ในการศึกษารูปแบบไอโซไซม์ของอ้อยจำนวน 71 พันธุ์โดยเทคนิค ทางอิเลคโตรโฟรีซีส เพื่อใช้ในการจำแนกพันธุ์อ้อยด้วยเอนไซม์ peroxidase และ esterase พบว่าอ้อยแต่ละพันธุ์จะมีรูป แบบไอโซไซม์ที่แตกต่างกัน และสามารถจัดกลุ่มพันธุ์อ้อย 71 พันธุ์โดยใช้ลักษณะที่คล้ายคลึงกันของ zymogram พบว่าไอโซไซม์ peroxidase แบ่งพันธุ์อ้อยได้ 6 กลุ่มคือ P1,P2,P3,P4,P5 และ P6 ส่วนไอโซไซม์ esterase แบ่งได้เป็น 9 กลุ่ม คือ E1,E2,E3,E4,E5,E6,E7,E8, และ E9 ในการศึกษารูปแบบไอโซไซม์ peroxidase และ esterase ของกลุ่มพันธุ์อ้อยต้านทานโรคแส้ดำ 7 พันธุ์คือ F137, F140, F156, NCo376, Ragnar และ U-thong 1 และกลุ่มพันธุ์อ่อนแอต่อโรค 7 พันธุ์คือ Q79, Q81, Q83, Q100, Chainat 1, Eros และ E-heaw พบว่ารูปแบบไอโซไซม์ peroxidase ของกลุ่มพันธุ์อ้อยต้านทานและอ่อนแอต่อโรคแส้ดำมีลักษณะแตกต่างกัน คือในกลุ่มต้านทานจะมีแถบสีที่ 9 อยู่เกือบทุกพันธุ์ยกเว้นพันธุ์ Ragnar ส่วนกลุ่มพันธุ์อ่อนแอจะไม่มีแถบสีดังกล่าวยกเว้นพันธุ์ E-heaw เมื่อทำการจัดกลุ่ม (cluster analysis) โดยใช้ไอโซไซม์ของพันธุ์ อ้อยที่ต้านทานและอ่อนแอต่อโรคด้วยโปรแกรมคอมพิวเตอร์สำเร็จรูป GEBEI พบว่าเอนไซม์ peroxidase สามารถจัดได้เป็น 4 กลุ่มคือ CP1, CP2, CP3 และ CP4 ซึ่งกลุ่ม CP1 เป็นกลุ่มพันธุ์ที่ต้านทาน ได้แก่ F137, F140 และ F155 ส่วน CP2 เป็นกลุ่มพันธุ์อ่อนแอ ต่อโรคได้แก่ Q79, Q100, Chainat 1 และ Eros ส่วน CP3 และ CP4 ไม่มีลักษณะเฉพาะที่เด่นชัด เมื่อนำกลุ่ม CP1 ไป เปรียบเทียบกับอ้อย 71 พันธุ์ได้จัดกลุ่มไว้แล้วโดย peroxidase พบว่าอยู่ในกลุ่ม P5 ซึ่งมีพันธุ์ CO1007 และ Kwt #3 อยู่ด้วย และพันธุ์ดังกล่าวอาจเป็นพันธุ์ที่ต้านทานต่อโรคแส้ดำ ส่วนการจัด แบ่งกลุ่มพันธุ์อ้อยโดยใช้ไอโซไซม์ esterase พบว่าสามารถแบ่งไดั 4 กลุ่มคือ CE1, CE2, CE3 และ CE4 โดย CE1 เป็นกลุ่มพันธุ์ ที่ต้านทานโรคซึ่งเมื่อนำมาเปรียบกับอ้อยทั้ง 71 พันธุ์ที่ได้จัด กลุ่มไว้แล้วโดย esterase พบว่าอยู่ในกลุ่ม E8 โดยมีพันธุ์ U-thong 2 ที่มีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับกลุ่ม CE1 มากที่สุด และมีแนวโน้มเป็นพันธุ์ต้านทานต่อโรคแส้ดำ สำหรับการศึกษารูป แบบไอโซไซม์ 4 ชนิดของเชื้อรา Ustilago scitaminea Syd. จำนวน 13 isolate พบว่าสามารถใช้ไอโซไซม์ esterase จำแนกความแตกต่างของสายพันธุ์เชื้อราได้เป็น 2 กลุ่มคือ กลุ่ม ที่มี 2 แถบสี และกลุ่มที่มี 4 แถบสี ส่วนไอโซไซม์ที่ตรวจไม่พบ คือ glucose-6-phosphate dehydrogenase, malate dehydrogenase และ phosphogluconate dehydrogenase ในการศึกษาการเปลี่ยนแปลงรูปแบบไอโซไซม์ peroxidase และ esterase ของอ้อยพันธุ์ต้านทาน (F140, F156) และพันธุ์อ่อนแอ (Q 79, E-heaw) หลังจากการปลูกเชื้อราสาเหตุโรค 1, 2, 4 และ 8 วัน พบว่าทั้งพันธุ์ต้านทานและอ่อนแอมีการเปลี่ยนแปลงรูป แบบไอโซไซม์เกิดขึ้น แต่ไม่สามารถสรุปผลได้อย่างชัดเจนว่า การเปลี่ยนแปลงรูปแบบเอนไซม์ที่เกิดขึ้นนั้นเป็นผลมาจากการที่ เชื้อเข้าทำลายตาอ้อย หรือพัฒนาการของตาอ้อยทีเจริญไปเป็น ยอดและใบอ่อน นอกจากนี้การเปลี่ยนแปลงไอโซไซม์ของอ้อย แต่ละพันธุ์จะมีลักษณะแตกต่างกัน จึงไม่สามารถใช้แถบสีใด แถบสีหนึ่งเป็นตัวบ่งชี้ถึงลักษณะพันธุ์ที่ต้านทานหรืออ่อนแอหลัง จากปลูกเชื้อสาเหตุโรค