สภาพการไหลของน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาตั้งแต่อำเภอบางไทร จังหวัดอยุธยาจนถึงปากแม่น้ำเจ้าพระยาได้รับผลกระทบจากการขึ้น-ลงของระดับน้ำทะเลบริเวณปากอ่าวไทยอยู่ตลอดเวลา ขณะที่น้ำทะเลหนุนจะเกิดปริมาณน้ำย้อนกลับจากปากอ่าวไทยเข้าสู่แม่น้ำเจ้าพระยาเป็นอุปสรรคต่อการระบายน้ำของระบบลุ่มน้ำเจ้าพระยาตอนล่าง และเมื่อน้ำทะเลลดระดับต่ำลงปริมาณน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาจึงเริ่มระบายออกสู่ปากอ่าวไทย จากพฤติกรรมทางชลศาสตร์บริเวณปากอ่าวไทยดังกล่าว เมื่อมีปริมาณน้ำเหนือหลากผ่านอำเภอบางไทร จังหวัดอยุธยา สูงกว่า 3,000 ลบ.ม./วินาที จะส่งผลให้ระดับน้ำบริเวณกรุงเทพมหานครและปริมณฑลมีระดับยกสูงขึ้นกว่าปกติ ในขณะที่น้ำทะเลหนุนสูงและอาจส่งผลให้เกิดน้ำล้นตลิ่งหรือคันกั้นน้ำเข้าท่วมพื้นที่ชุมชนตามแนวริมแม่น้ำเจ้าพระยา ซึ่งส่งผลกระทบต่อสภาพเศรษฐกิจของประเทศอย่างมาก และถึงแม้ว่าหน่วยงานต่าง ๆ ได้ดำเนินการจัดทำระบบป้องกันน้ำท่วมในลักษณะของระบบพื้นที่ปิดล้อม (polder system)เพื่อป้องกันพื้นที่ชุมชนสำคัญ (พื้นที่เศรษฐกิจและที่พักอาศัย) จากการเกิดน้ำท่วมเนื่องจากน้ำล้นตลิ่งแม่น้ำเจ้าพระยาแล้วก็ตามแต่การดำเนินการป้องกันดังกล่าวย่อมมีขีดจำกัดของการป้องกัน ในขณะที่พฤติกรรมทางธรรมชาติของการเกิดอุทกภัยที่เกิดขึ้นในอนาคตอาจมีระดับความรุนแรงมากกว่าที่ระบบป้องกันน้ำท่วมที่จัดทำไว้จะรองรับได้ ดังนั้นการมีมาตรการเสริมเพื่อศึกษาพฤติกรรมการไหลในแม่น้ำเจ้าพระยาตลอดจนคาดการณ์ถึงสภาวะอุทกภัยที่อาจจะเกิดขึ้นเพื่อที่จะได้ดำเนินการป้องกันหรือหาแนวทางในการลดความสูญเสีย จึงเป็นสิ่งจำเป็นอย่างยิ่ง ภายใต้พระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ตลอดจนการสนองพระราชดำรัสของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องต่าง ๆ โดยมีสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (กปร.)สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) และกรมชลประทาน เป็นหน่วยงานหลักในการดำเนินการได้ริเริ่มโครงการหาความสัมพันธ์ของระดับน้ำและปริมาณน้ำปากแม่น้ำเจ้าพระยา อันเนื่องมาจากพระราชดำริ (Hydrodynamic Flow Measurement) ขึ้น ซึ่งประกอบด้วย ระบบตรวจวัดปริมาณน้ำแบบเคลื่อนที่ได้ ระบบติดตามสภาพน้ำแบบโทรมาตรอุทกวิทยาและระบบพยากรณ์และบริหารจัดการน้ำหลาก เพื่อทำการตรวจวัดพฤติกรรมการไหลของน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาภายใต้อิทธิพลของการเกิดน้ำขึ้น-น้ำลง ติดตามและตรวจสอบสภาพน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาตั้งแต่จังหวัดพระนครศรีอยุธยาจนถึงปากแม่น้ำเจ้าพระยาตามสถานีวัดน้ำต่าง ๆ (รวม 8 แห่ง) ตลอดจนการพยากรณ์สภาพน้ำที่เกิดขึ้นในแม่น้ำเจ้าพระยาและจัดทำ Scenario ในการบริหารจัดการน้ำหลาก เพื่อใช้เป็นข้อมูลการตัดสินใจของผู้บริหารระดับสูงต่อไป ผลจากการดำเนินการโครงการทำให้กรมชลประทานรับทราบถึงพฤติกรรมการไหลขณะเกิดน้ำหนุนและเมื่อระดับน้ำบริเวณอ่าวไทยลดระดับลง โดยเมื่อเกิดน้ำหนุนสูงปริมาณการไหลในแม่น้ำเจ้าพระยาลงสู่อ่าวไทยจะมีค่าลดลงจนบางครั้งเกิดสภาวะน้ำไหลย้อนกลับจากอ่าวไทยเข้ามายังแม่น้ำเจ้าพระยาและเมื่อระดับน้ำทะเลที่ปากอ่าวไทยลดระดับลงปริมาณน้ำที่กักเก็บอยู่ในแม่น้ำเจ้าพระยาจะเร่งระบายออกสู่อ่าวไทยอย่างรวดเร็ว ซึ่งจะไม่ขึ้นอยู่กับปริมาณการระบายน้ำจากเขื่อนเจ้าพระยา สามารถติดตามสภาพที่เกิดขึ้นของระดับน้ำและปริมาณฝนตามแนวแม่น้ำเจ้าพระยาได้ตามสถานีต่าง ๆ ได้อย่างต่อเนื่อง (ทุก ๆ 15 นาที) และตลอดเวลา ตลอดจนสามารถพยากรณ์ระดับน้ำสูงสุดและลักษณะการเกิดหรือการผันแปรของระดับน้ำ ณ สถานีต่าง ๆ และทราบถึงสภาพ/ขอบเขตของการเกิดน้ำท่วม ทั้งนี้ในการคาดการณ์ล่วงหน้า 1 วัน จะมีความแม่นยำในระดับความคลาดเคลื่อนไม่เกิน ±0.10 เมตร และคาดการณ์ล่วงหน้า 2-3 วัน ในระดับความคลาดเคลื่อนไม่เกิน ±0.20 เมตร สำหรับรายละเอียดในการดำเนินการศึกษาโครงการได้นำเสนอในรายงานฉบับสมบูรณ์โครงการหาความสัมพันธ์ของระดับน้ำและปริมาณน้ำปากแม่น้ำเจ้าพระยา อันเนื่องมาจากพระราชดำริ (Hydrodynamic Flow Measurement)