งานวิจัยโครงการนี้มีจุดประสงค์เพื่อพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมาย ที่ใช้ศึกษาอัลลีลที่แตกต่างกันของตำแหน่งยีนจำเพาะในข้าวปลูกและข้าวป่า พันธุ์ข้าวปลูกและพันธุ์ข้าวป่าที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ถูกวิเคราะห์ด้วย primer ที่พัฒนาจากข้อมูลลำดับเบสที่จำเพาะเจาะจงกับยีนที่สำคัญในข้าวปลูกและข้าว ป่าที่มีพันธุกรรมใกล้เคียง ตำแหน่งของยีนที่ศึกษาได้แก่ ยีนที่อยู่บนคลอโรพลาสต์ (chloroplast genes) และยีนที่อยู่ในนิวเคลียส (nuclear gene) ซึ่งเกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์แป้ง, การสังเคราะห์ ethylene และ เมทาบอลิซึมของเซลล์ เทคนิคที่ใช้ตรวจสอบอัลลีลที่แตกต่างกันที่ตำแหน่งของยีนนั้น ๆ ได้แก่ การตัดชิ้นส่วนของยีนที่ขยายโดยวิธี PCR ด้วย restriction enzyme ตามด้วยการแยกชิ้นส่วน DNA ด้วยกระแสไฟฟ้าบน polyacrylamind gel ซึ่งวิเคราะห์ทั้งแบบ double strand DNA conformation polymorphism (DSCP) และ single strand conformation polymorphism (SSCP) รวมถึงการวิเคราะห์ข้อมูลลำดับเบสจากบางอัลลีลของยีนในกลุ่ม granule-bound starch synthase (waxy locus) และ strach branching enzyme type I การวิเคราะห์ชิ้นส่วนของ DNA จาก chloroplast genes สามารถแบ่งกลุ่มตามจีโนมที่แตกต่างได้ (A,B,C,E,H+J) และอีกหลายกลุ่มสายพันธุ์ภายในกลุ่มจีโนมแต่และกลุ่ม ภายในกลุ่มของจีโนม AA ประกอบด้วย 16 haplotypes โดยมี 7 กลุ่มของพันธุ์เดี่ยว ๆ รวมอยู่ การวิเคราะห์ด้วยคลอโรพลาสต์ยีน rpoA สามารถแบ่งกลุ่มของข้าวปลูกและข้าวป่าที่มีพันธุกรรมใกล้เคียงจากเอเชีย ได้เป็น 3 กลุ่มใหญ่ ๆ คือ กลุ่มแรกประกอบด้วยข้าว Oryza sativa ssp. ชนิด indica ร่วมกับอีกหลายพันธุ์ของข้าวป่า สปีชี่ร์ O. nivara และ O. rufipogon กลุ่มที่สองประกอบด้วยข้าวพันธุ์ Nibbonbare และข้าวปลูก (O. sativa ssp.) ชนิด japonica ขณะที่ในกลุ่มที่สามเป็นกลุ่มของข้าวปลูก ชนิด indica และ japonica รวมอยู่ด้วยกัน มีข้าวป่าชนิด O. rufipogon จากประเทศไทย 1 เบอร์ถูกจัดอยู่ในกลุ่มที่ 3 ซึ่งคาดว่าน่าจะเป็นข้าวป่าที่มีพันธุกรรมใกล้เคียงที่สุดกับข้าวปลูกกลุ่ม นี้ หลาย ๆ เบอร์ในกลุ่มของข้าวป่าจากเอเชียซึ่งมีจีโนม AA พบว่ามีลักษณะของ haplotype ที่แตกต่างโดดเด่นออกไปอย่างชัดเจน การวิเคราะห์โดยใช้ตำแหน่งยีนจำเพาะที่พัฒนาจากยีนในนิวเคลียส แสดงให้เห็นถึงความแตกต่างระหว่างสายพันธุ์ภายในจีโนม AA ด้วยกันได้ อีกทั้งสามารถแสดงระดับความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในกลุ่มจีโนม AA อย่างเห็นได้ชัด ขณะที่การวิเคราะห์ด้วยชิ้นส่วนของยีน IDH ไม่ให้ความแตกต่างภายในกลุ่มของข้าวปลูกบางพันธุ์ แต่การวิเคราะห์ด้วยชิ้นส่วนของยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์แป้ง (starch branching enzyme gene) และยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์เอนไซม์ isopentenyl pyrophosphate isomerase แสดงให้เห็นถึงอัลลีลที่แตกต่างกันอย่างชัดเจน ส่วนการวิเคราะห์โดยใช้ primer จำเพาะกับยีน granule-bound starch synthase (waxy locus) นั้นพบว่า ให้ระดับความหลากหลายทางพันธุกรรมสูงมาก ข้าวพันธุ์ Nipponbare ซึ่งเป็นข้าวชนิด pure japonica นั้น พบว่า ให้อัลลีลที่แตกต่างอย่างเห็นได้ชัดในหลาย ๆ ตำแหน่งของยีนจำเพาะที่ใช้ในการศึกษา ประโยชน์ของการพัฒนา PCR-primer ที่ตำแหน่งยีนโดยตรงจากส่วนที่เป็น conserved regions ใน exons ของยีนจำเพาะ แสดงให้เห็นจากการที่สามารถขยายชิ้นส่วนของยีนนั้น ๆ ในข้าวหลายสปีชี่ร์โดยต่างกลุ่มจีโนมได้ การวิจัยในครั้งนี้ จำเป็นต้องมีการศึกษาและวิจัยเพิ่มเติมในการจำแนกความหลากหลายภายในกลุ่มของ ข้าวปลูกและข้าวป่าของไทยในระดับ nuclear gene อีกทั้งจะเป็นประโยชน์อย่างยิ่งในการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการ ระหว่าง haplotypes ที่แตกต่างกันจากการวิเคราะห์ด้วย chloroplast gene ดังกล่าวมาแล้ว