ในการวิเคราะห์หาเครื่องหมายทางพันธุกรรมในระดับ cDNA ที่จำเพาะต่อเพศของกุ้งกุลาดำ (~iPenaeus monodon~i) ด้วยเทคนิค RT-PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาจากส่วน DM domain ของยีน DMRT1, ~idsx~i และ mab-3, ยีนเพอริโทรฟิน, ยีนซิงฟิงเกอร์และ จากยีนต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการบ่งชี้เพศ พบว่ายีนเหล่านี้มีการแสดงออกในกุ้งกุลาดำทั้ง 2 เพศ แต่พบแถบดีเอ็นเอจำนวน 5 แถบที่มีขนาดแตกต่างจากผลผลิตเป้าหมาย (PMO720,PMO880, PMO920, PMT700 และ PMT1700) ซึ่งแสดงออกอย่างจำเพาะต่อเพศ จึงทำการโคลนและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของชิ้นดีเอ็นเอดังกล่าว จากนั้นได้ออกแบบไพรเมอร์จากPMO720, PMO920, และ PMT1700 และทำ RT-PCR พบว่าทั้ง 3 คู่ไพรเมอร์ให้แถบดีเอ็นเอที่มีระดับการแสดงออกที่แตกต่างกันในรังไข่ และอัณฑะของกุ้งกุลาดำ และได้ทำการค้นหาsingle nucleotide polymorphism (SNP) ที่เกี่ยวข้องกับเพศในกุ้งกุลาดำในระดับดีเอ็นเอ โดยการเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนซิงฟิงเกอร์ (450 คู่เบส จากไพรเมอร์ Zincfinger-F + Finger-R) โดยพบความหลากหลายทางพันธุกรรมทั้งภายในเพศเดียวกันและระหว่างเพศ แต่ไม่พบ SNP ที่จะใช้บ่งบอกความแตกต่างระหว่างเพศของกุ้งกุลาดำ ทำการสร้างห้องสมุด Subtractive cDNA ของรังไข่และอัณฑะในกุ้งกุลาดำโดยทำการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมด 216 โคลน (155 โคลน มาจาก Subtractive cDNAของรังไข่ และ 61 โคลนมาจาก Subtractive cDNAs ของอัณฑะ) โดยยีนหลักที่แสดงออกในรังไข่ คือ ทรอมโบสปอนดิน (TSP, 28.7%), เพอริโทรฟิน (10.8%) และ ยีนที่ไม่ทราบหน้าที่ (49.7%) ในขณะที่ยีนหลักที่แสดงออกในอัณฑะของกุ้งกุลาดำเป็นยีนที่ไม่ทราบหน้าที่ (96.7%) จากการทำ Rapid amplification of cDNA ends - polymerase chainreaction (RACE - PCR) เพื่อหาลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของ TSP พบลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ทางด้านปลาย 5(+,ข) ของ TSP แต่ไม่พบผลผลิต RACE ที่สมบูรณ์ทางด้านปลาย3(+,ข) และได้ทำการตรวจสอบการแสดงออกอย่างจำเพาะต่อเพศของยีนที่เกี่ยวข้องกับเพศโดยวิธี RT-PCR พบว่า VCP7, PM233 และ AGESTX มีการแสดงออกอย่างจำเพาะในเพศเมียของกุ้งกุลาดำ ในขณะที่พบการแสดงออกของ TSP ทั้งในเพศผู้และเพศเมียของกุ้งกุลาดำอายุ 4 เดือน แต่จะพบการแสดงออกเฉพาะในเพศเมียในกุ้งขนาดพ่อแม่พันธุ์ และได้ศึกษาการแสดงออกของยีน TSP และ AGESTX โดยใช้เทคนิค semi-quantitative RT-PCR เพื่อวัดระดับของ mRNA ในรังไข่ของกุ้งกุลาดำขนาดพ่อแม่พันธุ์ และกุ้งกุลาดำอายุ 4 เดือนซึ่งพบว่าระดับการแสดงออกของ AGESTX ไม่มีความแตกต่างกันในกุ้งทั้ง 2 ขนาด (P>0.05)แต่พบการแสดงออกแตกต่างกันของ TSP ในกุ้งทั้ง 2 ขนาดอย่างมีนัยสำคัญ (P<0.05)