การศึกษาความผันแปรทางพันธุกรรมและโครงสร้างประชากรผึ้งหลวง ~iApis dorsata~i154 ตัวอย่าง จากบริเวณ 5 พื้นที่ภูมิศาสตร์ของประเทศไทย คือ ภาคเหนือ, ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ, ภาคกลาง, ภาคใต้ และเกาะสมุย โดยทำการตรวจสอบด้วยเทคนิค PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) ของไมโตคอนเดรียลดีเอ็นเอ 4 บริเวณ (บริเวณระหว่างยีน CO I- CO II, ยีน Cytb I - tRNA('Ser),ยีน ATPase6-8 และยีน lrRNA) ด้วยเทคนิค PCR สามารถทำการเพิ่มปริมาณชิ้นดีเอ็นเอ ของบริเวณระหว่างยีน CO I- CO II, ยีน Cytb I - tRNA('Ser), ยีน ATPase6-8 และยีนlrRNA โดยใช้ไพรเมอร์คู่จำเพาะขนาบข้างดังกล่าว ได้ชิ้นดีเอ็นเอขนาด 1040, 845, 820 และ750 คู่เบส ตามลำดับ เมื่อตัดชิ้นดีเอ็นเอทั้ง 4 บริเวณด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ ~iDra~i Iและ ~iHin~if I พบว่าจะได้รูปแบบของแถบดีเอ็นเอเป็น 1, 1, 1 และ 2 รูปแบบ และ 3, 4และ 1 รูปแบบ ตามลำดับ เมื่อรวมผลทั้ง 4 บริเวณที่ตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะทั้ง 2 ตัวนี้จะให้รูปแบบรวมของแถบดีเอ็นเอเป็น 6 รูปแบบ จากการวิเคราะห์ค่า geographic hetergeneityพบว่าการกระจายตัวของความถี่ของรูปแบบดีเอ็นเอของประชากรผึ้งหลวงไม่แตกต่างกันในทุกคู่ของกลุ่มประชากรที่นำมาเปรียบเทียบ ดังนั้นในการตรวจสอบไมโตคอนเดรียลดีเอ็นเอด้วยPCR-RFLP ไม่สามารถบอกความแตกต่างทางพันธุกรรมประชากรผึ้งหลวงในประเทศไทยได้ การตรวจสอบด้วยไมโครแซทเทลไลท์ดีเอ็นเอในผึ้งหลวง 155 ตัวอย่าง ครอบคลุมทั้ง5 พื้นที่ในประเทศไทย โดยใช้ไมโครแซทเทลไลท์ไพรเมอร์ของผึ้งพันธุ์ ~iA. mellifera~i13 คู่ พบความหลากหลายของอัลลีลใน 3 ตำแหน่งของไมโครแซทเทลไลท์ (A14, A24 และ A88)โดยมีจำนวนอัลลีลต่อตำแหน่งเป็น 6, 8 และ 20 ตามลำดับ มีค่าเฮเทอโรไซโกซิตี้ เฉลี่ยอยู่ในช่วง 0.68-0.74 และให้ค่าเฉลี่ยของจำนวนอัลลีลในแต่ละตำแหน่งอยู่ในช่วง 6.0-9.0หลังจากวิเคราะห์ geographic hetergeneity พบว่าที่ตำแหน่งของไมโครแซทเทลไลท์ A24พบการกระจายตัวของความถี่อัลลีล ของประชากรผึ้งหลวงที่เกาะสมุยแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญกับกลุ่มประชากรผึ้งหลวงจากแผ่นดินใหญ่ (ภาคเหนือ, ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ, ภาคกลางและภาคใต้) ดังนั้นไมโครแซทเทลไลท์ที่ตำแหน่ง A24 สามารถบอกความผันแปรทางพันธุกรรมของประชากรผึ้งหลวงในประเทศไทยบนแผ่นดินใหญ่กับเกาะสมุยได้