การตรวจหายีนที่ตอบสนองต่อช่วงแสงในข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคmethylation-sensitive amplified polymorphism (MSAP) โดยใช้เอนไซม์ ~iEco~iRlและ ~iHpa~ill จากการใช้ไพรเมอร์ 48 คู่ พบว่าไพรเมอร์ 6 คู่ ให้แถบดีเอ็นเอที่แตกต่างกัน 12 แถบ จากดีเอ็นเอของข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ที่ได้รับช่วงแสงสั้นเมื่อโคลนแถบดีเอ็นเอที่แตกต่างกันนี้และใช้เป็นโพรบในการไฮบริไดซ์กับลายพิมพ์ดีเอ็นเอที่ได้จากเทคนิค MSAP แล้วหาลำดับเบสของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ให้ผลไฮบริไดเซชันสอดคล้องกับลายพิมพ์ MSAP และเปรียบเทียบกับข้อมูลใน database พบว่าเครื่องหมาย MSAP 10 จาก 12 ชนิด เหมือนกับลำดับเบสใน database 93-100%โดยเครื่องหมาย F1 มีความคล้ายคลึงกับลำดับเบสใน database มากที่สุดจึงเลือกมาศึกษาต่อ เมื่อโคลนชิ้นส่วนดีเอ็นเอของเครื่องหมาย F1 และลำดับเบสบริเวณข้างเคียง แล้วหาลำดับเบสและเปรียบเทียบกับข้อมูลใน database พบว่าลำดับเบสของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่โคลนได้มีความคล้ายคลึงกับลำดับเบส gil23237916 (genomicDNA ของข้าว) และ gil32986083 (cDNA ของข้าว) 98% ชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่โคลนได้มีORF 1 ตำแหน่ง ประกอบด้วยกรดอะมิโน 134 ตัว ส่วนลำดับเบส gil23237916 และgil32986083 มี ORF 1 ตำแหน่งเหมือนกัน แต่ประกอบด้วยกรดอะมิโน 137 ตัว โดยลำดับกรดอะมิโนมีความคล้ายคลึงกัน 97% เมื่อทำ RT-PCR และ Southern blot hybridizationจากดีเอ็นเอของพันธ์ขาวดอกมะลิ 105 ที่ตัดด้วยเอนไซม์ ~iHpa~ill และ ~iMsp~ilพบว่าผลผลิตจากการทำ RT-PCR แสดงว่ามีการแสดงออกของยีนซึ่งสอดคล้องกับที่ชิ้นส่วนดีเอ็นเอนี้มีการเติมหมู่เมธิลให้กับดีเอ็นเอลดลงเมื่อได้รับช่วงแสงสั้น10 วัน ซึ่งคาดว่าน่าจะเป็นยีนอีกกลุ่มหนึ่งที่ควบคุมการออกดอกของข้าวหรือเกี่ยวข้องกับการพัฒนาดอกของข้าว สำหรับการตรวจสอบการแสดงออกของยีนไฟโตโครมA, B และ C ด้วยเทคนิค multiplex RT-PCR และ semiquantitative RT-PCR นั้นพบว่ายีนไฟโตโครมทั้ง 3 ชนิด มีการแสดงออกตลอดเวลาทั้งในช่วงแสงยาวและช่วงแสงสั้น และการตรวจสอบระดับการเติมหมู่เมธิลให้กับดีเอ็นเอก็ไม่พบความแตกต่างระหว่างตัวอย่างดีเอ็นเอ ดังนั้นยีนไฟโตโครมจึงไม่น่าจะเกี่ยวข้องกับความไวต่อช่วงแสงในข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105