การศึกษาคุณภาพน้ำ และ สัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังขนาดใหญ่ ในแม่น้ำบางปะกง ช่วงเดือน มีนาคม 2543 ถึง กุมภาพันธ์ 2544 จาก 7 จุดสำรวจ โดยใช้มัลทิเพิ้ลเพลท ในการเก็บตัวอย่างสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังขนาดใหญ่ โดยเก็บตัวอย่างน้ำเพื่อวิเคราะห์ อุณหภูมิ ความเป็นกรดด่าง ความขุ่น ของแข็งแขวนลอยทั้งหมด การนำไฟฟ้า ความเค็ม ออกซิเจนที่ละลายน้ำ บีโอดี ไนเตรท ฟอสฟอรัสรวม ความกระด้างทั้งหมด ตะกั่ว ปรอท และ โครเมี่ยม ทั้งในภาคสนามและห้องปฏิบัติการ ผลการศึกษาพบว่า คุณภาพน้ำในแม่น้ำบางปะกงมีการเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาล คุณภาพน้ำ ส่วนใหญ่มีค่าสูงในช่วงฤดูร้อน (มีนาคม และ เมษายน) ต้นฤดูฝน (พฤษภาคม) และ ปลาย ฤดูหนาว (มกราคม และ กุมภาพันธ์) คุณภาพน้ำส่วนใหญ่อยู่ในเกณฑ์คุณภาพน้ำในแหล่งน้ำ ประเภทที่ 3 ยกเว้นค่าออกซิเจนละลาย และ ค่าบีโอดี ณ บางจุดสำรวจ ในบางเดือนและ คุณภาพน้ำในแม่น้ำบางปะกงยังได้รับอิทธิพลจากคุณภาพน้ำทะเลในอ่าวไทยด้วย โดยเฉพาะในช่วง ฤดูร้อน (มีนาคม และ เมษายน) และปลายฤดูหนาว (มกราคม และ กุมภาพันธ์) พบสัตว์ ไม่มีกระดูกสันหลังขนาดใหญ่ 4 ไฟลั่ม ได้แก่ ไฟลั่ม Annelida Arthropoda Mollusca และ Plathyhelminthes ซึ่งประกอบด้วย 6 คลาส 27 ออร์เดอร์ 68 แฟมิลี่ และ 92 จีนัส พบความหนาแน่นเฉลี่ยของสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังขนาดใหญ่ 72,288 ตัว/ตารางเมตร/ปี โดยมีค่าเฉลี่ยสูงสุดในเดือนพฤศจิกายน (16,623 ตัว/ตารางเมตร) และต่ำสุดในเดือน มกราคม (1,620 ตัว/ตารางเมตร) และพบค่าเฉลี่ยสูงสุด ณ จุดสำรวจที่ 5 สะพานฉะเชิงเทรา อำเภอเมือง จังหวัดฉะเชิงเทรา (21,234 ตัว/ตารางเมตร/ปี) และต่ำสุด ณ จุดสำรวจที่ 7 บ้านบางขนาก อำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา (2,731 ตัว/ตารางเมตร/ปี โดยมี แฟมิลี่ Gammaridae เป็นกลุ่มเด่นที่พบมากที่สุด มีความหนาแน่นเฉลี่ย 52,066 ตัว/ ตารางเมตร/ปี (72.03%) ที่พบรองลงมาคือแฟมิลี่ Iravadiidae พบ 6,965 ตัว/ ตารางเมตร/ปี (9.64%) พบจำนวนแฟมิลี่มากที่สุด ณ จุดสำรวจที่ 5 ในเดือนกุมภาพันธ์ (23 แฟมิลี่) และพบน้อยที่สุด ณ จุดสำรวจที่ 7 ในเดือนเมษายน (1 แฟมิลี่) ค่าดัชนีความ หลากหลายและดัชนีการกระจาย อยู่ในช่วง 0.000-2.368 และ 0.000-0.953 ตามลำดับ พบว่าคุณภาพน้ำและสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังขนาดใหญ่มีความสัมพันธ์กันอย่าง มีนัยสำคัญ โดยแฟมิลี่ Leucosiidae (ออร์เดอร์ Decapoda, คลาส Crustacea, ไฟลั่ม Arthropoda) มีความสัมพันธ์ทางลบกับอุณหภูมิ (r = -0.250, p = 0.023) ความเป็นกรด ด่าง (r = -0.366, p = 0.001) ความขุ่น (r = -0.236, p = 0.033) ของแข็งแขวนลอย ทั้งหมด (r = -0.267, p = 0.015) ค่าการนำไฟฟ้า (r = -0.305, p = 0.008) ความเค็ม (r = -0.338, p = 0.002) ความกระด้างทั้งหมด (r = -0.340, p = 0.002) ไนเตรท (r = -0.305, p = 0.005) และฟอสฟอรัสรวม (r = -0.321, p = 0.003) แฟมิลี่ Pholadidae (ออร์เดอร์ Myoida, คลาส Pelecypoda, ไฟลั่ม Mollusca) มีความสัมพันธ์ ทางลบกับ ความเป็นกรดด่าง (r = -0.284, p = 0.010) ของแข็งแขวนลอยทั้งหมด (r = -0.260, p = 0.018) ค่าการนำไฟฟ้า (r = -0.255, p = 0.027) ความเค็ม (r = -0.277, p = 0.012) ความกระด้างทั้งหมด (r = 0.280, p = 0.011) ไนเตรท (r = -0.331, p = 0.002) และฟอสฟอรัสรวม (r = -0.303, p = 0.006) ซึ่งแฟมิลี่ Leucosiidae และ Pholadidae น่าจะนำมาใช้เป็นตัวชี้วัดคุณภาพน้ำดี ในแม่น้ำบางปะกงได้ แฟมิลี่ Arcidae (ออร์เดอร์ Arcoida, คลาส Pelecypoda, ไฟลั่ม Mollusca) มีความ สัมพันธ์ทางบวกกับความขุ่น (r = 0.302, p = 0.006) ของแข็งแขวนลอยทั้งหมด (r = 0.416, p = 0.001) ค่าการนำไฟฟ้า (r = 0.305, p = 0.008) ความเค็ม (r = 0.345, p = 0.002) ไนเตรท (r = 0.245, p = 0.026) ฟอสฟอรัสรวม (r = 0.461, p < 0.001) และความกระด้างทั้งหมด (r = 0.326, p = 0.003) ซึ่งแฟมิลี่ Arcidae น่าจะนำมาใช้เป็นตัวชี้วัดคุณภาพน้ำไม่ดี ในแม่น้ำบางปะกงได้