การดื้อยาเป็นปัจจัยหลักที่ทำให้การรักษาด้วยยาต้านไวรัสไม่ได้ผล โดยเฉพาะการพัฒนาการดื้อยาข้ามชนิดในระดับสูงในยากลุ่มเดียวกัน ส่งผลให้การรักษาเป็นไปได้ด้วยความยุ่งยาก ในประเทศไทยผู้ติดเชื้อส่วนมากมักติดเชื้อ HIV-1 subtype A/Eมีรายงานการดื้อยามากมายในอเมริกาเหนือและยุโรป ซึ่งมักติดเชื้อ HIV-1 subtype Bอย่างไรก็ตามรายงานการดื้อยาในส่วนอื่นๆ ของโลก ซึ่งติดเชื้อคนละ subtype ยังมีอยู่น้อย ปัจจุบันได้มีการแนะนำให้ติดตามการรักษาด้วยการทดสอบการดื้อยา การวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ (Sequencing analysis) เป็นวิธีการมาตรฐานในการทดสอบการดื้อยาในระดับยีน แต่มีค่าใช้จ่ายสูง และยังพัฒนาใช้อย่างกว้างขวางได้ยาก ผู้วิจัยจึงได้พัฒนาวิธีการทดสอบการดื้อยาที่ทำได้ง่ายและราคาถูก วิธี Amplification refractorymutation system (ARMS) จึงได้ถูกนำมาประยุกต์ในการพัฒนาวิธี K103N/Y181C และQ151M/T215Y/F duplex selective PCR ในครั้งนี้ และนำมาใช้ในการเปรียบเทียบการดื้อยาระหว่างกลุ่มผู้ป่วยคนไทยที่ยังไม่เคยได้รับยา (กลุ่มที่ 1 จำนวน 20 ราย)กับผู้ป่วยที่ได้รับยามาแล้วมากกว่า 6 เดือน (กลุ่มที่ 2 จำนวน 25 ราย) การพัฒนาวิธีการ duplex selective PCR ให้สำเร็จนั้นขึ้นกับหลายปัจจัยอย่างไรก็ตามปัจจัยสำคัญ คือการออกแบบ primer ที่เหมาะสม ซึ่งได้แก่ความแรง และตำแหน่งของ mismatches ใน primer อย่างไรก็ตามลำดับเบสและตำแหน่งการกลายพันธุ์ในแต่ละ subtype ก็เป็นสิ่งสำคัญในการออกแบบด้วย การประเมินการเกิดเชื้อดื้อยาในคนไทยโดยวิธี duplex selective PCR ให้ผลสอดคล้องกับวิธี sequencing analysis สูงถึง 94% พบว่ามีความแตกต่างระหว่างผู้ป่วยที่ยังไม่เคยได้รับยา กับผู้ป่วยที่ได้รับยามาแล้วมากกว่า 6 เดือน อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (p<0.01, Chi-square test) โดยไม่พบการกลายพันธุ์เกิดขึ้นเลยในผู้ป่วยที่ยังไม่เคยได้รับยา ขณะที่ 23 ใน 25 (92%) รายของผู้ป่วยที่ได้รับยานั้นพบว่ามีเชื้อดื้อยาเกิดขึ้น การกลายพันธุ์ของตำแหน่ง T215Y/F เป็นตำแหน่งการดื้อยาที่พบบ่อยที่สุดในการศึกษาครั้งนี้ (80%) การกลายพันธุ์ที่พบรองลงมา คือ การกลายพันธุ์ที่ส่งผลให้เกิดการดื้อต่อยาในกลุ่มที่ไม่ใช่นิวคลีโอไซด์ (K103N/ Y181C) (ซึ่งคิดเป็น 24%ของทั้งหมด อย่างไรก็ตามพบสูงถึง 67% (6/9) ของผู้ป่วยที่รักษาด้วยในกลุ่มที่ไม่ใช่นิวคลีโอไซด์ไม่ได้ผล) การดื้อต่อยาในกลุ่มนิวคลีโอไซด์ทั้งกลุ่ม Q151M พบเพียง 4%เท่านั้น ผลการทดลองนี้สนับสนุนข้อสันนิษฐานที่ว่าเชื้อดื้อยานั้น เกิดจากการคัดเลือกโดยยาที่ได้รับ การทดสอบหาการดื้อยา จึงเป็นประโยชน์ในการพิจารณาเปลี่ยนยาในผู้ป่วยที่รักษาไม่ได้ผล ด้วยความไว (96%) ประกอบกับราคาที่ถูก duplex selective PCR จึงเป็นวิธีการที่มีประสิทธิภาพสำหรับการศึกษาระบาดวิทยาการดื้อยาในประเทศที่ยากจน สำหรับการนำวิธีนี้ไปประยุกต์ใช้ทางคลินิกในการทดสอบการดื้อยาในกลุ่มนิวคลีโอไซด์ และการดื้อต่อยาในกลุ่มที่ไม่ใช่นิวคลีโอไซด์นั้น ยังต้องการการศึกษาเพิ่มเติมในกลุ่มตัวอย่างที่เพิ่มขึ้นต่อไป