การศึกษาภาวะการติดเชื้อไวรัส Nipah ของค้างคาวในประเทศไทย ระหว่างเดือนมีนาคม พ.ศ. 2545 ถึง เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2547 ได้ทำการสำรวจค้างคาว 12 ชนิด ใน9 จังหวัดได้แก่ สิงห์บุรี อยุธยา กรุงเทพฯ ระยอง ชลบุรี ฉะเชิงทรา ปราจีนบุรี ราชบุรีและสุราษฎร์ธานี เป็นจำนวน 1,304 ตัว โดยตรวจหาภูมิคุ้มกันแอนติบอดีย์ต่อเชื้อไวรัสNipah โดยวิธี ELISA ในตัวอย่างเลือดค้างคาวจำนวน 1,054 ตัวอย่าง พบผลบวก 82 ตัวอย่างคิดเป็นร้อยละ 7.8% จำแนกเป็นตัวอย่างจากค้างคาวแม่ไก่ภาคกลาง (~iPteropus lylei~i)จำนวน 72 ตัวอย่าง ค้างคาวแม่ไก่เกาะ (~iP. hypomelanus~i) จำนวน 4 ตัวอย่าง และจำนวนละ 1 ตัวอย่างจาก ค้างคาวแม่ไก่ป่าฝน (~iP. vampyrus~i) และ ค้างคาวหน้ายักษ์สามหลืบ (~iHipposideros larvatus~i) การตรวจหาสารพันธุกรรมของเชื้อไวรัส จากตัวอย่างน้ำลายค้างคาวจำนวน 1,286 ตัวอย่าง และตัวอย่างเยี่ยวค้างคาวจำนวน 1,282 ตัวอย่างโดยวิธีการรวมกลุ่มตัวอย่าง 10 ต่อ 1 จากตัวอย่างชนิดเดียวกัน ที่เก็บได้จากค้างคาวชนิดเดียวกัน ในเวลาและสถานที่เดียวกัน จำนวนชนิดตัวอย่างละ 142 กลุ่มตัวอย่าง พบสารพันธุกรรมของเชื้อไวรัส Nipah (RNA) ใน 2 กลุ่มตัวอย่างน้ำลาย และ 6 กลุ่มตัวอย่างเยี่ยวการถอดรหัสพันธุกรรมความยาว 181 นิวคลีโอไทด์ จากกลุ่มตัวอย่างน้ำลายของค้างคาวหน้ายักษ์สามหลืบพบว่ามีความเหมือนกับสายพันธุ์ของไวรัสที่ทำให้เกิดโรคระบาดในประเทศมาเลเซียรหัสพันธุกรรมจากกลุ่มตัวอย่างที่เหลือได้แก่ น้ำลายและเยี่ยวของค้างคาวแม่ไก่ภาคกลางมีความเหมือนกับสายพันธุ์ของไวรัสที่ทำให้เกิดโรคระบาดในประเทศมังคลาเทศ โดยที่มีเพียง3 จังหวัด (สิงห์บุรี ราชบุรี และสุราษฎร์ธานี) ที่ไม่พบหลักฐานการติดเชื้อ จากข้อมูลเหล่านี้อาจกล่าวได้ว่าค้างคาวในประเทศไทยเป็นแหล่งรังโรคตามธรรมชาติของไวรัส Nipahและอาจมีความเสี่ยงต่อการแพร่ไปยังสัตว์และคนซึ่งต้องการการเฝ้าระวังอย่างเข้มงวด