การศึกษาการพัฒนาของอวัยวะสืบพันธุ์ของพันธุ์ปลาม้าอายุ 1-60 วัน ความยาว 2.00-47.90 (+,-) 4.94 มม. และน้ำหนัก 0.00-1.24 (+,-) 0.29 ก. ซึ่งได้จากการเพาะเลี้ยงโดยสถานี ประมงน้ำจืด จังหวัดชัยนาท พบว่า ไม่มีการพัฒนาของอวัยวะ สืบพันธุ์มากพอที่ทำให้สามารถแยกเพศระหว่างเพศผู้ และเพศเมียได้ พบแต่เพียงกลุ่มเซลล์ของ primordlal germ cells แทรกอยู่ ระหว่างเนื้อเยื่อเกี่ยวพันที่อยู่ภายในอยัยวะสืบพันธุ์ ระบบสืบพันธุ์ของปลาม้าที่สามารถแยกเพศได้ที่ได้จากแหล่ง น้ำธรรมชาติ บริเวณเขื่อนเจ้าพระยา จังหวัดชัยนาท ในเพศเมียมี ความยาวระหว่าง 23.3-58.0 ซม. และน้ำหนัก 90-1420 ก. ประกอบ ด้วยรังไข่ 1 คู่ ติดอยู่ทางด้านล่างของกระเพาะลม รังไข่ของ ปลาม้าเป็นแบบ asynchronous ซึ่งเป็นรังไข่ที่สามารถพบไข่ ที่อยู่ในระยะการพัฒนาที่แตกต่างกัน การพัฒนาของรังไข่ในปลา ม้าที่จับได้จากธรรมชาติ พบการพัฒนาของรังไข่เพียง 2 ระยะคือ ระยะdeveloping (early) ซึ่งพบในปลาที่ยังไม่โตเต็มที่ มีความ ยาวระหว่าง 23.3-30.5 ซม. และน้ำหนัก 90-200 ก. ส่วนรังไข่ อีกระยะคือ gravid ซึ่งเป็นรังไข่ที่พบในปลาที่เจริญเติบโตเต็มที่ พร้อมที่จะวางไข่ พบในปลาม้าที่มีความยาว 52-58 ซม. น้ำหนัก 1130-1420 ก. ระบบสืบพันธุ์ของปลาม้าเพศผู้ พบว่ามีอัณฑะอยู่ 1 คู่ เป็นแบบ lobular type ติดอยู่กับกระเพาะลม ไม่พบ seminal vesicle การพัฒนาของอัณฑะปลาม้าแบ่งได้เป็น 4 ระยะ คือ stage of rest, stage of developmant, stage of maturity และ post-spawning stage ปลาม้าเพศผู้ที่ยังไม่ เจริญเติบโตเต็มที่มีความยาวอยู่ระหว่าง 23.5-32.5 ซม. น้ำหนัก 90-270 ก. ปลาม้าเพศผู้ที่เจริญเติบโตเต็มที่และ พร้อมที่จะผสมพันธุ์มีความยาวระหว่าง 36.0-50.0 ซม. น้ำหนัก 350-900 ก. การพัฒนาของไข่ปลาม้าแบ่งออกเป็น 2 ช่วงคือ primary growth phase และ secondary growth phase Primary growth phase แบ่งระยะการพัฒนาออกเป็น 4 ระยะคือ oogonia, chromathin nucleolus, early perinucleulus และ late perinucleolus ส่วน secondary growth phase แบ่งระยะการพัฒนาออกเป็น 5 ระยะคือ lipid vesicle stage I, lipid vesicle stage II, primary yolk granule, secondary yolk granule และ tertiary yolk granule อัณฑะของปลาม้าประกอบด้วย lobules เล็ก ๆ จำนวนมาก ผนังด้าน ในของ lobules พบ spermatogenic cells ระยะต่าง ๆ และ Sertoll cells ติดอยู่ การพัฒนาของ spermatogenic cells ในปลาม้า อยู่ภายใน spermatocyst โดยสามารถแบ่งได้เป็น 6 ระยะคือ primary spermatogonia, secondary spermatogonia, primary spermatocyte, secondary spermatocyte, spermatid และ spermatozoa ระหว่าง lobules ซึ่งประกอบด้วยกล้ามเนื้อเรียบ และเนื้อเยื่อเกี่ยวพัน พบว่ามีกลุ่มของ Leydlg cells แทรกอยู่