Penelitian ini dilaksanakan untuk mengetahui variabilitas genetic intrapopulasi dan interpopulasi plasma nutfah kelapa sawit (Elaeis guineensis) berdasarkan marka isozim dan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Analisis isozim dilakukan untuk mendeteksi aktivitas isozim, menentukan kondisi optimum elektroforesis, menganalisis mobilitas pita (Rf) dan menginterpretasikan genotipe. Analisis DNA mencakup uji kuantitas dan kualitas DNA dan genotyping dengan RAPD. Hasil genotyping berupa profil pita marka RAPD digunakan untuk menghitung variabilitas genetik intrapopulasi dan interpopulasi dalam bentuk dendrogram dan matrik analisis korespondensi dengan bantuan program Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSys) versi 2.02. Penelitian dilakukan mulai September 2001 sampai dengan April 2002 di Pusat Penelitian Kelapa Sawit Medan. Pengamatan pohon dan pengambilan sampel daun kelapa sawit dilakukan di kebun koleksi plasma nutfah Aek Pancur, Bah Jambi dan Marihat. Analisis DNA daun kelapa sawit dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Penelitian Marihat. Analisis isozim dilakukan untuk menguji 6 sistem enzim, yaitu acid phosphatase (ACP), phosphoglucomutase (PGM), alcohol dehydrogenase (ADH), malate dehydrogenase (MDH), phosphoglucose isomerase (PGI) dan glucose-6-phosphodehydrogenase (G-6-PDH). Analisis RAPD untuk intrapopulasi menguji 21 primer-oligonukleotida 10 basa yaitu: OPR-11, OPJ-01, OPJ-05, OPD-03, OPD-05, OPD-15, OPH-02, OPH-09, OPM-04, OPM-16, OPM-20, OPN-03, OPN-IO, OPN-12, OPN-20, OPO-06, OPO-11, OPO-13, OPO-16, OPO-19, OPO-20 dan untuk interpopulasi menguji 15 primer yaitu OPR-11, OPJ-05, OPD-05, OPD-15, OPH-09, OPM-16, OPM-20, OPN-03, OPN-13, OPN-20, OPO-06, OPO13, OPO-16, OPO-19 dan OPO-20. Analisis intrapopulasi Binga dilakukan pada 72 individu dari 12 famili yaitu famili 1664, 1667, 1668, 1669, 1670, 1671, 1672, 1673, 1674 1675, 1677 dan 1680. Analisis interpopulasi difokuskan pada 74 individu dari 11 populasi, yaitu populasi Binga, SP 540 Self, SP 540*Polonia, SP 540*Bangun, La Me, Yangambi, Dosin*Nifor, tenera Marihat, dura Dumpy, dura Deli dan dura seleksi Marihat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas enzim pada daun kelapa sawit pada dasarnya lebih sedikit dibandingkan dengan polen. Enam sistem enzim yang diuji menunjukkan adanya variasi aktivitas enzim dengan karakter migrasi pita isozim berkisar pada nilai Rf 13-70 serta tergolong migrasi lambat sampai sedang. Keberhasilan elektroforesis sangat dipengaruhi oleh komposisi bufer ekstrak, buffer gel dan bufer elektrolit. Kondisi elektroforesis optimum diperoleh dari ekstrak buffer TPTDAM pH 7,5 (modifikasi Wendel dan Weeden, 1989) dan elektrolit buffer Natrium Borat pH 8,5 (modifikasi Arulsekar dan Parfit, 1986) pada konsentrasi gel pati kentang 14%. Interpretasi genotipe berdasarkan profil pita isozim dalam bentuk zimogram menghasilkan struktur enzim monomer sampai dimer dengan dua lokus aktif yaitu Acp-2 dan Pgi-2. Kajian genetik berdasarkan enam sistem enzim pada analisis isozim menghasilkan 8 lokus dan 12 aiel. Hasil isolasi dan pemurnian DNA pada uji kuantitas dengan Uv-spektrofotometer pada ratio A260/A280 memenuhi rentang 1,8-2,1 yang berarti layak untuk dianalisis. Uji kualitas dengan gel elektroforesis agarose terhadap DNA contoh menghasilkan resolusi pita yang tebal yang menandakan kualitas DNA masih utuh dan tidak terpotong-potong. Seluruh primer yang diuji pada dasarnya mampu mengamplifikasi DNA contoh. Primer OPJ-01 dan OPH-02 memproduksi pita polimorfisme terendah dan cenderung monomorfis, sedangkan primer OPH-09 menghasilkan total lokus polimorfisme terbesar. Jumlah pita polimorfisme yang dihasilkan pada uji intrapopulasi dengan menggunakan 21 primer sebesar 37,14%, dan pada interpopulasi oleh 15 primer sebesar 33,93% Hasil analisis gerombol menunjukkan bahwa pada kesamaan genetik 42% seluruh individu dari 12 famili populasi Binga mampu dikelompokkan menjadi satu. Dengan kata lain variabilitas genetik intrapopulasi Binga tergolong luas yaitu sebesar 58%. Berdasarkan frekuensi alelik dari lokus DNA diketahui bahwa rata-rata heterozigositas harapan pada populasi Binga menunjukkan tendensi heterozigositas dura (0,269) lebih rendah dibandingkan tenera (0,291). Dendrogram pada interpopulasi menunjukkan bahwa pada kesamaan genetik 56%, sebelas populasi mampu dikelompokkan menjadi satu. Dengan demikian variabilitas genetic interpopulasi sebesar 44%. Variabilitas genetik intrapopulasi menunjukkan nilai lebih besar dibandingkan interpopulasi, namun demikian belum sepenuhnya menginterpretasikan total potensi genetik yang dimiliki seluruh populasi yang diuji. Fenomena tidak mengelompoknya individu dari famili dan populasi yang sama menunjukkan adanya variabilitas internal dengan tingkat kesamaan genetik relatif rendah. Matrik analisis korespondensi pada intrapopulasi Binga mampu menjelaskan secara berturut-turut 12,63% dan 16,44% variasi genetik total. Matrik analisis korespondensi interpopulasi mampu menjelaskan 13,52% dan 21,76% variasi genetik total.

0300501