เชื้อไวรัส Dengue มีสารพันธุกรรมเป็น RNA สายบวกยาวประมาณ 10.7 กิโลเบส ทำหน้าที่กำหนดลำดับของโปรตีนตั้งต้นขนาด 3,391 กรดอะมิโน โปรตีนสายยาว (polyprotein) จะถูกย่อยโดยโปรตีนของไวรัสและของเซลล์เจ้าบ้านให้ได้เป็นโปรตีน 10 ชนิด ซึ่งเป็น โปรตีนโครงสร้าง 3 ชนิดและโปรตีนที่ไม่เกี่ยวข้องกับโครงสร้าง 7 ชนิด การตัดย่อย โปรตีนที่ไม่เกี่ยวข้องกับโครงสร้างเกิดจากการทำงานของเอนไซม์โปรตีเอส NS2B-NS3 ซึ่งถูกสร้างมาจากตัวไวรัสเอง โปรตีน NS3 มีขนาด 69 กิโลดาลตันทำหน้าที่ในการเพิ่ม จำนวนของเชื้อไวรัส ทางด้านปลายอะมิโนประกอบด้วย serine protease domain ซึ่งใช้ในการตัดย่อยโปรตีนตั้งต้นอย่างจำเพาะ โปรตีน NS2B ขนาด 14 กิโลดาลตัน ทำหน้าที่เป็นตัวเสริมปฏิกิริยาการตัดย่อยของโปรตีน NS3 กระบวนการตัดย่อยโปรตีน สายยาว (polyprotein) นี้สำคัญในการสร้างไวรัสที่สมบูรณ์ ดังนั้นเอนไซม์ตัดย่อย ดังกล่าวจึงเป็นเป้าหมายสำคัญในการออกแบบสารต้านเชื้อไวรัสตัวนี้ทั้ง 4 ซีโรไทพ์ ยีน NS2B-NS3 ขนาด 2.3 กิโลเบส ได้ถูกเพิ่มจำนวนด้วยวิธี PCR โดยใช้ cDNA ของเชื้อไวรัส Dengue ไทพ์ 2 สายพันธุ์ 16681 เป็นแม่แบบ และโคลนเข้าสู่พลาสมิด pBluescript IIKS(+) เพื่อทำการตรวจสอบลำดับเบส และพบว่ามีลำดับเบสเหมือนกัน กับยีนแม่แบบที่ใช้ จากนั้นยีน NS2B-NS3 ได้ถูกเชื่อมต่อกับพลาสมิด pCAL-n ได้พลาสมิด ลูกผสม pCAL/NS2B-3 และถูกทำให้แสดงออกในเชื้อ ~iE.coli~i สายพันธุ์ BL21 (DE3) pLysS โดยการเหนี่ยวนำด้วย IPTG ซึ่งพบว่าไม่สามารถมองเห็นโปรตีนลูกผสมขนาด 87 กิโลดาลตันบนเจล SDS-PAGE แต่เมื่อนำยีน NS2B-NS3 เข้าสู่พลาสมิด pTrcHisA โดย ได้เชื่อมต่ออยู่กับฮิสติดีน 6 ตัวทางด้านปลายอะมิโน เพื่อใช้ในการทำให้บริสุทธิ์เบื้องต้น ด้วยวิธี affinity chromatography พลาสมิดลูกผสม pTH/NS2B-3 ถูกทำให้แสดงออก ในเชื้อ ~iE.coli~i สายพันธุ์ JM109 เมื่อเหนี่ยวนำด้วย IPTG ประมาณ 4 ชั่วโมง โดยการ ตรวจสอบด้วยวิธี SDS-PAGE พบว่าโปรตีนลูกผสม TH-NS2B-3 ขนาด 88 กิโลดาลตัน สามารถเกิดปฏิกิริยาทางอิมโมโนกับ Ni-NTA-AP และ serum จากคนไข้ที่ติดเชื้อไวรัส Dengue ไทพ์ 2 ได้ โปรตีนลูกผสมที่ถูกสร้างขึ้นจะอยู่ในรูปของผลึกโปรตีน ซึ่งเมื่อ ละลายใน guanidinium hydrocholine ที่ความเข้มข้น 6 โมลาร์ และผ่านเข้าสู่ Ni-metal affinity column เพื่อทำการแยกบริสุทธิ์เบื้องต้น โปรตีนลูกผสมจะถูกชะ ออกจาก column ด้วยบัฟเฟอร์ซึ่งมีส่วนประกอบของ urea ที่ความเข้มข้น 8 โมล่าร์ โปรตีนลูกผสมที่แยกได้ถูกนำไปวัดความเข้มข้นที่ OD 280 nm และตรวจสอบความบริสุทธิ์ ด้วยวิธี SDS-PAGE ซึ่งโปรตีนลูกผสมที่ถูกแยกบริสุทธิ์เบื้องต้นนี้สามารถนำไปใช้ศึกษา คุณสมบัติทางชีวเคมีต่อไป