การปฏิบัติงานในหน้าที่ของสภาการศึกษาส่วนใหญ่มุ่งเน้นหนักไปทางด้านการปฏิบัติงานให้แก่มหาวิทยาลัย แต่ผลปรากฎว่าสภาการศึกษาแห่งชาติหาได้ปฏิบัติหน้าที่ดังกล่าวได้อย่างครบถ้วนสมบูรณ์ตามที่กฎหมายบัญญัติกำหนดอำนาจหน้าที่ไม่ ผู้เขียนจึงได้นำเรื่องนี้มาศึกษาค้นคว้าและก็ปรากฎว่ามีปัญหาข้อขัดข้องต่าง ๆ คือ.- 1. ปัญหาที่เกี่ยวกับเสรีภาพทางด้านวิชาการของมหาวิทยาลัย กล่าวคือ แต่เดิมสภาการศึกษาควบคุมมหาวิทยาลัยโดยพิจารณารายละเอียดมากเกินไป ทำให้ก้าวก่ายเสรีภาพด้านวิชาการของมหาวิทยาลัย ทางมหาวิทยาลัยจึงไม่ค่อยให้ความร่วมมือ ต่อมาสภาการศึกษาเปลี่ยนแนวทางใหม่จึงให้ได้รับความร่วมมือมากขึ้นกว่าเดิม 2. ปัญหาเกี่ยวกับข้อกฎหมาย ทั้งนี้เนื่องจาก พ.ร.บ.สภาการศึกษาแห่งชาติ ซึ่งกำหนดหน้าที่บางประการให้แก่สภาการศึกษาแห่งชาติ ยังมีข้อบกพร่องอยู่ทำให้การปฏิบัติหน้าที่ไม่เป็นไปตามเจตนารมณ์ของการจัดตั้งสภาการศึกษาแห่งชาติ เพื่อควบคุมมาตรฐานการศึกษาระดับมหาวิทยาลัย 3. ปัญหาที่เกี่ยวกับนโยบายของรัฐบาล เกี่ยวกับอำนาจหน้าที่ของสภาการศึกษาแห่งชาติ กล่าวคือ แม้สภาการศึกษาจะมีหน้าที่ในการพิจารณาจัดตั้ง ยุบ รวม และเลิกล้มมหาวิทยาลัยหรือพิจารณาอนุมัติการจัดตั้ง ยุบ รวมและเลิกล้มคณะหรือแผนกวิชาในมหาวิทยาลัย แต่ข้อเท็จจริงปรากฎว่า บางกรณีมหาวิทยาลัยเจ้าของเรื่องจะส่งเรื่องไปยังสำนักนายกรัฐมนตรีเพื่อให้ ค.ร.ม. พิจารณาโดยตรงซึ่งเป็นการทำงานก้าวก่ายกัน 4. ปัญหาเกี่ยวกับนโยบายการศึกษาระดับมหาวิทยาลัยปัจจุบันยังมิได้มีการกำหนดนโยบาย และความมุ่งหมายในการจัดการศึกษาระดับมหาวิทยาลัยของชาติให้เป็นที่แน่นอนทำให้แต่ละมหาวิทยาลัยจัดดำเนินการศึกษาหรือขยายการศึกษากันเอง โดยไม่มีการติดต่อประสานงานซึ่งกันและกัน ควรจะได้มีการวางแผนอุดมศึกษาระดับชาติขึ้นเพื่อกำหนดเป้าหมายของการศึกษาระดับนี้ให้ชัดแจ้งแน่นอน 5. ปัญหาเกี่ยวกับการประสานงาน ซึ่งสภาการศึกษาควรจะริเริ่มขอความร่วมมือประสานงานอย่างใกล้ชิดกับหน่วยราชการอื่น เช่น สภาพัฒนาการเศรษฐกิจแห่งชาติ สำนักงบประมาณ กรมวิเทศสหการ กับมหาวิทยาลัยที่เกี่ยวข้อง 6. ปัญหาเกี่ยวกับข้อมูล สภาการศึกษาควรจะได้รวบรวมข้อมูลอย่างสมบูรณ์เพื่อนำมาศึกษาวิเคราะห์ปัญหาและอุปสรรคในการบริหารงานมหาวิทยาลัยต่าง ๆ 7. ปัญหาเกี่ยวกับอัตรากำลังเจ้าหน้าที่ อัตรากำลังเจ้าหน้าที่ของสภาการศึกษาไม่ได้ส่วนกับปริมาณงาน ควรจะได้มีการพิจารณาเพิ่มอัตรากำลังโดยให้คณะที่ปรึกษาระเบียบบริหารของนายกรัฐมนตรีพิจารณาแบ่งส่วนราชการและจัดอัตรากำลังเจ้าหน้าที่สำนักงานสภาการศึกษาแห่งชาติ