การประเมินภาระมลพิษในลุ่มน้ำแม่กลอง ทำการศึกษาแบ่งพื้นที่ศึกษาออกเป็น5 ลุ่มน้ำย่อย ประเมินภาระมลพิษจากแหล่งกำเนิดมลพิษที่มีจุดกำเนิดแน่นอน ได้แก่ชุมชน และโรงงานอุตสาหกรรมแหล่งกำเนิดมลพิษที่มีจุดกำเนิดไม่แน่นอน ได้แก่ ปศุสัตว์พื้นที่นาข้าว พื้นที่ป่าไม้ และพื้นที่เกษตรกรรมซึ่งรวมพื้นที่ไม้ผลและพืชไร่ ในการประเมินภาระมลพิษที่เกิดขึ้นจริงในพื้นที่จากชุมชน โรงงานอุตสาหกรรมและปศุสัตว์ประเมินภาระมลพิษในรูปของค่า BOD (ปริมาณความต้องการออกซิเจนทางชีวเคมี) พื้นที่นาข้าว พื้นที่ป่าไม้ และพื้นที่เกษตรกรรมประเมินภาระมลพิษในรูปของค่า BOD ไนเตรทและฟอสเฟต และประเมินภาระมลพิษที่ระบายลงแหล่งน้ำ โดยการกำหนดแนวเขตพื้นที่จากริมฝั่งลำน้ำออกไปในระยะ 0 - 1 กิโลเมตร และในระยะ 1 - 5 กิโลเมตร และมากกว่า 5 กิโลเมตรตามลำดับ ภาระมลพิษในรูป BOD ที่เกิดขึ้นในลุ่มน้ำแม่กลอง เท่ากับ 418,551.87 กิโลกรัม/วันปศุสัตว์ก่อให้เกิดภาระมลพิษในรูป BOD มากที่สุด คือ 225,684.53 กิโลกรัม/วันรองลงมา คือ พื้นที่นาข้าว พื้นที่ป่าไม้ และพื้นที่เกษตรกรรม 138,121.52 กิโลกรัม/วันโรงงานอุตสาหกรรม 45,474.81 กิโลกรัม/วัน และจากชุมชน 9,267.01 กิโลกรัม/วันภาระมลพิษในรูปฟอสเฟตที่เกิดขึ้นในลุ่มน้ำแม่กลองจากพื้นที่นาข้าว พื้นที่ป่าไม้และพื้นที่เกษตรกรรม เท่ากับ 29,133.74 กิโลกรัม/วัน ภาระมลพิษในรูปไนเตรทที่เกิดขึ้นในลุ่มน้ำแม่กลองจากพื้นที่นาข้าว พื้นที่ป่าไม้ และพื้นที่เกษตรกรรม เท่ากับ71,839.58 กิโลกรัม/วัน และภาระมลพิษในรูป BOD ที่ระบายลงลุ่มน้ำ คิดเป็น223,938.98 กิโลกรัม/วัน พื้นที่นาข้าว พื้นที่ป่าไม้ และพื้นที่เกษตรกรรม มีภาระมลพิษในรูป BOD ที่ระบายลงลุ่มน้ำมากที่สุด คือ 138,121.52 กิโลกรัม/วัน รองลงมาคือ ปศุสัตว์ 70,348.04 กิโลกรัม/วัน โรงงานอุตสาหกรรม 9,253.10 กิโลกรัม/วันและจากชุมชน คิดเป็น 6,216.32 กิโลกรัม/วัน และภาระมลพิษในรูปไนเตรทที่ระบายลงลุ่มน้ำแม่กลองจากพื้นที่นาข้าว พื้นที่ป่าไม้ และพื้นที่เกษตรกรรม เท่ากับ71,839.58 กิโลกรัม/วัน ภาระมลพิษในรูปฟอสเฟตที่ระบายลงลุ่มน้ำแม่กลองจากพื้นที่นาข้าว พื้นที่ป่าไม้ และพื้นที่เกษตรกรรม เท่ากับ 29,133.74 กิโลกรัม/วัน ผลในการศึกษาครั้งนี้ สามารถใช้เป็นแนวทางในการวางแผนจัดการการจัดตั้งชุมชนโรงงานอุตสาหกรรม และเกษตรกรรม อย่างเหมาะสมต่อไป