arbitrary primer เพิ่มปริมาณ DNA เป้าหมายซึ่งไม่สามารถเตรียมแบบแผน RAPD ซ้ำได้ (reproducibility) และมี DNA อื่น ๆ ที่ไม่ใช่เฉพาะ DNA เป้าหมายถูกเพิ่มปริมาณด้วยและการเพิ่มปริมาณมีความไวต่ำ และต้องเพิ่มปริมาณ DNA เป้าหมายก่อนจึงตรวจพบด้วย DNA probe จึงจำเป็นต้องพัฒนาเทคนิคและวิธีใช้ การนำ Xcv ออกจากเมล็ดพืชได้มากที่สุดเป็นการเพิ่มประสิทธิภาพการตรวจด้วยเทคนิค DNA probe หรือ PCR ซึ่งการเปรียบเทียบวิธีการ และสารละลายบัพเฟอร์ต่าง ๆ พบว่าใช้สารละลาย 0.85 % NaCl แช่เมล็ดมะเขือเทศและพริก พร้อมทั้งเขย่าด้วย vortex mixer ร่วมกับการใช้ ultrasound ทำให้ Xcv ที่อยู่ในเมล็ดออกมาได้มากที่สุด จากการสร้างสภาพปลูกเชื้อเทียมโดยใช้สุญญากาศ การพัฒนาเทคนิคตรวจดีเอ็นเอเป้าหมายจากโดย clone ชิ้น DNA ที่มีลักษณะ conserve และ unique ที่พบแบบแผน RAPD ของ Xcv และ R. solanacearum บน vector pGEM?-T และหาลำดับนิวคลีโอไทด์และออกแบบ specific primer โดย primer AF กับ AR และ IF กับ IR เพิ่มปริมาณ DNA ขนาด 2.3 kb และ 612 bp ตามลำดับ ใน Xcv primer BF กับ BF และ JF กับ JR เพิ่มปริมาณ DNA ขนาด 705 bp และ 448 bp ตามลำดับใน R. solanacearum primer ทั้ง 4 ชุด ถูกทดสอบประสิทธิภาพความไวโดยสามารถตรวจ DNA บริสุทธิ์อย่างต่ำที่สุด 50 pg และตรวจสอบ DNA เป้าหมายที่อยู่ในแบคทีเรียจำนวนอย่างต่ำสุดที่ 103 CFU สำหรับ primer AF กับ AR และ IF กับ IR primer BF กับ BR ตรวจ DNA เป้าหมายได้ในแบคทีเรียจำนวน 1 CFU โดย DNA template เตรียมได้จากการต้มแบคทีเรียโดยตรง primer JF กับ JR ไม่สามารถเพิ่มปริมาณ DNA เป้าหมายจาก DNA template ด้วยวิธีต้มโดยตรงแต่ต้องการ DNA template ที่เตรียมโดยวิธีการของ alkaline based technique การใช้ปริมาณสารละลายที่ได้จากการต้มแบคทีเรียที่มีจำนวนมากยับยั้งการเพิ่ม ปริมาณ DNA เป้าหมาย การเพิ่มปริมาณแบคทีเรียเป้าหมาย (enrichment) ในอาหารเหลวก่อนเตรียม DNA template เพิ่มประสิทธิภาพเทคนิค PCR ตรวจแบคทีเรียที่มีปริมาณต่ำได้ เปรียบเทียบความไวของ DNA probe ในการตรวจ DNA เป้าหมายที่ถูกเพิ่มปริมาณโดย specific primer พบ DNA probe XV1, XV2, PS1 และ PS4 ตรวจ DNA เป้าหมายที่มีปริมาณต่ำสุดที่ 0.25 pg, 0.49 pg, 55 fg และ 0.38 pg ตามลำดับ ความจำเพาะของ primer 4 ชุด ถูกทดสอบการเพิ่มปริมาณ DNA เป้าหมายจาก Xcv หรือ R. solanacearum strain ต่าง ๆ ที่แยกได้ตั้งแต่ พ.ศ. 2538-2541 พบ primer AF กับ AR เพิ่มปริมาณ DNA 2.3 kb และ 300 bp ใน Xcv strain ที่แยกจากมะเขือเทศเท่านั้น และ DNA 1.5 kb จาก strain ที่แยกได้จากพริกและจากมะเขือเทศบาง strain ที่ไม่พบ DNA 2.3 kb และ 300 bp primer IF กับ IR เพิ่มปริมาณ DNA 612 bp ได้เฉพาะจาก Xcv ที่แยกได้จากพริกเท่านั้น primer BF กับ BR หรือ JF กับ JR เพิ่มปริมาณ DNA เป้าหมายเพียงชิ้นเดียวจาก R. solanacearum การตรวจแบคทีเรียเป้าหมายเลือก primer AF กับ AR สำหรับตรวจ Xcv และ primer BF กับ BR สำหรับตรวจ R. solanacearum ในการทำ PCR Xcv ถ่ายทอดสู่เมล็ดในลักษณะการเป็น seedborne pathogen ในขณะที่ R. solanacearum มีพฤติกรรมที่เป็น soilborne การพัฒนาดัดแปลงเทคนิคตรวจ Xcv ในเมล็ดมะเขือเทศและพริก และ R. solanacearum ปนเปื้อนในดิน primer AF กับ AR ตรวจพบ DNA เป้าหมายจากน้ำแช่เมล็ด 2 ตัวอย่างและจากน้ำคั้นจากต้นกล้ามะเขือเทศจำนวน 3 ตัวอย่างจากเมล็ดทั้งหมด 16 ตัวอย่าง และ primer BF กับ BR ตรวจพบ DNA เป้าหมายจากน้ำแช่เมล็ดมะเขือม่วง น้ำแช่ลำต้นมะเขือเทศที่เหี่ยว และ primer BF กับ BR ตรวจพบ DNA เป้าหมายจากดินจำนวน 6 ตัวอย่างจากดินทั้งหมด 8 ตัวอย่าง DNA hybridization ร่วมกับ PCR และเพิ่มปริมาณแบคทีเรียเป้าหมายก่อนเตรียม DNA template ทำให้ประสิทธิภาพของเทคนิคดีเอ็นเอสามารถตรวจพบแบคทีเรียที่มีปริมาณต่ำได้