การคำนวณทางกลศาสตร์ควอนตัม และแบบจำลองพลวัตเชิงโมเลกุลถูกนำมาใช้ในศึกษาสมบัติทางโครงสร้าง และทางอิเล็กตรอนของสารเชิงซ้อนดีเอนเอ อินเตอร์คาเลตแอโรแมติคโครโมฟอร์ในขั้นแรกได้ศึกษาสเปกตรัมเชิงอิเล็กครอนของโครโมฟอร์ซึ่งได้แก่ สารอะครีดีน และอนุพันธ์ของอะมิโนอะครีดีน ไพโรนีน 6จี และโรดามีน 6จี ในสถานะแก๊ส และในสารละลาย โดยใช้ระเบียบวิธีเซมิเอ็มพิริกัลแบบ เอ็นดีดีโอ-จี และเอเอ็ม1 และระเบียบวิธีทางกลศาสตร์ควอนตัม แบบทีดี ดีเอฟที ผลจากการคำนวณพบว่าพลังงานการดูดกลืนของอะครีดีน และอนุพันธ์อะมิโนอะครีดีนมีค่าสอดคล้องกับผลจากการทดลองและผลการคำนวณที่มีความแม่นยำสูง ในขณะที่พลังงานของโรดามีน6จี ค่าจากการคำนวณสูงกว่าจากการทดลอง พบว่าสเปกตรัมการดูดกลืนจะเปลี่ยนแปลงเมื่อทำการศึกษาในสารละลาย นอกจากนี้ได้ศึกษาแบบจำลองพลวัตเชิงโมเลกุลของไพโรนีน 6จี แคตไอออนไดเมอร์และ โรดามีน 6จี แคตไอออนไดเมอร์ ในสารละลาย ผลจากการศึกษาพบว่าโครงรูปของไพโรนีน 6จีและโรดามีน 6จี มีการหมุนไปมาได้ง่าย นอกจากนั้นยังพบว่าแรงไฟฟ้าสถิตระหว่างตัวทำละลายและสารละลาย มีส่วนสำคัญอย่างยิ่งที่ทำให้โครโมฟอร์เสถียรอยู่ได้ งานวิจัยในส่วนสุดท้ายได้จำลองพลวัติโมเลกุลเพื่อศึกษาสมบัติทางโครงรูป และทางพลวัตของสารเชิงซ้อนอนุพันธ์โรดามีน 6จี กับดีเอนเอ สามระบบ ซึ่งการวางตัวของโครโมฟอร์สัมพัทธ์กับเบสกัวนีนของดีเอนเอมีความยืดหยุ่นมาก นอกจากนี้ยังพบว่าการมีอันตรกิริยาแบบสแตกกิ้ง กับโครโมฟอร์มีผลกระทบน้อยมากบนเบสลำดับที่สองและสาม