การศึกษาพันธุศาสตร์ประชากรถือเป็นส่วนประกอบสำคัญสำหรับการพัฒนานโยบายสำหรับการจัดการการประมงและการอนุรักษ์ และการพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์ที่จะประเมินค่าความหลากหลายทางพันธุกรรมและโครงสร้างประชากรของปลาช่อนทะเลท้องถิ่นในอ่าวไทยและทะเลอันดามัน เพื่อที่จะศึกษาการแพร่กระจายพันธุ์ของประชากรที่มีอยู่ และเพื่อให้ข้อมูลสำหรับการพัฒนานโยบายก่อนที่การเพาะเลี้ยงปลาช่อนทะเลจะเพิ่มมากขึ้นอย่างกว้างขวาง การวิเคราะห์เครื่องหมายไมโครแซทเทิลไลท์ของประชากรธรรมชาติของปลาช่อนทะเลในทะเลทั้งสองฝั่งพบว่าประชากรมีความหลากหลายทางพันธุกรรมใกล้เคียงคือ 0.844 และ 0.837 ตามลำดับ ตัวอย่างประชากรที่ศึกษาทั้งหมดมีสัดส่วนของเฮทเทอรโรไซโกตน้อยกว่าที่ควรอย่างมีนัยสำคัญ ทั้งนี้อาจเนื่องจากประชากรแต่ละแหล่งมีการผสมพันธุ์ระหว่างหมู่ญาติ และเป็นประชากรที่มีการผสมระหว่างประชากรกลุ่มท้องถิ่นและกลุ่มที่เคลื่อนย้าย ความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างแต่ละประชากรท้องถิ่นมีค่าต่ำและไม่มีนัยสำคัญ (FST = -0.0032 ถึง 0.0081, RST = -0.0066 ถึง 0.0066) ประชากรไม่มีการแบ่งแยกอย่างชัดเจนระหว่างตัวกั้นทางภูมิศาสตร์ที่ยื่นยาวของแหลมมาลายู หรือเมื่อศึกษาในระดับตัวสิ่งมีชีวิต นอกจากนี้แล้วการทดสอบแบบแมนเทลยังไม่มีหลักฐานของการแบ่งแยกของประชากรตามระยะทาง พฤติกรรมการย้ายถิ่นและการติดตามปลาอื่น รวมทั้งปัจจัยทางสมุทรศาสตร์มีบทบาทสำคัญต่อการมีพันธุกรรมเหมือนกันของประชากรปลาช่อนทะเลนี้ ผลการศึกษานี้แนะว่าการจัดการการประมงสำหรับปลาช่อนทะเลควรพิจารณาในระดับชาติและนานาชาติ และจนกว่าที่จะมีการศึกษาความเป็นไปได้ของการปรับตัวเข้ากับท้องถิ่น การพัฒนานโยบายควรวางรากฐานอยู่บนความระมัดระวังเพื่อรักษาความหลากหลายทางพันธุกรรมและความยั่งยืนของการทำประมงท้องถิ่น