การจัดเรียงตัวของ pentadecamer DNA:DNA (5'-TAGTTGTXGCGTACA-3':3'-ATCAACAYCGCATGT-5') ที่มีอนุพันธ์ของ carbazole เป็นองค์ประกอบ (carbazole (CBZ), 3,6-dicyanocarbazole (DCC), 3,6-dicyanocarbazole (DNC), และ 3-nitro-6-cyanocarbazole (NCC)) ที่ตำแหน่งกลางของ DNA ได้ดำเนินการจำลองโดยใช้ AMBER 10. ในการจำลองทำการจัดการกับระบบการศึกษาที่ปราศจากน้ำ และมีอุณหภูมิและความดันคงที่เป็นเวลา 6 ns. พบว่าในกรณีของ CBZ จะพบว่ามีค่า mobility ที่สูงที่สุดเมื่ออยู่ตำแหน่งตรงข้ามกับ natural nucleobases ทั้งนี้เพราะ CBZ มีความไม่เป็นขั้วสูง ทั้งนี้อนุพันธ์ของ carbazole แสดงผลที่แตกต่างกันไปในการจัดเรียงตัวใน DAN ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับ electrostatic interaction, steric volume และ polarization. สำหรับ universal bases ในกลุ่มอนุพันธ์ของ carbazole ที่มีแนวโน้มที่ดีสามารถดูได้จากการคำนวณ interaction energies ระหว่าง carbazole derivatives และ neighboring nucleobasesโดยใช้กระบวนการ PM6 และ DFTB ซึ่งจากการทดลองพบว่า DNC มีความเป็น universal base มากที่สุดทั้งนี้มีความเป็นไปได้ว่า dipole moment เป็นปัจจัยหลักในการแสดงสมบัติ universal base ที่ดี The pentadecamer geometries of DNA:DNA duplexes (5'-TAGTTGTXGCGTACA-3':3'-ATCAACAYCGCATGT-5') containing carbazole derivatives (carbazole (CBZ), 3,6-dicyanocarbazole (DCC), 3,6-dicyanocarbazole (DNC), and 3-nitro-6-cyanocarbazole (NCC)) at the middle position (X) of DNA strand were simulated using AMBER 10. The missing parameters of carbazole derivatives were obtained by the RESP procedure. On simulation, the study systems were treated in explicit water under constant temperature and pressure for 6 ns. The equilibrium trajectories of most systems were found in the range of 3 to 4 ns. In the case of CBZ opposite natural nucleobases occurred the highest mobility, this was probably due to non-polar behavior. From simulated geometries, carbazole derivatives displayed unsuitable arrangement within modified DNA duplexes that could be discussed in terms of electrostatic interaction, steric volume, and polarization. The potential universal bases of carbazole derivatives were evaluated with calculation of interaction energies between carbazole derivatives and neighboring nucleobases by using the PM6 and DFTB methodologies. These methods predicted the universality and suggested that DNC was the most universality. Furthermore, this investigation found that the interaction ability of carbazole derivatives was also related to their dipole moment.