จุลินทรีย์ที่มีบทบาทสำคัญต่อการหมักโกโก้ ได้แก่ ยีสต์และแบคทีเรีย ดังนั้นการศึกษาจึงได้ทำการแยกและจำแนกจุลินทรีย์ที่เกิดขึ้นในระหว่างหมัก โกโก้แบบธรรมชาติมา 840 ไอโซเลทและพบว่า จุลินทรีย์เหล่านี้จัดอยู่ ในวงศ์ Acetobacter, Bacillus, Candida, Gluconobacter, Kluveromyces, Lactobacillus, Micrococcus และ Saccharomyces การศึกษาครั้งนี้ยังได้นำยีสต์ แบคทีเรียอะซิติกอย่างละ 210 ไอโซเลท มาทำการศึกษาประสิทธิภาพการผลิต แอลกอฮอล์ เอนไซม์ เพคติเนส และกรดอะซิติก ซึ่งผลการศึกษาได้เลือกยีสต์ผลิตแอลกอฮอล์ คือ Ku-Y77, KU-Y79, KU-U125 จุลินทรีย์ผลิตเอนไซม์เพคติเนสคือ KU- y150 และ KU-B190 ส่วนแบคทีเรียอะซิติก คือ KU-A40, KU-A45, KU- A72, KU-A101, KUA132, KU-A187 เมื่อนำจุลินทรีย์ที่คัดเลือกได้ไป ศึกษาการหมักโกโก้ ซึ่งจากค่าของ Cut test และดัชนีการหมักบ่งชี้ว่า จุลินทรีย์ผสมที่เหมาะสมต่อการใช้เป็นกล้าเชื้อหมักโกโก้นี้ประกอบด้วย Saccharomyces cerevisiea (KU-Y77), Saccharomyces chevalieri (KU-Y150) และ Acetobacter aceti (KU-A72) โดยปริมาณที่ใช้แต่ละชนิดคือ 1.5, 2.0 และ 1.0% (น้ำหนักโกโก้) ตาม ลำดับ ผลการหมักด้วยจุลินทรีย์ผสมดังกล่าวทำให้เวลาในการหมักโกโก้ลดลง จาก 6 วัน เหลือ 4 วัน โดยมีเมล็ดโกโก้หมักสมบูรณ์ 79-87% ซึ่งจัดอยู่ใน โกโก้เกรด 1 ตามมาตรฐานโกโก้สากลด้วย จากการวิเคราะห์ชนิดกรดอะมิ โนและกรดไขมันของเมล็ดโกโก้หมัก พบว่ากรดแอสปาร์ติก และกลูตามิก ซึ่ง เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์สารตั้งต้นกลิ่น-รส นั้นมีปริมาณลดลงมากกว่าใน เมล็ดโกโก้หมักแบบธรรมชาติ ค่ากรด (Acid Value) และกรดไขมันไม่อิ่ม ตัว พบว่าในเมล็ดโกโก้หมักด้วยกล้าเชื้อมีค่าเพิ่มขึ้นน้อยกว่าเมล็ดโกโก้หมัก ธรรมชาติ ส่วนปริมาณทรีโอโปรมีนในเมล็ดโกโก้หมักทั้งสองมีค่าลดลงใกล้ เคียงกับค่ามาตรฐาน ในการตรวจสอบคุณภาพโกโก้หมักด้วยการชิมในรูป เครื่องดื่ม และในรูปชอคโกแลต พบว่าคุณภาพโกโก้หมักด้วยกล้าเชื้อที่คัดเลือก ได้นั้นคล้ายกับโกโก้เปรียบเทียบและดีกว่าโกโก้หมักแบบธรรมชาติ