อวัยวะในระบบสืบพันธุ์ทั้งเพศผู้และเพศเมียของปลากระเบน ถูกนำมา ศึกษาโดยผ่านกระบวนการทางพาราฟินเทคนิค และบางส่วนศึกษาด้วยกล้อง จุลทรรศน์อีเล็กตรอน พบว่าอัณฑะของปลากระเบนมี 1 คู่ มีลักษณะเป็นพูยาว ฝังติดกับ epigonal organ ภายในอัณฑะประกอบด้วยหน่วยโครงสร้าง รูปกลมที่เรียกว่า แอมพูลลาจำนวนมาก ในแต่ละแอมพูลลาส่วนใหญ่พบ spermatogenic cells ที่เจริญอยู่ในระยะเดียวกัน แอมพูลลาที่อยู่ในระยะ เดียวกันจะรวมกลุ่มกันเป็น concentric zone ระหว่างแอมพูลลาพบ interstitial cells ด้วย แอมพูลลามีกำเนิดมาจากบริเวณ ampullogenic zone และมีการพัฒนาตามลำดับดังนี้คือ spermatogonial ampulla, primary spermatocyte ampulla, secondary spermatocyte ampulla, spermatid ampulla, spermatozoal ampulla และ empty ampulla อสุจิที่ปล่อยออกจาก อัณฑะจะถูกลำเลียงผ่านไปตาม vas efferent, epididymis, vas deferens และ seminal vesicle ตามลำดับ ปลากระเบนเพศเมียมีรังไข่ข้างซ้ายเพียงข้างเดียวซึ่งฝังติดกับ epigonal organ ภายในรังไข่พบฟอลลิเคิลที่กำลังเจริญระยะต่าง ๆ กัน รวมทั้งอะทรีติกฟอลลิเคิล และ คอร์ปัสลูเทียมชั้นแกรนูโลซาของฟอลลิเคิลที่กำ ลังเจริญพบว่าประกอบด้วยเซลล์ 2 ชนิด คือ เซลล์รูปทรงสูงที่มีขนาดเล็กและ แทรกด้วยเซลล์ขนาดใหญ่ ท่อของระบบสืบพันธุ์เพศเมียแบ่งออกเป็นส่วนต่าง ๆ ดังนี้ คือ ท่อนำไข่ nidamentary gland มดลูก และช่องคลอด ตามลำดับ